seq1 = pF1KE3341.tfa, 2958 bp
seq2 = pF1KE3341/gi568815596r_221326031.tfa (gi568815596r:221326031_221672248), 346218 bp

>pF1KE3341 2958
>gi568815596r:221326031_221672248 (Chr2)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-159  (103464-103531)   100% ->
160-823  (107855-108518)   100% ->
824-979  (171077-171232)   100% ->
980-1318  (189559-189897)   100% ->
1319-1443  (214259-214383)   100% ->
1444-1603  (215477-215636)   100% ->
1604-1715  (216591-216702)   100% ->
1716-1774  (226068-226126)   100% ->
1775-1888  (228643-228756)   100% ->
1889-2074  (229235-229420)   100% ->
2075-2136  (235127-235188)   100% ->
2137-2346  (235641-235850)   100% ->
2347-2496  (237958-238107)   100% ->
2497-2690  (242098-242291)   100% ->
2691-2846  (245630-245785)   100% ->
2847-2958  (246107-246218)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGATTTTCTATTTCGCCCTATTTTCGTGTCTCTTCGGGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGGATTTTCTATTTCGCCCTATTTTCGTGTCTCTTCGGGATTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACGCTGTCACAGGTTCCAGGGTATACCCCGCGAATGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 CGACGCTGTCACAGGTTCCAGGGTATACCCCGCGAATGAAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTACCTTATTGGATTCCAGATCTGTTCAGGGAGAACTTGGGTGGATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 TTACCTTATTGGATTCCAGATCTGTTCAGGGAGAACTTGGGTGGATAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCCTCTGGAAGGAGGG         TGGGAGGAAGTGAGTATCATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103514 AGCCCTCTGGAAGGAGGGGTA...CAGTGGGAGGAAGTGAGTATCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAAAAAATACACCAATCCGAACCTACCAAGTGTGCAATGTGATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107878 TGAAAAAAATACACCAATCCGAACCTACCAAGTGTGCAATGTGATGGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGCCAGAATAACTGGCTACGAACTGATTGGATCACCCGAGAAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107928 CCAGCCAGAATAACTGGCTACGAACTGATTGGATCACCCGAGAAGGGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAGGGTGTATATTGAGATTAAATTCACCTTGAGGGACTGCAATAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107978 CAGAGGGTGTATATTGAGATTAAATTCACCTTGAGGGACTGCAATAGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCGGGCGTCATGGGGACTTGCAAGGAGACGTTTAACCTGTACTACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108028 TCCGGGCGTCATGGGGACTTGCAAGGAGACGTTTAACCTGTACTACTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATCAGACAACGACAAAGAGCGTTTCATCAGAGAGAACCAGTTTGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108078 AATCAGACAACGACAAAGAGCGTTTCATCAGAGAGAACCAGTTTGTCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGACACCATTGCTGCTGATGAGAGCTTCACCCAAGTGGACATTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108128 ATTGACACCATTGCTGCTGATGAGAGCTTCACCCAAGTGGACATTGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGAATCATGAAGCTGAACACCGAGATCCGGGATGTAGGGCCATTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108178 CAGAATCATGAAGCTGAACACCGAGATCCGGGATGTAGGGCCATTAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAAAGGGGTTTTACCTGGCTTTTCAGGATGTGGGGGCCTGCATCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108228 AAAAGGGGTTTTACCTGGCTTTTCAGGATGTGGGGGCCTGCATCGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTATCAGTCCGTGTGTTCTATAAAAAGTGTCCACTCACAGTCCGCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108278 GTATCAGTCCGTGTGTTCTATAAAAAGTGTCCACTCACAGTCCGCAATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCCCAGTTTCCTGACACCATCACAGGGGCTGATACGTCTTCCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108328 GGCCCAGTTTCCTGACACCATCACAGGGGCTGATACGTCTTCCCTGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGTTCGAGGCTCCTGTGTCAACAACTCAGAAGAGAAAGATGTGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108378 AAGTTCGAGGCTCCTGTGTCAACAACTCAGAAGAGAAAGATGTGCCAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGTACTGTGGGGCAGATGGTGAATGGCTGGTACCCATTGGCAACTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108428 ATGTACTGTGGGGCAGATGGTGAATGGCTGGTACCCATTGGCAACTGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATGCAACGCTGGGCATGAGGAGCGGAGCGGAGAATGCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108478 ATGCAACGCTGGGCATGAGGAGCGGAGCGGAGAATGCCAAGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTTGCAAAATTGGATATTACAAGGCTCTCTCCACGGATGCCACCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171077 CTTGCAAAATTGGATATTACAAGGCTCTCTCCACGGATGCCACCTGTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGTGCCCACCCCACAGCTACTCTGTCTGGGAAGGAGCCACCTCGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171127 