seq1 = pF1KE3232.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KE3232/gi568815593f_32611777.tfa (gi568815593f:32611777_32886342), 274566 bp

>pF1KE3232 1620
>gi568815593f:32611777_32886342 (Chr5)

1-769  (100001-100769)   100% ->
770-892  (112922-113044)   100% ->
893-1059  (127088-127254)   100% ->
1060-1195  (162932-163067)   100% ->
1196-1290  (168946-169040)   100% ->
1291-1426  (171117-171252)   100% ->
1427-1511  (173023-173107)   100% ->
1512-1620  (174458-174566)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTCTCTGCTGGTGCTCACTTTCTCCCCGTGCGTACTACTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTCTCTGCTGGTGCTCACTTTCTCCCCGTGCGTACTACTCGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGTTGCTGGCCGGCGGCACCGGTGGCGGTGGCGTTGGCGGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGTTGCTGGCCGGCGGCACCGGTGGCGGTGGCGTTGGCGGCGGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGCGCGGGCATAGGCGGCGGACGCCAGGAGAGAGAGGCGCTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGGCGCGGGCATAGGCGGCGGACGCCAGGAGAGAGAGGCGCTGCCGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAAGATCGAGGTGCTGGTGTTACTGCCCCAGGATGACTCGTACTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGAAGATCGAGGTGCTGGTGTTACTGCCCCAGGATGACTCGTACTTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCACTCACCCGGGTGCGGCCGGCCATCGAGTATGCTCTGCGCAGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCACTCACCCGGGTGCGGCCGGCCATCGAGTATGCTCTGCGCAGCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGCAACGGGACTGGGAGGCGGCTTCTGCCGCCGGGCACTCGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGCAACGGGACTGGGAGGCGGCTTCTGCCGCCGGGCACTCGCTTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGCTTACGAGGATTCAGACTGTGGGAACCGTGCGCTCTTCAGCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGCTTACGAGGATTCAGACTGTGGGAACCGTGCGCTCTTCAGCTTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACCGCGTGGCGGCGGCGCGGGGCGCCAAGCCAGACCTTATCCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGACCGCGTGGCGGCGGCGCGGGGCGCCAAGCCAGACCTTATCCTGGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTGTGCGAGTATGCAGCAGCGCCAGTGGCCCGGCTTGCATCGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTGTGCGAGTATGCAGCAGCGCCAGTGGCCCGGCTTGCATCGCACTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACCTGCCCATGCTGTCGGCTGGGGCGCTGGCCGCTGGCTTCCAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACCTGCCCATGCTGTCGGCTGGGGCGCTGGCCGCTGGCTTCCAGCACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGACTCTGAGTACTCGCACCTCACGCGCGTGGCGCCCGCCTACGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGACTCTGAGTACTCGCACCTCACGCGCGTGGCGCCCGCCTACGCCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCGAGATGATGCTCGCCCTGTTCCGCCACCACCACTGGAGCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCGAGATGATGCTCGCCCTGTTCCGCCACCACCACTGGAGCCGCGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCACTGGTCTACAGCGACGACAAGCTGGAGCGGAACTGCTACTTCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCACTGGTCTACAGCGACGACAAGCTGGAGCGGAACTGCTACTTCACCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGAGGGGGTCCACGAGGTCTTCCAGGAGGAGGGTTTGCACACGTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGAGGGGGTCCACGAGGTCTTCCAGGAGGAGGGTTTGCACACGTCCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGTTTCGACGAGACCAAAGACTTGGATCTGGAAGACATCGTGCGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGTTTCGACGAGACCAAAGACTTGGATCTGGAAGACATCGTGCGCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCCAGGCCAGTGAGAGAG         TGGTGATCATGTGTGCGAGCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100751 ATCCAGGCCAGTGAGAGAGGTG...TAGTGGTGATCATGTGTGCGAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGACACCATCCGGAGCATCATGCTGGTGGCGCACAGGCATGGCATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112944 TGACACCATCCGGAGCATCATGCTGGTGGCGCACAGGCATGGCATGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTGGAGACTACGCCTTCTTCAACATTGAGCTCTTCAACAGCTCTTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112994 GTGGAGACTACGCCTTCTTCAACATTGAGCTCTTCAACAGCTCTTCCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 G         GAGATGGCTCATGGAAGAGAGGAGACAAACACGACTTTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113044 GGTA...TAGGAGATGGCTCATGGAAGAGAGGAGACAAACACGACTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGCTAAGCAAGCATACTCGTCCCTCCAGACAGTCACTCTACTGAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127128 AGCTAAGCAAGCATACTCGTCCCTCCAGACAGTCACTCTACTGAGGACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGAAACCTGAGTTTGAGAAGTTTTCCATGGAGGTGAAAAGTTCAGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127178 TGAAACCTGAGTTTGAGAAGTTTTCCATGGAGGTGAAAAGTTCAGTTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAACAAGGGCTCAATATGGAGGATTAC         GTTAACATGTTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127228 AAACAAGGGCTCAATATGGAGGATTACGTA...CAGGTTAACATGTTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAAGGATTCCACGATGCCATCCTCCTCTACGTCTTGGCTCTACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162946 TGAAGGATTCCACGATGCCATCCTCCTCTACGTCTTGGCTCTACATGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TACTCAGAGCTGGTTACAGCAAAAAGGATGGAGGGAAAATTATACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162996 TACTCAGAGCTGGTTACAGCAAAAAGGATGGAGGGAAAATTATACAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACTTGGAACAGAACATTTGAAG         GTATCGCCGGGCAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 163046 ACTTGGAACAGAACATTTGAAGGTG...TAGGTATCGCCGGGCAGGTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CATAGATGCCAACGGAGACCGATATGGGGATTTCTCTGTGATTGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168965 CATAGATGCCAACGGAGACCGATATGGGGATTTCTCTGTGATTGCCATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CTGATGTGGAGGCGGGCACCCAGGAG         GTTATTGGTGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 169015 CTGATGTGGAGGCGGGCACCCAGGAGGTG...TAGGTTATTGGTGATTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTTGGAAAAGAAGGTCGTTTTGAAATGCGGCCGAATGTCAAATATCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171132 TTTGGAAAAGAAGGTCGTTTTGAAATGCGGCCGAATGTCAAATATCCTTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GGGCCCTTTAAAACTGAGAATAGATGAAAACCGAATTGTAGAGCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171182 GGGCCCTTTAAAACTGAGAATAGATGAAAACCGAATTGTAGAGCATACAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACAGCTCTCCCTGCAAATCAT         GTGGCCTAGAAGAATCGGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 171232 ACAGCTCTCCCTGCAAATCATGTA...CAGGTGGCCTAGAAGAATCGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GTGACAGGAATTGTCGTGGGGGCTTTACTAGGAGCTGGCTTGCTAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173043 GTGACAGGAATTGTCGTGGGGGCTTTACTAGGAGCTGGCTTGCTAATGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CTTCTACTTTTTCAG         GAAGAAATACAGAATAACCATTGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 173093 CTTCTACTTTTTCAGGTG...CAGGAAGAAATACAGAATAACCATTGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GGCGAACCCAGCAAGAAGAAAGTAACCTTGGAAAACATCGGGAATTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174484 GGCGAACCCAGCAAGAAGAAAGTAACCTTGGAAAACATCGGGAATTACGG

   1650     .    :    .    :    .    :
   1588 GAAGATTCCATCAGATCCCATTTTTCAGTAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 174534 GAAGATTCCATCAGATCCCATTTTTCAGTAGCT