seq1 = pF1KE3305.tfa, 2388 bp
seq2 = pF1KE3305/gi568815594r_38727086.tfa (gi568815594r:38727086_38929473), 202388 bp

>pF1KE3305 2388
>gi568815594r:38727086_38929473 (Chr4)

(complement)

1-2388  (100001-102388)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAAAGACAAAGAACCTATTGTTAAAAGCTTCCATTTTGTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAAAGACAAAGAACCTATTGTTAAAAGCTTCCATTTTGTTTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGATCATAATAGTTGGAACCAGAATCCAGTTCTCCGACGGAAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATGATCATAATAGTTGGAACCAGAATCCAGTTCTCCGACGGAAATGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCAGTAGACAAGTCAAAAAGAGGTCTTATTCATGTTCCAAAAGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCAGTAGACAAGTCAAAAAGAGGTCTTATTCATGTTCCAAAAGACCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCTGAAAACCAAAGTCTTAGATATGTCTCAGAACTACATCGCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCTGAAAACCAAAGTCTTAGATATGTCTCAGAACTACATCGCTGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAGGTCTCTGACATGAGCTTTCTATCAGAGTTGACAGTTTTGAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAGGTCTCTGACATGAGCTTTCTATCAGAGTTGACAGTTTTGAGACTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCATAACAGAATCCAGCTACTTGATTTAAGTGTTTTCAAGTTCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCATAACAGAATCCAGCTACTTGATTTAAGTGTTTTCAAGTTCAACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATTTAGAATATTTGGATTTATCTCATAATCAGTTGCAAAAGATATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATTTAGAATATTTGGATTTATCTCATAATCAGTTGCAAAAGATATCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCATCCTATTGTGAGTTTCAGGCATTTAGATCTCTCATTCAATGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCATCCTATTGTGAGTTTCAGGCATTTAGATCTCTCATTCAATGATTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGCCCTGCCCATCTGTAAGGAATTTGGCAACTTATCACAACTGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGCCCTGCCCATCTGTAAGGAATTTGGCAACTTATCACAACTGAATTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGGATTGAGTGCTATGAAGCTGCAAAAATTAGATTTGCTGCCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGGATTGAGTGCTATGAAGCTGCAAAAATTAGATTTGCTGCCAATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCACTTGCATCTAAGTTATATCCTTCTGGATTTAAGAAATTATTATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCACTTGCATCTAAGTTATATCCTTCTGGATTTAAGAAATTATTATATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGAAAATGAGACAGAAAGTCTACAAATTCTGAATGCAAAAACCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGAAAATGAGACAGAAAGTCTACAAATTCTGAATGCAAAAACCCTTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTGTTTTTCACCCAACTAGTTTATTCGCTATCCAAGTGAACATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTGTTTTTCACCCAACTAGTTTATTCGCTATCCAAGTGAACATATCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAATACTTTAGGGTGCTTACAACTGACTAATATTAAATTGAATGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAATACTTTAGGGTGCTTACAACTGACTAATATTAAATTGAATGATGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTGTCAAGTTTTCATTAAATTTTTATCAGAACTCACCAGAGGTCCAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100701 ACTGTCAAGTTTTCATTAAATTTTTATCAGAACTCACCAGAGGTTCAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTACTGAATTTTACCCTCAACCACATAGAAACGACTTGGAAATGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTACTGAATTTTACCCTCAACCACATAGAAACGACTTGGAAATGCCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGAGTCTTTCAATTTCTTTGGCCCAAACCTGTGGAATATCTCAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGAGTCTTTCAATTTCTTTGGCCCAAACCTGTGGAATATCTCAATATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACAATTTAACAATAATTGAAAGCATTCGTGAAGAAGATTTTACTTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACAATTTAACAATAATTGAAAGCATTCGTGAAGAAGATTTTACTTATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAAACGACATTGAAAGCATTGACAATAGAACATATCACGAACCAAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAACGACATTGAAAGCATTGACAATAGAACATATCACGAACCAAGTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCTGTTTTCACAGACAGCTTTGTACACCGTGTTTTCTGAGATGAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCTGTTTTCACAGACAGCTTTGTACACCGTGTTTTCTGAGATGAACATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGATGTTAACCATTTCAGATACACCTTTTATACACATGCTGTGTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGATGTTAACCATTTCAGATACACCTTTTATACACATGCTGTGTCCTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCACCAAGCACATTCAAGTTTTTGAACTTTACGCAGAACGTTTTCACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 101051 