AAGTGCCCACCCCACAGCTACTCTGTCTGGGAAGGAGCCACCTCGTGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTGTGACCGAGGCTTTTTCAGAGCTGACAACGATGCTGCCTCTATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171177 CTGTGACCGAGGCTTTTTCAGAGCTGACAACGATGCTGCCTCTATGCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCACCC         GTCCACCATCTGCTCCCCTGAACTTGATTTCAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171227 GCACCCGTA...CAGGTCCACCATCTGCTCCCCTGAACTTGATTTCAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTCAACGAGACATCTGTGAACTTGGAATGGAGTAGCCCTCAGAATACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189594 GTCAACGAGACATCTGTGAACTTGGAATGGAGTAGCCCTCAGAATACAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGGCCGCCAGGACATTTCCTATAATGTGGTATGCAAGAAATGTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189644 TGGCCGCCAGGACATTTCCTATAATGTGGTATGCAAGAAATGTGGAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGACCCCAGCAAGTGCCGACCCTGTGGAAGTGGGGTCCACTACACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189694 GTGACCCCAGCAAGTGCCGACCCTGTGGAAGTGGGGTCCACTACACCCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGCAGAATGGCTTGAAGACCACCAAAGTCTCCATCACTGACCTCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189744 CAGCAGAATGGCTTGAAGACCACCAAAGTCTCCATCACTGACCTCCTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TCATACCAATTACACCTTTGAAATCTGGGCTGTGAATGGAGTGTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189794 TCATACCAATTACACCTTTGAAATCTGGGCTGTGAATGGAGTGTCCAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATAACCCTAACCCAGACCAATCAGTTTCTGTCACTGTGACCACCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189844 ATAACCCTAACCCAGACCAATCAGTTTCTGTCACTGTGACCACCAACCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GCAG         CACCATCATCCATTGCTTTGGTCCAGGCTAAAGAAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189894 GCAGGTA...CAGCACCATCATCCATTGCTTTGGTCCAGGCTAAAGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CACAAGATACAGTGTGGCACTGGCTTGGCTGGAACCAGATCGGCCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214296 CACAAGATACAGTGTGGCACTGGCTTGGCTGGAACCAGATCGGCCCAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GGGTAATCCTGGAATATGAAGTCAAGTATTATGAGAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 214346 GGGTAATCCTGGAATATGAAGTCAAGTATTATGAGAAGGTA...TAGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CAGAATGAGCGAAGCTATCGTATAGTTCGGACAGCTGCCAGGAACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215480 CAGAATGAGCGAAGCTATCGTATAGTTCGGACAGCTGCCAGGAACACAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TATCAAAGGCCTGAACCCTCTCACTTCCTATGTTTTCCACGTGCGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215530 TATCAAAGGCCTGAACCCTCTCACTTCCTATGTTTTCCACGTGCGAGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GGACAGCAGCTGGCTATGGAGACTTCAGTGAGCCCTTGGAGGTTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215580 GGACAGCAGCTGGCTATGGAGACTTCAGTGAGCCCTTGGAGGTTACAACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AACACAG         TGCCTTCCCGGATCATTGGAGATGGGGCTAACTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215630 AACACAGGTA...CAGTGCCTTCCCGGATCATTGGAGATGGGGCTAACTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CACAGTCCTTCTGGTCTCTGTCTCGGGCAGTGTGGTGCTGGTGGTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216625 CACAGTCCTTCTGGTCTCTGTCTCGGGCAGTGTGGTGCTGGTGGTAATTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TCATTGCAGCTTTTGTCATCAGCCGGAG         ACGGAGTAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 216675 TCATTGCAGCTTTTGTCATCAGCCGGAGGTA...TAGACGGAGTAAATAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AGTAAAGCCAAACAAGAAGCGGATGAAGAGAAACATTTGAATCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 226081 AGTAAAGCCAAACAAGAAGCGGATGAAGAGAAACATTTGAATCAAGGTA.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775      GTGTAAGAACATATGTGGACCCCTTTACGTACGAAGATCCCAACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226131 ..CAGGTGTAAGAACATATGTGGACCCCTTTACGTACGAAGATCCCAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AAGCAGTGCGAGAGTTTGCCAAAGAAATTGACGCATCCTGCATTAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228688 AAGCAGTGCGAGAGTTTGCCAAAGAAATTGACGCATCCTGCATTAAGATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAAAAAGTTATAGGAGTTG         GTGAATTTGGTGAGGTATGCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 228738 GAAAAAGTTATAGGAGTTGGTA...AAGGTGAATTTGGTGAGGTATGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGGGCGTCTCAAAGTGCCTGGCAAGAGAGAGATCTGTGTGGCTATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229257 