seq1 = pF1KE3307.tfa, 2394 bp
seq2 = pF1KE3307/gi568815581f_3623936.tfa (gi568815581f:3623936_3826329), 202394 bp

>pF1KE3307 2394
>gi568815581f:3623936_3826329 (Chr17)

1-2394  (100001-102394)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTTCGCTCCCGGGACCTGGGAGCCGGCTTTTCCGCACATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTTCGCTCCCGGGACCTGGGAGCCGGCTTTTCCGCACATATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGCGGACGGCAGGAGACAGCGGCGGCCGGGCCGGGAAGCCGCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGCGGACGGCAGGAGACAGCGGCGGCCGGGCCGGGAAGCCGCGCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTTCCCGCCGCAGGACCGGAGGCGTTTCTTCAACAGCAGCGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTTCCCGCCGCAGGACCGGAGGCGTTTCTTCAACAGCAGCGGCAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGCCAGCATCGGCGACCCCTCGCAGTCCGACGATCCTGACGATCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGCCAGCATCGGCGACCCCTCGCAGTCCGACGATCCTGACGATCCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACCCCGACTTCCCCGGCAGCCCGGTGAGGCGGCGGCGGAGGTGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100201 CGACCCCGACTTCCCCGGCAGCCCGGTGAGGCGGCGGCGGAGGCGTCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGCCGAGTGCCCAAGGACCGGCCCAGCCTGACCGTGACCCCAAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGCCGAGTGCCCAAGGACCGGCCCAGCCTGACCGTGACCCCAAAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGAAGCTGCGAGCTCGCCCAAGCCTAACCGTGACCCCAAGACGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGAAGCTGCGAGCTCGCCCAAGCCTAACCGTGACCCCAAGACGCCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCGAGCTCGGCCCCCGCAGAAGTGCAGCACACCCTGTGGCCCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100351 GCTGCGAGCTCGGCCCCCGCAGAAGTGCAGCACACCCTGCGGCCCGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACTTCCGCCCTTCCCCAGCCGCGACTCCGGCCGCCTCAGCCCGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GACTTCCGCCCTTCCCCAGCCGCGACTCCGGCCGCCTCAGCCCGGACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCGTGTGCGGCCAGCCCAGGGACGGCGACGAGCTGGGCATCAGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCGTGTGCGGCCAGCCCAGGGACGGCGACGAGCTGGGCATCAGTGCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGTTCAGCTCTCTGGCCTCGCCCTGCCCCGGGTCCCCAACGCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGTTCAGCTCTCTGGCCTCGCCCTGCCCCGGGTCCCCAACGCCAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAGTGTCATCTCGATCGGCACCTCCGCCTGTCTGGTTGCAGCCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAGTGTCATCTCGATCGGCACCTCCGCCTGTCTGGTTGCAGCCTCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCCCGAGCGGCCTCCACCTCCCAGAAGTCTCCCTGGACCGAGCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCCCGAGCGGCCTCCACCTCCCAGAAGTCTCCCTGGACCGAGCATCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCCCTGCTCCCAGGAGGAAGCGACAGGAGGAGCCAAGGACACCAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCCCTGCTCCCAGGAGGAAGCGACAGGAGGAGCCAAGGACACCAGGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCACCAAACCCGCGCCAGCCTCAGGTCAGTTCTCTTTGGCCTTATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCACCAAACCCGCGCCAGCCTCAGGTCAGTTCTCTTTGGCCTTATGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCAGGAACCCCTGAGGATTCTGAGTTTCGGGCAGATGGGAAGAATATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCAGGAACCCCTGAGGATTCTGAGTTTCGGGCAGATGGGAAGAATATGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGAGTCCTGCTGTAAAAGGAAACTGGTGGTGGGAAATGGACCAGAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGAGTCCTGCTGTAAAAGGAAACTGGTGGTGGGAAATGGACCAGAGGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGGTCTGTCAAGCACAGGCAAGAGGAGGGCCACAGGCCAGGACTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGGTCTGTCAAGCACAGGCAAGAGGAGGGCCACAGGCCAGGACTCTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAAGAGAGAGGGCTTCAAGAGGCCGTCCGGAGAGAGCATCAGGAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAAGAGAGAGGGCTTCAAGAGGCCGTCCGGAGAGAGCATCAGGAGGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGTTCCCAAGGGCCGCATTGTGCCAAGGGGAATAGACAGGCTGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGTTCCCAAGGGCCGCATTGTGCCAAGGGGAATAGACAGGCTGGAGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTAGATCAAGCCGGAAGAGCAAACATCAGGAGGCAACGGAAACCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTAGATCAAGCCGGAAGAGCAAACATCAGGAGGCAACGGAAACCTCTCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCCATTCCCACCGCTTTAAAAAGGGCCAAAAGCTGGGAAAAGATTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCCATTCCCACCGCTTTAAAAAGGGCCAAAAGCTGGGAAAAGATTCGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCCCACCCAGGACCTGACTCCTTTACAGAATGCCTGCTTTTGGACCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 101101 