seq1 = pF1KE3261.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KE3261/gi568815591f_140573331.tfa (gi568815591f:140573331_140794800), 221470 bp

>pF1KE3261 1878
>gi568815591f:140573331_140794800 (Chr7)

1-933  (100001-100933)   99% ->
934-1080  (101281-101427)   100% ->
1081-1209  (105825-105953)   100% ->
1210-1305  (107712-107807)   100% ->
1306-1557  (113660-113911)   100% ->
1558-1686  (116267-116395)   100% ->
1687-1740  (117430-117483)   100% ->
1741-1878  (121333-121470)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCGCCCTGGCGCGTCTCCGTCAGGGTTTGCCTGTCGCACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCGCCCTGGCGCGTCTCCGTCAGGGTTTGCCTGTCGCACCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCTTCGAGCTCAGACAGGGACTCAGCCTCCTGAGGCCCTCCGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCTTCGAGCTCAGACAGGGACTCAGCCTCCTGAGGCCCTCCGAGTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCGCGATGCCAGGCTCTGCTGGCTTCTGCTGGGCACTTTGCCCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCGCGATGCCAGGCTCTGCTGGCTTCTGCTGGGCACTTTGCCCAAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTCCCTGTGCGGGGACGTGGGTGAGGGGGCCCCTGACGTTCTGGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100151 GTCTCCCTGTGCGGGGACGTGGGTGAGGGGGCCCCTGACGTTCTGAGTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGAAGGGTCCGCTGCAGCGGGGCGGCTGGCGCGGGGCCCGCGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGAAGGGTCCGCTGCAGCGGGGCGGCTGGCGCGGGGCCCGCGGAGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCCCCGAGCGGGACCTCTGGGCGGCGTCTTCCTGCATCTCCGCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCCCCGAGCGGGACCTCTGGGCGGCGTCTTCCTGCATCTCCGCCTCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTCGCGCCGGCGCTCTGTTGGTGAAATTCTTCCCCCTCCTACTCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTCGCGCCGGCGCTCTGTTGGTGAAATTCTTCCCCCTCCTACTCCTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCCCTCACCTACCTGGCTCCCAGCGTCTCCACCCTCTGGCTCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCCCTCACCTACCTGGCTCCCAGCGTCTCCACCCTCTGGCTCCACCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCTGAAAGCCACCGAGACCTCAGGCCCAACCTACATCAAACTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCTGAAAGCCACCGAGACCTCAGGCCCAACCTACATCAAACTGGGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGGCCAGCACCCGGCGCGATCTGTTTTCGGAGGCTTTCTGTGCCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGGCCAGCACCCGGCGCGATCTGTTTTCGGAGGCTTTCTGTGCCCAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTCCAAGCTGCATGTCCGAGTGACGCCCCACCCGTGGACTCACACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTCCAAGCTGCATGTCCGAGTGACGCCCCACCCGTGGACTCACACTGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTTCCTTCGGCAGGCTTTTGGGGATGACTGGGGGAGCATCCTCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTTCCTTCGGCAGGCTTTTGGGGATGACTGGGGGAGCATCCTCTCTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGAACCGGGAACCTGTGGGCTCAGGCTGCGTGGCCCAGGTGTACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGAACCGGGAACCTGTGGGCTCAGGCTGCGTGGCCCAGGTGTACAAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATACGCCAACACTGCCTTCCTGGAGACTGACAGCGTCCAGAGACTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATACGCCAACACTGCCTTCCTGGAGACTGACAGCGTCCAGAGACTTGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGCCTCCTGTCTGCCGCCCTTCTCACATACTGGGGCAGTCGGTGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGCCTCCTGTCTGCCGCCCTTCTCACATACTGGGGCAGTCGGTGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGAGAGCTCTTTGGATACCTTGGAAATGGCCGGAAACCTCCAGAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGAGAGCTCTTTGGATACCTTGGAAATGGCCGGAAACCTCCAGAAAATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGCAGACCAGTCGTTTCTAGAAAGGCTGCTCCTCCCTAAAGCTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGCAGACCAGTCGTTTCTAGAAAGGCTGCTCCTCCCTAAAGCTGACCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGGATCAAATGCAGGGGTGTCTCGGGCTCAGGTCCCTGGCCACCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGGATCAAATGCAGGGGTGTCTCGGGCTCAGGTCCCTGGCCACCAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGCCACCAACCTCATCCCCGTGGCAGTGAAA         GTGTTGCA
        |||||||||||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100901 GAGGCCACCAACCTCATCTCCGTGGCAGTGAAAGTA...CAGGTGTTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCCTGGCCTGCTCGCTCAGGTGCATATGGACCTGCTGCTGATGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101289 CCCTGGCCTGCTCGCTCAGGTGCATATGGACCTGCTGCTGATGAAGATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCAGCCGAGTCCTGGGAGTTTTGCCAGGCATCAAGTGGCTTAGCTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 GCAGCCGAGTCCTGGGAGTTTTGCCAGGCATCAAGTGGCTTAGCTTGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAGATTGTGGAGGAATTTGAGAAGCTGATGGTCCAACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101389 GAGATTGTGGAGGAATTTGAGAAGCTGATGGTCCAACAGGTG...TAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGACCTGCGTTACGAAGCTCAGAATCTAGAACACTTCCAGGTCAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105827 TGACCTGCGTTACGAAGCTCAGAATCTAGAACACTTCCAGGTCAACTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGAATGTGAAAGCCGTCAAGTTCCCCACCCCTCTGCGCCCCTTTGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105877 GGAATGTGAAAGCCGTCAAGTTCCCCACCCCTCTGCGCCCCTTTGTCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGAGAAGTCTTGGTGGAAACGTATGAA         GAGAGTGTGCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105927 AGAGAAGTCTTGGTGGAAACGTATGAAGTA...AAGGAGAGTGTGCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GTCCAGTTACCAGCAGGCAGGAATTCCCGTGGACTTGAAAAGGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107726 GTCCAGTTACCAGCAGGCAGGAATTCCCGTGGACTTGAAAAGGAAGATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CACGGCTGGGGATCAACATGCTCCTGAAGATG         ATATTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107776 CACGGCTGGGGATCAACATGCTCCTGAAGATGGTG...CAGATATTTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GATAACTTTGTCCATGCAGACCTTCACCCTGGAAACATCCTGGTTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113669 GATAACTTTGTCCATGCAGACCTTCACCCTGGAAACATCCTGGTTCAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TGCCAACGGCCTGTCCTCGAGTCAGGAGGCGCAGCTGCAGCAGGCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113719 TGCCAACGGCCTGTCCTCGAGTCAGGAGGCGCAGCTGCAGCAGGCGGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TCTGTGACACTCTGGTGGTGGCCGTGCCATCTTCCCTCTGCCCGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113769 TCTGTGACACTCTGGTGGTGGCCGTGCCATCTTCCCTCTGCCCGCTGCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTGGTGCTGCTGGATGCTGGCATTGTGGCGGAGCTGCAGGCCCCTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113819 CTGGTGCTGCTGGATGCTGGCATTGTGGCGGAGCTGCAGGCCCCTGACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GAGGAATTTCCGGGCAGTTTTCATGGCTGTGGTGATGGGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113869 GAGGAATTTCCGGGCAGTTTTCATGGCTGTGGTGATGGGGCAGGTG...C

