seq1 = pF1KE3228.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE3228/gi568815588f_6103261.tfa (gi568815588f:6103261_6332939), 229679 bp

>pF1KE3228 1560
>gi568815588f:6103261_6332939 (Chr10)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-202  (110363-110488)   100% ->
203-299  (111961-112057)   100% ->
300-366  (112865-112931)   100% ->
367-441  (113446-113520)   100% ->
442-498  (113875-113931)   100% ->
499-623  (116309-116433)   100% ->
624-831  (117398-117605)   100% ->
832-978  (118121-118267)   100% ->
979-1083  (118381-118485)   100% ->
1084-1213  (119595-119724)   99% ->
1214-1276  (120698-120760)   100% ->
1277-1341  (120889-120953)   100% ->
1342-1515  (122932-123105)   100% ->
1516-1560  (129635-129679)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTTGGAACTGACGCAGAGCCGAGTGCAGAAGATCTGGGTGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTTGGAACTGACGCAGAGCCGAGTGCAGAAGATCTGGGTGCCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCACAGGCCCTCGTTGCCCAGAT         CCTGTGGGCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GGACCACAGGCCCTCGTTGCCCAGATGTG...CAGCCTGTGGGCCAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACCAACTCCCCCACCGTCATCGTCATGGTGGGCCTCCCCGCCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110378 TGACCAACTCCCCCACCGTCATCGTCATGGTGGGCCTCCCCGCCCGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGACCTACATCTCCAAGAAGCTGACTCGCTACCTCAACTGGATTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110428 AAGACCTACATCTCCAAGAAGCTGACTCGCTACCTCAACTGGATTGGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCACAAAAG         TGTTCAACGTCGGGGAGTATCGCCGGGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110478 CCCCACAAAAGGTG...CAGTGTTCAACGTCGGGGAGTATCGCCGGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTGAAGCAGTACAGCTCCTACAACTTCTTCCGCCCCGACAATGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111991 CTGTGAAGCAGTACAGCTCCTACAACTTCTTCCGCCCCGACAATGAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCATGAAAGTCCGGAA         GCAATGTGCCTTAGCTGCCTTGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112041 GCCATGAAAGTCCGGAAGTA...CAGGCAATGTGCCTTAGCTGCCTTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATGTCAAAAGCTACCTGGCGAAAGAAGGGGGACAAATTGCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112889 AGATGTCAAAAGCTACCTGGCGAAAGAAGGGGGACAAATTGCGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GTTTTCGATGCCACCAATACTACTAGAGAGAGGAGACACATGATCCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113444 AGGTTTTCGATGCCACCAATACTACTAGAGAGAGGAGACACATGATCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATTTTGCCAAAGAAAATGACTTTAAG         GCGTTTTTCATCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113494 CATTTTGCCAAAGAAAATGACTTTAAGGTG...CAGGCGTTTTTCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTCGGTGTGCGACGACCCTACAGTTGTGGCCTCCAATATCATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113889 GTCGGTGTGCGACGACCCTACAGTTGTGGCCTCCAATATCATGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499   GAAGTTAAAATCTCCAGCCCGGATTACAAAGACTGCAACTCGGCAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116307 AGGAAGTTAAAATCTCCAGCCCGGATTACAAAGACTGCAACTCGGCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCATGGACGACTTCATGAAGAGGATCAGTTGCTATGAAGCCAGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116357 GCCATGGACGACTTCATGAAGAGGATCAGTTGCTATGAAGCCAGCTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCCCTCGACCCCGACAAATGCGACAG         GGACTTGTCGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116407 GCCCCTCGACCCCGACAAATGCGACAGGTG...CAGGGACTTGTCGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCAAGGTGATTGACGTGGGCCGGAGGTTCCTGGTGAACCGGGTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117412 TCAAGGTGATTGACGTGGGCCGGAGGTTCCTGGTGAACCGGGTGCAGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CACATCCAGAGCCGCATCGTGTACTACCTGATGAACATCCACGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117462 