CCCCACCCAGGACCTGACTCCTTTACAGAATGTCTGCTTTTGGACCAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCAGGGCTTCCTTCAGTTTCCACAAGAAGAAAATTGTGACTGATGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCAGGGCTTCCTTCAGTTTCCACAAGAAGAAAATTGTGACTGATGTGTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GAGGTCTGCAGCATCTATACCACTGCCACTTCTCTCTCTGGATCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GAGGTCTGCAGCATCTATACCACTGCCACTTCTCTCTCTGGATCCCTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 ATCAGAATGTTCAAACCGGCCTGTCATGAACAGAACAAGTGGTGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 ATCAGAATGTTCAAACCGGCCTGTCATGAACAGAACAAGTGGTGCTCCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCTCTTGGCACTCCTCCTCTATGTATTTGCTAAGCCCCTTAAACACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCTCTTGGCACTCCTCCTCTATGTATTTGCTAAGCCCCTTAAACACTCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AGTATTTCAAACAAAAAGGCATCTGATGCTGAAAAGGTTTATGGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AGTATTTCAAACAAAAAGGCATCTGATGCTGAAAAGGTTTATGGGGAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAGTCAGAAGGGTCCTGTCCCCTTTAGCCATTGCCTTCCCACAGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAGTCAGAAGGGTCCTGTCCCCTTTAGCCATTGCCTTCCCACAGAAAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TGCAACGCTGTGAGAAGATTGGGGAAGGGGTGTTTGGCGAAGTGTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TGCAACGCTGTGAGAAGATTGGGGAAGGGGTGTTTGGCGAAGTGTTTCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ACAATTGCTGATCACACACCCGTAGCCATAAAAATCATTGCTATTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ACAATTGCTGATCACACACCCGTAGCCATAAAAATCATTGCTATTGAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ACCAGATTTAGTCAATGGATCCCATCAGAAAACCTTTGAGGAAATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 ACCAGATTTAGTCAATGGATCCCATCAGAAAACCTTTGAGGAAATCCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CAGAGATCATCATCTCCAAAGAGTTGAGCCTCTTATCCGGTGAAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CAGAGATCATCATCTCCAAAGAGTTGAGCCTCTTATCCGGTGAAGTGTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AACCGCACAGAAGGCTTTATCGGGCTGAACTCAGTGCACTGTGTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 AACCGCACAGAAGGCTTTATCGGGCTGAACTCAGTGCACTGTGTCCAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 ATCTTACCCTCCCTTGCTCCTCAAAGCCTGGGATCACTATAATTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 ATCTTACCCTCCCTTGCTCCTCAAAGCCTGGGATCACTATAATTCAACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 AAGGCTCTGCAAATGACCGGCCTGATTTTTTTAAAGACGACCAGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 AAGGCTCTGCAAATGACCGGCCTGATTTTTTTAAAGACGACCAGCTCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 ATTGTGCTGGAATTTGAGTTTGGAGGGATTGACTTAGAGCAAATGCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 ATTGTGCTGGAATTTGAGTTTGGAGGGATTGACTTAGAGCAAATGCGAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CAAGTTGTCTTCCTTGGCTACTGCAAAGAGCATTCTACACCAGCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CAAGTTGTCTTCCTTGGCTACTGCAAAGAGCATTCTACACCAGCTCACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CCTCCCTCGCAGTGGCAGAGGCATCACTGCGCTTTGAGCACCGAGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CCTCCCTCGCAGTGGCAGAGGCATCACTGCGCTTTGAGCACCGAGACTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CACTGGGGGAACGTGCTCTTAAAGAAAACCAGCCTCAAAAAACTCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CACTGGGGGAACGTGCTCTTAAAGAAAACCAGCCTCAAAAAACTCCACTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CACCCTCAATGGGAAGAGCAGCACTATCCCCAGCTGTGGGTTGCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CACCCTCAATGGGAAGAGCAGCACTATCCCCAGCTGTGGGTTGCAAGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GCATCATTGACTACACCCTGTCGCGCTTGGAACGGGATGGGATTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GCATCATTGACTACACCCTGTCGCGCTTGGAACGGGATGGGATTGTGGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TTCTGTGACGTTTCCATGGATGAGGACCTGTTTACCGGTGACGGTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TTCTGTGACGTTTCCATGGATGAGGACCTGTTTACCGGTGACGGTGACTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 CCAGTTTGACATCTACAGGCTCATGAAGAAGGAGAATAACAACCGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 CCAGTTTGACATCTACAGGCTCATGAAGAAGGAGAATAACAACCGCTGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 GTGAATATCACCCTTATAGTAATGTGCTCTGGTTACATTACCTGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 GTGAATATCACCCTTATAGTAATGTGCTCTGGTTACATTACCTGACAGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AAGATGCTGAAACAAATGACCTTCAAGACTAAATGTAACACTCCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AAGATGCTGAAACAAATGACCTTCAAGACTAAATGTAACACTCCTGCCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 GAAGCAAATTAAGAGAAAAATCCAGGAGTTCCACAGGACAATGCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 GAAGCAAATTAAGAGAAAAATCCAGGAGTTCCACAGGACAATGCTGAACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 TCAGCTCTGCCACTGACTTGCTCTGCCAGCACAGTCTGTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 TCAGCTCTGCCACTGACTTGCTCTGCCAGCACAGTCTGTTTAAG