seq1 = pF1KE3241.tfa, 1689 bp
seq2 = pF1KE3241/gi568815585f_113567387.tfa (gi568815585f:113567387_113835360), 267974 bp

>pF1KE3241 1689
>gi568815585f:113567387_113835360 (Chr13)

1-699  (100001-100699)   99% ->
700-827  (102301-102428)   100% ->
828-985  (104113-104270)   100% ->
986-1069  (155688-155771)   100% ->
1070-1194  (163833-163957)   100% ->
1195-1396  (165498-165699)   100% ->
1397-1689  (167682-167974)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTCGGGTCTTTGGAGACCGTGGTGGCCAACTCTGCCTTCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTCGGGTCTTTGGAGACCGTGGTGGCCAACTCTGCCTTCATCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCGAGGCAGCTTTGACGGCAGCAGCTCCCAACCCTCCCGGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCGAGGCAGCTTTGACGGCAGCAGCTCCCAACCCTCCCGGGACAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTACCTGGCCAAGCTCAAGCTGCCCCCGCTGTCCAAGTGTGAGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTACCTGGCCAAGCTCAAGCTGCCCCCGCTGTCCAAGTGTGAGTCCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGACAGCCTCAGCCTGGAGTTTGAGAGTGTGTGCTTGGAGCAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGACAGCCTCAGCCTGGAGTTTGAGAGTGTGTGCTTGGAGCAGCCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCAAGAAGCTCTTTCAGCAGTTCCTACAATCGGCAGAGAAGCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCAAGAAGCTCTTTCAGCAGTTCCTACAATCGGCAGAGAAGCACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCCTGGAGCTCTGGAAAGACATCGAGGACTATGACACGGCAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCCTGGAGCTCTGGAAAGACATCGAGGACTATGACACGGCAGACAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCTCCAGCCACAGAAGGCCCAGACCATCCTGGCCCAGTACCTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACCTCCAGCCACAGAAGGCCCAGACCATCCTGGCCCAGTACCTGGACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGGCCAAACTCTTCTGCAGCTTCCTGGATGAGGGGATAGTGGCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGGCCAAACTCTTCTGCAGCTTCCTGGATGAGGGGATAGTGGCGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTAAGGAGGGGCCTGTGGAGATCCAGGACGGGCTCTTCCAGCCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTAAGGAGGGGCCTGTGGAGATCCAGGACGGGCTCTTCCAGCCCCTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGCCACCCTGGCACACCTGGGCCAAGCCCCCTTCCAGGAGTACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGCCACCCTGGCACACCTGGGCCAAGCCCCCTTCCAGGAGTACCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGCCTGTACTTCCTGAGGTTCCTGCAGTGGAAGTGGCTGGAAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGCCTGTACTTCCTGAGGTTCCTGCAGTGGAAGTGGCTGGAAGCCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCATGGGGGAGGACTGGTTCCTGGACTTCAGGGTCCTGGGGAAAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100551 CCATGGGGGAGGACTGGTTCCTGGACTTCAGGGTCCTAGGGAAAGGGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCGGGGAGGTGTCGGCCTGCCAGATGAAGGCGACCGGCAAGCTGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCGGGGAGGTGTCGGCCTGCCAGATGAAGGCGACCGGCAAGCTGTATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCAAGAAGCTGAACAAGAAGCGGCTGAAGAAGAGGAAGGGCTACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100651 CTGCAAGAAGCTGAACAAGAAGCGGCTGAAGAAGAGGAAGGGCTACCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700         GGTGCTATGGTGGAGAAGAAGATTCTGATGAAAGTACACAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TG...CAGGGTGCTATGGTGGAGAAGAAGATTCTGATGAAAGTACACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGGTTCATCGTGTCTCTGGCCTATGCGTTTGAAACCAAAGCCGACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 AGGTTCATCGTGTCTCTGGCCTATGCGTTTGAAACCAAAGCCGACCTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TCTGGTGATGACCATCATGAACGGAGGTGACATCAG         GTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102393 TCTGGTGATGACCATCATGAACGGAGGTGACATCAGGTA...CAGGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACATCTACAACGTGAATGAGGAGAACCCTGGCTTCCCGGAGCCGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 ACATCTACAACGTGAATGAGGAGAACCCTGGCTTCCCGGAGCCGCGCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTCTTCTACACGGCGCAGATCATCTGCGGCCTGGAGCACCTGCACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 CTCTTCTACACGGCGCAGATCATCTGCGGCCTGGAGCACCTGCACCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCGGATCGTCTACCGCGACCTCAAGCCCGAGAACGTGCTGCTGGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104218 GCGGATCGTCTACCGCGACCTCAAGCCCGAGAACGTGCTGCTGGACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACG         GCAATGTCCGGATCTCTGACCTTGGGCTGGCCGTGGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104268 ACGGTA...CAGGCAATGTCCGGATCTCTGACCTTGGGCTGGCCGTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTGCTGGACGGACAGAGCAAGACCAAGGGCTACGCAGGGACCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 155726 CTGCTGGACGGACAGAGCAAGACCAAGGGCTACGCAGGGACCCCAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070      GTTTCATGGCCCCCGAGCTCCTGCAGGGCGAGGAGTACGACTTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155776 ..CAGGTTTCATGGCCCCCGAGCTCCTGCAGGGCGAGGAGTACGACTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCGTGGACTACTTTGCCCTGGGGGTCACCCTGTATGAGATGATTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163878 CCGTGGACTACTTTGCCCTGGGGGTCACCCTGTATGAGATGATTGCGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGAGGACCCTTCCGAGCCCGTGGAGAGAAG         GTGGAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 163928 AGAGGACCCTTCCGAGCCCGTGGAGAGAAGGTA...CAGGTGGAGAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAGCTGAAGCACCGGATCATCTCAGAGCCCGTGAAGTACCCTGATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165509 GGAGCTGAAGCACCGGATCATCTCAGAGCCCGTGAAGTACCCTGATAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCAGCCAGGCCAGCAAGGACTTCTGCGAGGCGCTGCTGGAGAAGGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165559 TCAGCCAGGCCAGCAAGGACTTCTGCGAGGCGCTGCTGGAGAAGGACCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAGAAGCGCCTGGGGTTCAGAGATGAGACCTGCGACAAGCTCCGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165609 GAGAAGCGCCTGGGGTTCAGAGATGAGACCTGCGACAAGCTCCGTGCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CCCCCTCTTCAAGGACCTTAACTGGAGGCAGCTGGAGGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 165659 CCCCCTCTTCAAGGACCTTAACTGGAGGCAGCTGGAGGCTGGTA...CAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGATGCTGATGCCCCCTTTCATCCCAGACTCCAAAACTGTCTACGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167682 GGATGCTGATGCCCCCTTTCATCCCAGACTCCAAAACTGTCTACGCAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GATATTCAGGACGTGGGTGCCTTTTCCACCGTCAAAGGTGTGGCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167732 GATATTCAGGACGTGGGTGCCTTTTCCACCGTCAAAGGTGTGGCCTTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAAAACAGACACAGAATTCTTTCAGGAATTTGCCACTGGCAACTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167782 CAAAACAGACACAGAATTCTTTCAGGAATTTGCCACTGGCAACTGCCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TCCCCTGGCAGGAGGAGATGATCGAGACGGGCATCTTTGGCGAGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167832 TCCCCTGGCAGGAGGAGATGATCGAGACGGGCATCTTTGGCGAGCTGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GTGTGGCGCTCGGACGGTCAGATGCCGGACGACATGAAGGGCATCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167882 GTGTGGCGCTCGGACGGTCAGATGCCGGACGACATGAAGGGCATCTCCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GGGCTCCAGCTCCTCGTCCAAGTCAGGGATGTGTCTGGTTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167932 GGGCTCCAGCTCCTCGTCCAAGTCAGGGATGTGTCTGGTTTCC