seq1 = pF1KE3328.tfa, 2808 bp
seq2 = pF1KE3328/gi568815597f_74098279.tfa (gi568815597f:74098279_74643979), 545701 bp

>pF1KE3328 2808
>gi568815597f:74098279_74643979 (Chr1)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-250  (101386-101553)   100% ->
251-343  (103040-103132)   100% ->
344-452  (137824-137932)   100% ->
453-538  (151181-151266)   100% ->
539-636  (152394-152491)   100% ->
637-747  (173320-173430)   100% ->
748-846  (233172-233270)   100% ->
847-985  (237733-237871)   100% ->
986-1130  (244564-244708)   100% ->
1131-1235  (244797-244901)   100% ->
1236-1330  (254988-255082)   100% ->
1331-1480  (255702-255851)   100% ->
1481-1567  (268978-269064)   100% ->
1568-1624  (269630-269686)   100% ->
1625-1717  (270744-270836)   100% ->
1718-1775  (270929-270986)   100% ->
1776-1970  (271113-271307)   100% ->
1971-2075  (272010-272114)   100% ->
2076-2128  (337802-337854)   100% ->
2129-2181  (338196-338248)   100% ->
2182-2314  (341212-341344)   100% ->
2315-2424  (365163-365272)   100% ->
2425-2484  (390911-390970)   100% ->
2485-2654  (393819-393988)   100% ->
2655-2734  (441956-442035)   100% ->
2735-2808  (445628-445701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCTGCGAGAAGCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCTGCGAGAAGCCACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGAGCTAAGAG         GCAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGAGCTAAGAGGTA...TAGGCAAACTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCACGTGGAGAATTCTGGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101395 TAGCACGTGGAGAATTCTGGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACAGGAACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTGAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101445 AAACAGGAACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTGAAAAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTTTTTGTGGATCCTGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101495 GGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTTTTTGTGGATCCTGCTGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAAATTG         GAAATGGAGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101545 CCAAAATTGGTA...AAGGAAATGGAGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTTTGGAAAAGCTATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103072 TGTTTGGAAAAGCTATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTCACTCTG         ATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103122 AATTCACTCTGGTA...TAGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGACCTGCAGATCAAGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137854 ATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGACCTGCAGATCAAGGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGG         CTCTGATGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 137904 GAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGGTA...CAGCTCTGATGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTCAGTAAAGTCAATTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151193 CTTCAGTAAAGTCAATTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCATTTATGTTGCATTTGTGGAG         GCAAGAAATCACATATT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 151243 TTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGTG...AAGGCAAGAAATCACATATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152411 CGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTTACAGCCTTGCATTTAGCAGTTTACAAG         GATAATGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 152461 ATTTACAGCCTTGCATTTAGCAGTTTACAAGGTA...CAGGATAATGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173330 AATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACGGTGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173380 TACGGTGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         GCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAGCTAATGTCAATA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173430 GGTA...CAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAGCTAATGTCAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233212 TTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CATGAACAG         GTAACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 233262 CATGAACAGGTA...TAGGTAACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237765 TGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGCATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237815 CAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCAGATG         TGAATGCTCAAGATAATGAAGACCATGTCCCACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237865 GCAGATGGTA...CAGTGAATGCTCAAGATAATGAAGACCATGTCCCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244598 CCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAAGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244648 AAAGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCCTTACACCT         GGCATGCTACAATGGCAAATTTGAAGTTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 244698 CCCTTACACCTGTG...TAGGGCATGCTACAATGGCAAATTTGAAGTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244827 CAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTTCAGTGAAACAGCTTTTCATAG         TGCTTGTACCTATGGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 244877 TCTTCAGTGAAACAGCTTTTCATAGGTA...CAGTGCTTGTACCTATGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTCATAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255004 AAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTCATAAACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTG         GATTACACTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 255054 CAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGTA...CAGGATTACACTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTTGCTACCACGGTCACATTCGCCTGGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255714 CTTGCTACCACGGTCACATTCGCCTGGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255764 GCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 255814 AGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGTA...AAGGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTATAAGAGACCACAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268981 ATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTATAAGAGACCACAAGATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAG         ATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 269031 TTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGGTA...TAGATGGCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTATGTGTCTGTTCCATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269637 CTATGTGTCTGTTCCATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625          AGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269687 GTA...CAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270785 CATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AG         GTTCTTTTGGGAAAGTATATAAAGGACGATGCAGAAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270835 AGGTA...TAGGTTCTTTTGGGAAAGTATATAAAGGACGATGCAGAAATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AAATAGTGGCTATAAAACG         TTATCGAGCCAATACCTACTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 270968 AAATAGTGGCTATAAAACGGTA...CAGTTATCGAGCCAATACCTACTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 TCCAAGTCAGATGTGGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271135 TCCAAGTCAGATGTGGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTTGCTTGAATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271185 GCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTTGCTTGAATGATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271235 CCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TCCCTCCTTCATGAGCAGAAGAG         GATTCTTGATTTGCAGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 271285 TCCCTCCTTCATGAGCAGAAGAGGTA...TAGGATTCTTGATTTGCAGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 TAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272028 TAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCTTCACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 ACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAG         TCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 272078 ACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAGGTA...CAGTCAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 AATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 337806 AATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129         AATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337856 TG...CAGAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 AACAACCTGGG         AACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 338238 AACAACCTGGGGTT...CAGAACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 ACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341242 ACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTATGCTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 GTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341292 GTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 CAG         CGGCTGCGGCAGCAGACATGGCTTACCACCACATCAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341342 CAGGTA...CAGCGGCTGCGGCAGCAGACATGGCTTACCACCACATCAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 CCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365201 CCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 AGGGTGGAACGCATGTCCTGAA         GGAAGACCCGAATTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 365251 AGGGTGGAACGCATGTCCTGAAGTG...CAGGGAAGACCCGAATTTTCTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444 AAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTGTCTCTGCAACATTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 390930 AAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTGTCTCTGCAACATTGAGGTA...CAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 CTGATGTCTCCTGCATCAAGTAACAGCAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393819 CTGATGTCTCCTGCATCAAGTAACAGCAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2535 TTCTTCTGATTGCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCGGAGTCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393869 TTCTTCTGATTGCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCGGAGTCATGTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2585 CAGCATTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGAATATGCTCTAAATGCAAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393919 CAGCATTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGAATATGCTCTAAATGCAAGGTCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2635 TATGCTGCTTTGTCCCAAAG         TGCTGGACAATATTCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 393969 TATGCTGCTTTGTCCCAAAGGTG...CAGTGCTGGACAATATTCCTCTCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2676 AGGTCTGTCTTTGGAGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441977 AGGTCTGTCTTTGGAGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCCATTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2726 ACAAATATG         GCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCAATGCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 442027 ACAAATATGGTA...CAGGCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCAATGCAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :
   2767 TTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTTTGAGGACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 445660 TTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTTTGAGGACAGCAGC