seq1 = pF1KE3225.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KE3225/gi568815586f_108952679.tfa (gi568815586f:108952679_109185928), 233250 bp

>pF1KE3225 1551
>gi568815586f:108952679_109185928 (Chr12)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-193  (104004-104113)   100% ->
194-376  (105248-105430)   100% ->
377-480  (114846-114949)   100% ->
481-579  (118934-119032)   100% ->
580-625  (119627-119672)   100% ->
626-720  (120760-120854)   98% ->
721-780  (128656-128715)   100% ->
781-867  (129255-129341)   100% ->
868-948  (129985-130065)   100% ->
949-1168  (130165-130384)   100% ->
1169-1289  (132275-132395)   100% ->
1290-1551  (132989-133250)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGCTCCCGGGCCGAGGCGGCGATGACCGCGGCCGACAGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGCTCCCGGGCCGAGGCGGCGATGACCGCGGCCGACAGGGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGCTTCCTGCGGACCGGGGCGGCCGTCAG         ATATAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 CCAGCGCTTCCTGCGGACCGGGGCGGCCGTCAGGTG...TAGATATAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATGAAGAACTGGGGAGTTATAGGTGGAATTGCTGCTGCTCTTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104012 TCATGAAGAACTGGGGAGTTATAGGTGGAATTGCTGCTGCTCTTGCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAATATATGTTATTTGGGGTCCCATTACAGAAAGAAAGAAGCGTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104062 GGAATATATGTTATTTGGGGTCCCATTACAGAAAGAAAGAAGCGTAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GGCTTGTGCCTGGCCTTGTTAATTTAGGGAACACCTGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104112 AGGTA...TAGGGCTTGTGCCTGGCCTTGTTAATTTAGGGAACACCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATGAACTCCCTGCTACAAGGCCTGTCTGCCTGTCCTGCTTTCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105287 TCATGAACTCCCTGCTACAAGGCCTGTCTGCCTGTCCTGCTTTCATCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGCTGGAAGAGTTCACCTCCCAGTACTCCAGGGATCAGAAGGAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105337 TGGCTGGAAGAGTTCACCTCCCAGTACTCCAGGGATCAGAAGGAGCCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCACACCAGTATTTATCCTTAACACTCTTGCACCTTCTGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105387 CTCACACCAGTATTTATCCTTAACACTCTTGCACCTTCTGAAAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    CCTTGTCCTGCCAAGAAGTTACTGATGATGAGGTCTTAGATGCAAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114843 CAGCCTTGTCCTGCCAAGAAGTTACTGATGATGAGGTCTTAGATGCAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCTTGTTGGATGTCTTAAGAATGTACAGATGGCAGATCTCATCATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114893 TGCTTGTTGGATGTCTTAAGAATGTACAGATGGCAGATCTCATCATTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAACAG         GATGCTCACGAATTATTCCATGTCATTACCTCGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114943 AGAACAGGTG...CAGGATGCTCACGAATTATTCCATGTCATTACCTCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATTGGAAGATGAGCGAGACCGCCAGCCTCGGGTCACACATTTGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118968 CATTGGAAGATGAGCGAGACCGCCAGCCTCGGGTCACACATTTGTTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCATTCCCTGGAG         CAGCAGTCAGAAATAACTCCCAAACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119018 GTGCATTCCCTGGAGGTA...CAGCAGCAGTCAGAAATAACTCCCAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATTACCTGCCGCACAAGAG         GGTCACCTCACCCCACATCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| |||||||
 119653 AATTACCTGCCGCACAAGAGGTA...CAGGGTCACCTCACCCTACATCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATCACTGGAAGTCTCAACATCCTTTTCATGGAAGACTCACTAGTAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120781 ATCACTGGAAGTCTCAACATCCTTTTCATGGAAGACTCACTAGTAATATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCTGCAAACACTGTGAACACCAG         AGTCCTGTTCGATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120831 GTCTGCAAACACTGTGAACACCAGGTA...CAGAGTCCTGTTCGATTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TACCTTTGATAGCCTTTCACTAAGTATTCCAGCCGCCACATGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128673 TACCTTTGATAGCCTTTCACTAAGTATTCCAGCCGCCACATGGGTA...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781   GGTCACCCATTGACCCTGGACCACTGCCTTCACCACTTCATCTCATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129253 AGGGTCACCCATTGACCCTGGACCACTGCCTTCACCACTTCATCTCATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAATCAGTGCGGGATGTTGTGTGTGACAACTGTACAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129303 GAATCAGTGCGGGATGTTGTGTGTGACAACTGTACAAAGGTA...CAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGAAGCCAAGGGAACGTTGAACGGGGAAAAGGTGGAACACCAGAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129987 TGAAGCCAAGGGAACGTTGAACGGGGAAAAGGTGGAACACCAGAGGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTTTTGTTAAACAGTTAAAACTAGGGAAG         CTCCCTCAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130037 CTTTTGTTAAACAGTTAAAACTAGGGAAGGTG...CAGCTCCCTCAGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTCTGCATCCACCTACAGCGGCTGAGCTGGTCCAGCCACGGCACGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130177 CTCTGCATCCACCTACAGCGGCTGAGCTGGTCCAGCCACGGCACGCCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GAAGCGGCATGAGCACGTGCAGTTCAATGAGTTCCTGATGATGGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130227 GAAGCGGCATGAGCACGTGCAGTTCAATGAGTTCCTGATGATGGACATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACAAGTACCACCTCCTTGGACATAAACCTAGTCAACACAACCCTAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130277 ACAAGTACCACCTCCTTGGACATAAACCTAGTCAACACAACCCTAAACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AACAAGAACCCAGGGCCTACACTGGAGCTGCAGGATGGGCCGGGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130327 AACAAGAACCCAGGGCCTACACTGGAGCTGCAGGATGGGCCGGGAGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CACACCAG         TTCTGAATCAGCCAGGGGCCCCCAAAACACAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 130377 CACACCAGGTG...CAGTTCTGAATCAGCCAGGGGCCCCCAAAACACAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTTTTATGAATGGCGCCTGCTCCCCATCTTTATTGCCAACGCTGTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132308 TTTTTATGAATGGCGCCTGCTCCCCATCTTTATTGCCAACGCTGTCAGCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCGATGCCCTTCCCTCTCCCAGTTGTTCCCGACTACAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 132358 CCGATGCCCTTCCCTCTCCCAGTTGTTCCCGACTACAGGTG...CAGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTCCACATACCTCTTCCGGCTGATGGCAGTTGTCGTCCACCATGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132992 CTCCACATACCTCTTCCGGCTGATGGCAGTTGTCGTCCACCATGGAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGCACTCTGGACACTTTGTCACTTACCGACGGTCCCCACCTTCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133042 TGCACTCTGGACACTTTGTCACTTACCGACGGTCCCCACCTTCTGCCAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AACCCTCTCTCAACTAGCAATCAGTGGCTGTGGGTCTCCGATGACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133092 AACCCTCTCTCAACTAGCAATCAGTGGCTGTGGGTCTCCGATGACACTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCGCAAGGCCAGCCTGCAGGAGGTCCTGTCCTCCAGCGCCTACCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133142 CCGCAAGGCCAGCCTGCAGGAGGTCCTGTCCTCCAGCGCCTACCTGCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCTACGAGCGCGTCCTTTCCAGGATGCAGCACCAGAGCCAGGAGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133192 TCTACGAGCGCGTCCTTTCCAGGATGCAGCACCAGAGCCAGGAGTGCAAG

   1650     .
   1543 TCTGAAGAA
        |||||||||
 133242 TCTGAAGAA