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1558   GGCCAGAGAGTGGCTGAGCTGATCCTGCATCATGCCCGGGCCAGCGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116265 AGGGCCAGAGAGTGGCTGAGCTGATCCTGCATCATGCCCGGGCCAGCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TGCAGGGACGTGGAGGGGTTCAAAACCGAGATGGCCATGCTGGTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116315 TGCAGGGACGTGGAGGGGTTCAAAACCGAGATGGCCATGCTGGTGACCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GGCCAGGAAGAACACCATCACCCTGGAGAAG         CTTCATGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116365 GGCCAGGAAGAACACCATCACCCTGGAGAAGGTG...CAGCTTCATGTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CCAGCCTTCTCTCTAGTGTCTTTAAGTTGCTGATGACTCACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117440 CCAGCCTTCTCTCTAGTGTCTTTAAGTTGCTGATGACTCACAAGGTG...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741    GTAAAGCTTGAGAGCAACTTTGCCTCCATTGTGTTTGCCATCATGGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121330 CAGGTAAAGCTTGAGAGCAACTTTGCCTCCATTGTGTTTGCCATCATGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GTTGGAGGGGCTTGGCCGCTCACTGGACCCCAAACTGGACATCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121380 GTTGGAGGGGCTTGGCCGCTCACTGGACCCCAAACTGGACATCCTGGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CAGCGAGGCCCTTCCTCCTCACGGGCCCAGTGTGCCCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121430 CAGCGAGGCCCTTCCTCCTCACGGGCCCAGTGTGCCCCCCG