TGGGCGTCTCAAAGTGCCTGGCAAGAGAGAGATCTGTGTGGCTATCAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CTCTGAAAGCTGGTTATACAGACAAACAGAGGAGAGACTTCCTGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229307 CTCTGAAAGCTGGTTATACAGACAAACAGAGGAGAGACTTCCTGAGTGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GCCAGCATCATGGGACAGTTTGACCATCCGAACATCATTCACTTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229357 GCCAGCATCATGGGACAGTTTGACCATCCGAACATCATTCACTTGGAAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CGTGGTCACTAAAT         GTAAACCAGTAATGATCATAACAGAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 229407 CGTGGTCACTAAATGTA...TAGGTAAACCAGTAATGATCATAACAGAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 ACATGGAGAATGGCTCCTTGGATGCATTCCTCAGG         AAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 235154 ACATGGAGAATGGCTCCTTGGATGCATTCCTCAGGGTA...CAGAAAAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GATGGCAGATTTACAGTCATTCAGCTGGTGGGCATGCTTCGTGGCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235647 GATGGCAGATTTACAGTCATTCAGCTGGTGGGCATGCTTCGTGGCATTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GTCTGGGATGAAGTATTTATCTGATATGAGCTATGTGCATCGTGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235697 GTCTGGGATGAAGTATTTATCTGATATGAGCTATGTGCATCGTGATCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 CCGCACGGAACATCCTGGTGAACAGCAACTTGGTCTGCAAAGTGTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235747 CCGCACGGAACATCCTGGTGAACAGCAACTTGGTCTGCAAAGTGTCTGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 TTTGGCATGTCCCGAGTGCTTGAGGATGATCCGGAAGCAGCTTACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235797 TTTGGCATGTCCCGAGTGCTTGAGGATGATCCGGAAGCAGCTTACACCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 CAGG         GGTGGCAAGATTCCTATCCGGTGGACTGCGCCAGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235847 CAGGGTA...CAGGGTGGCAAGATTCCTATCCGGTGGACTGCGCCAGAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CAATTGCCTATCGTAAATTCACATCAGCAAGTGATGTATGGAGCTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237995 CAATTGCCTATCGTAAATTCACATCAGCAAGTGATGTATGGAGCTATGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 ATCGTTATGTGGGAAGTGATGTCGTACGGGGAGAGGCCCTATTGGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238045 ATCGTTATGTGGGAAGTGATGTCGTACGGGGAGAGGCCCTATTGGGATAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GTCCAATCAAGAT         GTGATTAAAGCCATTGAGGAAGGCTATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 238095 GTCCAATCAAGATGTA...TAGGTGATTAAAGCCATTGAGGAAGGCTATC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 GGTTACCCCCTCCAATGGACTGCCCCATTGCGCTCCACCAGCTGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242126 GGTTACCCCCTCCAATGGACTGCCCCATTGCGCTCCACCAGCTGATGCTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 GACTGCTGGCAGAAGGAGAGGAGCGACAGGCCTAAATTTGGGCAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242176 GACTGCTGGCAGAAGGAGAGGAGCGACAGGCCTAAATTTGGGCAGATTGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 CAACATGTTGGACAAACTCATCCGCAACCCCAACAGCTTGAAGAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242226 CAACATGTTGGACAAACTCATCCGCAACCCCAACAGCTTGAAGAGGACAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 GGACGGAGAGCTCCAG         ACCTAACACTGCCTTGTTGGATCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 242276 GGACGGAGAGCTCCAGGTC...TAGACCTAACACTGCCTTGTTGGATCCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 AGCTCCCCTGAATTCTCTGCTGTGGTATCAGTGGGCGATTGGCTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245655 AGCTCCCCTGAATTCTCTGCTGTGGTATCAGTGGGCGATTGGCTCCAGGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 CATTAAAATGGACCGGTATAAGGATAACTTCACAGCTGCTGGTTATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245705 CATTAAAATGGACCGGTATAAGGATAACTTCACAGCTGCTGGTTATACCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 CACTAGAGGCTGTGGTGCACGTGAACCAGGA         GGACCTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 245755 CACTAGAGGCTGTGGTGCACGTGAACCAGGAGTA...CAGGGACCTGGCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 AGAATTGGTATCACAGCCATCACGCACCAGAATAAGATTTTGAGCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246117 AGAATTGGTATCACAGCCATCACGCACCAGAATAAGATTTTGAGCAGTGT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 CCAGGCAATGCGAACCCAAATGCAGCAGATGCACGGCAGAATGGTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246167 CCAGGCAATGCGAACCCAAATGCAGCAGATGCACGGCAGAATGGTTCCCG

   3100 
   2957 TC
        ||
 246217 TC