seq1 = pF1KE3222.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KE3222/gi568815575r_100910584.tfa (gi568815575r:100910584_101142289), 231706 bp

>pF1KE3222 1512
>gi568815575r:100910584_101142289 (ChrX)

(complement)

1-248  (100001-100248)   100% ->
249-303  (100919-100973)   100% ->
304-438  (104239-104373)   100% ->
439-538  (105217-105316)   100% ->
539-609  (106607-106677)   100% ->
610-756  (118674-118820)   100% ->
757-851  (120228-120322)   100% ->
852-1066  (120975-121189)   100% ->
1067-1168  (121702-121803)   100% ->
1169-1288  (122887-123006)   100% ->
1289-1388  (123220-123319)   100% ->
1389-1512  (131583-131706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGCCTTAAGAGAAGAGTCCCACTGCACAGCCTCAGATACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGCCTTAAGAGAAGAGTCCCACTGCACAGCCTCAGATACTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCATGGTGGGTCTCTTCTCCAAACCAGGACTGCTTCCCTGGTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCATGGTGGGTCTCTTCTCCAAACCAGGACTGCTTCCCTGGTATGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAATCCACCAGGATGGTCACAGCTCTTTCTGGGCACAGTATGTAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAATCCACCAGGATGGTCACAGCTCTTTCTGGGCACAGTATGTAAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTTCACCCGTGTGATAGCCACGAAATGTCAGAAAGGACAAAAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTTCACCCGTGTGATAGCCACGAAATGTCAGAAAGGACAAAAAAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGAAACCAAGCCATCTTGGACCACTAGATGGTTCCTGGCAGGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100201 GAAGAAACCAAGCCATCTTGGACCACTAGATGGTTCCTGGCAGGAAAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249        GCTGGCTGATGTTGTGACACCACTCTGGAGGTTGAGCTATGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 A...AAGGCTGGCTGATGTTGTGACACCACTCTGGAGGTTGAGCTATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACAGCTCAAG         GTGAAATTTGCAGCTCAGAAGAAAATTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100962 GAACAGCTCAAGGTA...CAGGTGAAATTTGCAGCTCAGAAGAAAATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAAAGACTAGAGTCTTACATCCAAATGCTCAATGGAGTCAGTGTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104268 ACAAAGACTAGAGTCTTACATCCAAATGCTCAATGGAGTCAGTGTGACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGCTGTACCCAAATCTGAGAGGCTCTCTTGTCTTCTCCATCCTATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104318 CGGCTGTACCCAAATCTGAGAGGCTCTCTTGTCTTCTCCATCCTATTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCTCT         CCTGTCATCAATGGTTACCGAAATAAGTCCACCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104368 CCCTCTGTA...CAGCCTGTCATCAATGGTTACCGAAATAAGTCCACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTGTGAACCGAGGTCCAGATGGCAATCCAAAGACTGTGGGGTTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105252 CTCTGTGAACCGAGGTCCAGATGGCAATCCAAAGACTGTGGGGTTCTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGGAACTTGGAGAG         ATGGGAACGTTGTCTGTGTGCAGTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105302 TGGGAACTTGGAGAGGTC...TAGATGGGAACGTTGTCTGTGTGCAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCATCTGAAAAACATCCCTGAGAAACACAGTCAAGTGGCGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106633 AATCATCTGAAAAACATCCCTGAGAAACACAGTCAAGTGGCGCAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     TACTATGAAGTATTCCTTCGACAGTCTCCATTGGAGCCCTGCCTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106683 .TAGTACTATGAAGTATTCCTTCGACAGTCTCCATTGGAGCCCTGCCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TATTTCATGAAGGTGGATACTGGCGTGAGCTCACAGTCCGCACCAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118720 TATTTCATGAAGGTGGATACTGGCGTGAGCTCACAGTCCGCACCAATAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGGGCACACAATGGCTATCATCACTTTCCATCCCCAGAAATTAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118770 CAAGGGCACACAATGGCTATCATCACTTTCCATCCCCAGAAATTAAGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 G         GAGGAGCTCCATGTTCAGAAGGAGATTGTAAAGGAATTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118820 GGTG...CAGGAGGAGCTCCATGTTCAGAAGGAGATTGTAAAGGAATTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCATCAGAGGTCCTGGAGCAGCCTGTGGCTTGACCTCACTTTACTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120268 TCATCAGAGGTCCTGGAGCAGCCTGTGGCTTGACCTCACTTTACTTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAAG         TACCATGACCCGTTGCAGCCATCAGCAGTCTCCCTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120318 GAAAGGTA...CAGTACCATGACCCGTTGCAGCCATCAGCAGTCTCCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGCTTCTGTTTGGGGAACCCTACATCTTTGAAGAACTTCTGAGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121011 TCAGCTTCTGTTTGGGGAACCCTACATCTTTGAAGAACTTCTGAGCTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGATCCGCATCTCTCCAGATGCCTTTTTCCAGATTAACACAGCTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121061 AGATCCGCATCTCTCCAGATGCCTTTTTCCAGATTAACACAGCTGGTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGATGCTGTATCGGACTGTGGGGGAGCTGACTGGAGTGAACTCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121111 GAGATGCTGTATCGGACTGTGGGGGAGCTGACTGGAGTGAACTCTGACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATCCTTCTTGACATCTGCTGTGGAACTG         GTGTGATTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121161 CATCCTTCTTGACATCTGCTGTGGAACTGGCA...CAGGTGTGATTGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTCTCTGGCTCAGCATACATCTCGGGTCCTTGGGATTGAATTGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121714 TCTCTCTGGCTCAGCATACATCTCGGGTCCTTGGGATTGAATTGTTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGGCAGTGGAGGATGCAAGATGGACTGCAGCCTTCAATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121764 CAGGCAGTGGAGGATGCAAGATGGACTGCAGCCTTCAATGGTA...TAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATCACCAACTCTGAATTTCATACTGGTCAAGCAGAGAAGATTTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122888 CATCACCAACTCTGAATTTCATACTGGTCAAGCAGAGAAGATTTTGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCTGCTAAAGTCAAAGGAAGATGGACAGTCAATTGTTGCTGTGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122938 GGCTGCTAAAGTCAAAGGAAGATGGACAGTCAATTGTTGCTGTGGTGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCAGCCCGTGCCGGACTGC         ATTACAAGGTGATTCAAGCCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122988 CCAGCCCGTGCCGGACTGCGTA...CAGATTACAAGGTGATTCAAGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCGAAACTTCAGGGCCATCCACACGCTAGTTTTTGTTTCCTGCAAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123242 TCGAAACTTCAGGGCCATCCACACGCTAGTTTTTGTTTCCTGCAAGCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGGTGAATCCACTAGGAATGTCATTGA         GCTGTGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 123292 ATGGTGAATCCACTAGGAATGTCATTGAGTA...CAGGCTGTGCTGTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCAGACCCTGCTAAGAAGCTCTTAGGCGAGCCCTTTGTCCTGCAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131596 CCAGACCCTGCTAAGAAGCTCTTAGGCGAGCCCTTTGTCCTGCAGCAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGTACCTGTGGATTTGTTCCCTCACACCCCACATTGTGAGCTGGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131646 TGTACCTGTGGATTTGTTCCCTCACACCCCACATTGTGAGCTGGTGCTCC

   1600     .    :
   1502 TCTTTACTCGA
        |||||||||||
 131696 TCTTTACTCGA