GCACCAAGCACATTCAAGTTTTTGAACTTTACCCAGAACGTTTTCACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TAGTATTTTTGAAAAATGTTCCACGTTAGTTAAATTGGAGACACTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TAGTATTTTTGAAAAATGTTCCACGTTAGTTAAATTGGAGACACTTATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TACAAAAGAATGGATTAAAAGACCTTTTCAAAGTAGGTCTCATGACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TACAAAAGAATGGATTAAAAGACCTTTTCAAAGTAGGTCTCATGACGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GATATGCCTTCTTTGGAAATACTGGATGTTAGCTGGAATTCTTTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GATATGCCTTCTTTGGAAATACTGGATGTTAGCTGGAATTCTTTGGAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGGTAGACATAAGGAAAACTGCACTTGGGTTGAGAGTATAGTGGTGTTAA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGGTAGACATAAAGAAAACTGCACTTGGGTTGAGAGTATAGTGGTGTTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ATTTGTCTTCAAATATGCTTACTGACTCTGTTTTCAGATGTTTACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ATTTGTCTTCAAATATGCTTACTGACTCTGTTTTCAGATGTTTACCTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AGGATCAAGGTACTTGATCTTCACAGCAATAAAATAAAGAGCGTTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AGGATCAAGGTACTTGATCTTCACAGCAATAAAATAAAGAGCGTTCCTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ACAAGTCGTAAAACTGGAAGCTTTGCAAGAACTCAATGTTGCTTTCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 ACAAGTCGTAAAACTGGAAGCTTTGCAAGAACTCAATGTTGCTTTCAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CTTTAACTGACCTTCCTGGATGTGGCAGCTTTAGCAGCCTTTCTGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CTTTAACTGACCTTCCTGGATGTGGCAGCTTTAGCAGCCTTTCTGTATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ATCATTGATCACAATTCAGTTTCCCACCCATCGGCTGATTTCTTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ATCATTGATCACAATTCAGTTTCCCACCCATCGGCTGATTTCTTCCAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CTGCCAGAAGATGAGGTCAATAAAAGCAGGGGACAATCCATTCCAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CTGCCAGAAGATGAGGTCAATAAAAGCAGGGGACAATCCATTCCAATGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CCTGTGAGCTAAGAGAATTTGTCAAAAATATAGACCAAGTATCAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CCTGTGAGCTAAGAGAATTTGTCAAAAATATAGACCAAGTATCAAGTGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GTGTTAGAGGGCTGGCCTGATTCTTATAAGTGTGACTACCCAGAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GTGTTAGAGGGCTGGCCTGATTCTTATAAGTGTGACTACCCAGAAAGTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 TAGAGGAAGCCCACTAAAGGACTTTCACATGTCTGAATTATCCTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TAGAGGAAGCCCACTAAAGGACTTTCACATGTCTGAATTATCCTGCAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TAACTCTGCTGATCGTCACCATCGGTGCCACCATGCTGGTGTTGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TAACTCTGCTGATCGTCACCATCGGTGCCACCATGCTGGTGTTGGCTGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 ACTGTGACCTCCCTCTGCATCTACTTGGATCTGCCCTGGTATCTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 ACTGTGACCTCCCTCTGCATCTACTTGGATCTGCCCTGGTATCTCAGGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGTGTGCCAGTGGACCCAGACTCGGCGCAGGGCCAGGAACATACCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GGTGTGCCAGTGGACCCAGACTCGGCGCAGGGCCAGGAACATACCCTTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 AAGAACTCCAAAGAAACCTCCAGTTTCATGCGTTTATTTCATATAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 101901 AAGAACTCCAAAGAAACCTCCAGTTTCATGCTTTTATTTCATATAGTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CATGATTCTGCCTGGGTGAAAAGTGAATTGGTACCTTACCTAGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CATGATTCTGCCTGGGTGAAAAGTGAATTGGTACCTTACCTAGAAAAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 AGATATACAGATTTGTCTTCATGAGAGAAACTTTGTCCCTGGCAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 AGATATACAGATTTGTCTTCATGAGAGAAACTTTGTCCCTGGCAAGAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 TTGTGGAAAATATCATCAACTGCATTGAGAAGAGTTACAAGTCCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 TTGTGGAAAATATCATCAACTGCATTGAGAAGAGTTACAAGTCCATCTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 GTTTTGTCTCCCAACTTTGTCCAGAGTGAGTGGTGCCATTACGAACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 GTTTTGTCTCCCAACTTTGTCCAGAGTGAGTGGTGCCATTACGAACTCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 TTTTGCCCATCACAATCTCTTTCATGAAGGATCTAATAACTTAATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 TTTTGCCCATCACAATCTCTTTCATGAAGGATCTAATAACTTAATCCTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TCTTACTGGAACCCATTCCACAGAACAGCATTCCCAACAAGTACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TCTTACTGGAACCCATTCCACAGAACAGCATTCCCAACAAGTACCACAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 CTGAAGGCTCTCATGACGCAGCGGACTTATTTGCAGTGGCCCAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 CTGAAGGCTCTCATGACGCAGCGGACTTATTTGCAGTGGCCCAAGGAGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 AAGCAAACGTGGGCTCTTTTGGGCTAACATTAGAGCCGCTTTTAATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 AAGCAAACGTGGGCTCTTTTGGGCTAACATTAGAGCCGCTTTTAATATGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .
   2351 AATTAACACTAGTCACTGAAAACAATGATGTGAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 AATTAACACTAGTCACTGAAAACAATGATGTGAAATCT