CACATCCAGAGCCGCATCGTGTACTACCTGATGAACATCCACGTGCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCGTACCATCTACCTGTGCCGGCACGGCGAGAACGAGCACAACCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117512 GCGTACCATCTACCTGTGCCGGCACGGCGAGAACGAGCACAACCTCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCCGCATCGGGGGCGACTCAGGCCTGTCCAGCCGGGGCAAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117562 GCCGCATCGGGGGCGACTCAGGCCTGTCCAGCCGGGGCAAGAAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832    TTTGCCAGTGCTCTGAGCAAGTTCGTGGAGGAGCAGAACCTGAAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118118 CAGTTTGCCAGTGCTCTGAGCAAGTTCGTGGAGGAGCAGAACCTGAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGCGCGTGTGGACCAGCCAGCTGAAGAGCACCATCCAGACGGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118168 CCTGCGCGTGTGGACCAGCCAGCTGAAGAGCACCATCCAGACGGCCGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CGCTGCGGCTGCCCTACGAGCAGTGGAAGGCGCTCAATGAGATCGACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118218 CGCTGCGGCTGCCCTACGAGCAGTGGAAGGCGCTCAATGAGATCGACGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          GGCGTCTGTGAGGAGCTGACCTACGAGGAGATCAGGGACAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118268 GTG...CAGGGCGTCTGTGAGGAGCTGACCTACGAGGAGATCAGGGACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTACCCTGAGGAGTATGCGCTGCGGGAGCAGGACAAGTACTATTACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118422 CTACCCTGAGGAGTATGCGCTGCGGGAGCAGGACAAGTACTATTACCGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACCCCACCGGGGAG         TCCTACCAGGACCTGGTCCAGCGCTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118472 ACCCCACCGGGGAGGTG...CAGTCCTACCAGGACCTGGTCCAGCGCTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGCCAGTGATCATGGAGCTGGAGCGGCAGGAGAATGTACTGGTCATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 119622 GAGCCAGTGATCATGGAGCTGGAGCGGCAGGAGAATGTGCTGGTCATCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCACCAGGCCGTCCTGCGCTGCCTGCTTGCCTACTTCCTGGATAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119672 CCACCAGGCCGTCCTGCGCTGCCTGCTTGCCTACTTCCTGGATAAGAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAG         AGGAGATGCCCTACCTGAAATGCCCTCTTCACACCGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119722 CAGGTA...CAGAGGAGATGCCCTACCTGAAATGCCCTCTTCACACCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGAAACTGACGCCTGTCGCTTATG         GCTGCCGTGTGGAATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 120736 CTGAAACTGACGCCTGTCGCTTATGGTG...CAGGCTGCCGTGTGGAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CATCTACCTGAACGTGGAGTCCGTCTGCACACACCGGGAGAGGTCAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120905 CATCTACCTGAACGTGGAGTCCGTCTGCACACACCGGGAGAGGTCAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342         GATGCAAAGAAGGGACCTAACCCGCTCATGAGACGCAATAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120955 TG...TAGGATGCAAAGAAGGGACCTAACCCGCTCATGAGACGCAATAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTCACCCCGCTAGCCAGCCCCGAACCCACCAAAAAGCCTCGCATCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122974 GTCACCCCGCTAGCCAGCCCCGAACCCACCAAAAAGCCTCGCATCAACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTTTGAGGAGCATGTGGCCTCCACCTCGGCCGCCCTGCCCAGCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123024 CTTTGAGGAGCATGTGGCCTCCACCTCGGCCGCCCTGCCCAGCTGCCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCCCGGAGGTGCCCACGCAGCTGCCTGGACAA         AACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 123074 CCCCGGAGGTGCCCACGCAGCTGCCTGGACAAGTC...CAGAACATGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1525 GGCTCCCGGAGCAGCGCTGACTCCTCCAGGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129644 GGCTCCCGGAGCAGCGCTGACTCCTCCAGGAAACAC