seq1 = pF1KE3226.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KE3226/gi568815580f_23353440.tfa (gi568815580f:23353440_23581276), 227837 bp

>pF1KE3226 1557
>gi568815580f:23353440_23581276 (Chr18)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-179  (109525-109640)   100% ->
180-325  (110528-110673)   100% ->
326-433  (110767-110874)   100% ->
434-543  (111080-111189)   100% ->
544-687  (112694-112837)   100% ->
688-815  (113960-114087)   100% ->
816-1013  (119990-120187)   100% ->
1014-1173  (121509-121668)   100% ->
1174-1254  (123567-123647)   100% ->
1255-1344  (123740-123829)   100% ->
1345-1452  (125878-125985)   100% ->
1453-1557  (127733-127837)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTGGTAGGAGTGGCATCGCCTGAGCCCGGGACGGCAGCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTGGTAGGAGTGGCATCGCCTGAGCCCGGGACGGCAGCGGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGACCCAGCAAG         TGTCCATGGGCTATTCCTCAAAATACAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGACCCAGCAAGGTA...TAGTGTCCATGGGCTATTCCTCAAAATACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATCTTGTTCTTTGGCTGATGTAATGAGTGAACAGCTGGCCAAAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109553 TATCTTGTTCTTTGGCTGATGTAATGAGTGAACAGCTGGCCAAAGAATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTTAGAAGAAGAAGCTGCCGTTTTTCCTGAAGTTGC         TGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109603 CAGTTAGAAGAAGAAGCTGCCGTTTTTCCTGAAGTTGCGTA...TAGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTGAAGGACCATTTATTACTGGAGAAAACATTGATACTTCCAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110531 TGCTGAAGGACCATTTATTACTGGAGAAAACATTGATACTTCCAGTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTATGCTGGCTCAGATGCTACAGATGGAATATGACAGAGAATATGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110581 TTATGCTGGCTCAGATGCTACAGATGGAATATGACAGAGAATATGATGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCTTAGGCGTGAAGAAAAAAAATTCAATGGAGATAGCAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110631 CAGCTTAGGCGTGAAGAAAAAAAATTCAATGGAGATAGCAAAGGTA...A

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   TTTCCATTTCCTTTGAAAATTATCGAAAAGTGCATCCTTATGAAGACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110765 AGTTTCCATTTCCTTTGAAAATTATCGAAAAGTGCATCCTTATGAAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCGATAGCTCTGAAGATGAGGTTGACTGGCAGGATACTCGTGATGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110815 GCGATAGCTCTGAAGATGAGGTTGACTGGCAGGATACTCGTGATGATCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACAGACCAG         CAAAACCGGTTCCCACTCCTAAAAAGGGCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110865 TACAGACCAGGTA...TAGCAAAACCGGTTCCCACTCCTAAAAAGGGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATTGGAAAAGGAAAAGATATCACCACCAAACATGATGAAGTAGTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111111 TATTGGAAAAGGAAAAGATATCACCACCAAACATGATGAAGTAGTATGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAGAAAGAACACAGCAAGAATGGAAAAT         TTTGCACCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111161 GGAGAAAGAACACAGCAAGAATGGAAAATGTA...CAGTTTGCACCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTCAGGTAGGAGATGGAATTGGAATGGATTTAAAACTATCAAACCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112706 TTTCAGGTAGGAGATGGAATTGGAATGGATTTAAAACTATCAAACCATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTCAATGCTTTAAAACAACATGCCTACTCAGAAGAACGTCGAAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112756 TTTCAATGCTTTAAAACAACATGCCTACTCAGAAGAACGTCGAAGTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCTACATGAGAAAAAGGAGCATTCTACAGCA         GAAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112806 GCCTACATGAGAAAAAGGAGCATTCTACAGCAGTA...CAGGAAAAAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTGATCCTAAGACACGTTTACTTATGTATAAAATGGTCAACTCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113969 GTTGATCCTAAGACACGTTTACTTATGTATAAAATGGTCAACTCTGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTGGAGACAATCACTGGCTGTATTAGTACAGGAAAGGAGTCTGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114019 GTTGGAGACAATCACTGGCTGTATTAGTACAGGAAAGGAGTCTGTTGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCATGCATATGGAGGGAG         CATGGAGGATGAAAAGGAAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114069 TTCATGCATATGGAGGGAGGTA...TAGCATGGAGGATGAAAAGGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGTAAAGTTATACCTACAGAATGTGCCATCAAGGTATTTAAAACAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120012 AGTAAAGTTATACCTACAGAATGTGCCATCAAGGTATTTAAAACAACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAATGAATTTAAGAATCGTGACAAATATATTAAAGATGATTTCAGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120062 TAATGAATTTAAGAATCGTGACAAATATATTAAAGATGATTTCAGGTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGATCGCTTCAGTAAACTAAATCCACGTAAGATCATCCGCATGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120112 AAGATCGCTTCAGTAAACTAAATCCACGTAAGATCATCCGCATGTGGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAAAAGAAATGCACAATCTCGCAAG         AATGCAGAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120162 GAAAAAGAAATGCACAATCTCGCAAGGTA...TAGAATGCAGAGAGCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AATTCCTTGTCCAACAGTTGTACTACTGAAGAAACACATTTTAGTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121524 AATTCCTTGTCCAACAGTTGTACTACTGAAGAAACACATTTTAGTTATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTTTATTGGCCATGATCAAGTTCCAGCCCCTAAATTAAAAGAAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121574 CTTTTATTGGCCATGATCAAGTTCCAGCCCCTAAATTAAAAGAAGTAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCAATAGTGAAGAAATGAAAGAAGCCTACTATCAAACTCTTCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121624 CTCAATAGTGAAGAAATGAAAGAAGCCTACTATCAAACTCTTCATGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174     TTGATGCGGCAGTTATATCATGAATGTACGCTTGTCCATGCTGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121674 .CAGTTGATGCGGCAGTTATATCATGAATGTACGCTTGTCCATGCTGACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCAGTGAGTATAACATGCTGTGGCATGCTGGAAAG         GTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123613 TCAGTGAGTATAACATGCTGTGGCATGCTGGAAAGGTG...TAGGTCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTGATCGATGTCAGTCAGTCAGTAGAACCTACCCACCCTCACGGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123746 TTGATCGATGTCAGTCAGTCAGTAGAACCTACCCACCCTCACGGCCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTTCTTGTTCCGGGACTGCAGGAATGTCTCGCAG         TTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123796 GTTCTTGTTCCGGGACTGCAGGAATGTCTCGCAGGTA...TAGTTTTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGAAAGGAGGAGTCAAGGAAGCCCTTAGTGAACGAGAACTCTTCAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125885 AGAAAGGAGGAGTCAAGGAAGCCCTTAGTGAACGAGAACTCTTCAATGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTTTCAGGCTTAAACATCACAGCAGATAATGAAGCTGATTTTTTAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125935 GTTTCAGGCTTAAACATCACAGCAGATAATGAAGCTGATTTTTTAGCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 G         ATAGAAGCTTTGGAGAAAATGAATGAAGATCACGTTCAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125985 GGTA...TAGATAGAAGCTTTGGAGAAAATGAATGAAGATCACGTTCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGAATGGAAGGAAAGCTGCTTCATTTTTGAAAGATGATGGAGACCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127773 AGAATGGAAGGAAAGCTGCTTCATTTTTGAAAGATGATGGAGACCCACCA

   1650     .    :    .
   1543 CTACTATATGATGAA
        |||||||||||||||
 127823 CTACTATATGATGAA