seq1 = pF1KE3204.tfa, 1419 bp
seq2 = pF1KE3204/gi568815593r_138185695.tfa (gi568815593r:138185695_138431180), 245486 bp

>pF1KE3204 1419
>gi568815593r:138185695_138431180 (Chr5)

(complement)

1-194  (100001-100194)   100% ->
195-289  (101534-101628)   100% ->
290-335  (102652-102697)   100% ->
336-369  (105127-105160)   100% ->
370-459  (105277-105366)   100% ->
460-615  (111807-111962)   99% ->
616-762  (139065-139211)   100% ->
763-864  (140441-140542)   100% ->
865-927  (141618-141680)   100% ->
928-1026  (143914-144012)   100% ->
1027-1160  (144551-144684)   100% ->
1161-1272  (145048-145159)   100% ->
1273-1419  (145340-145486)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTACGGAACTCTTCTCATCCACAAGAGAGGAAGGAAGCTCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTACGGAACTCTTCTCATCCACAAGAGAGGAAGGAAGCTCTGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGACCCAGTTTTAGGTCTAATCAAAGGAAAATGTTAAACCTGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGACCCAGTTTTAGGTCTAATCAAAGGAAAATGTTAAACCTGCTCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGAGACACTTCCTTTACCGTCTGTCCAGATGTCCCTAGAACTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGAGACACTTCCTTTACCGTCTGTCCAGATGTCCCTAGAACTCCAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAAATTTCTTGGTGATTCTGCAAACCTAAGCATTTTGTCTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100151 GGCAAATTTCTTGGTGATTCTGCAAACCTAAGCATTTTGTCTGGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195    AGGAACCCCAAAACGTTGCCTCGATCTTTCGAATCTTAGCAGTGGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101531 CAGAGGAACCCCAAAACGTTGCCTCGATCTTTCGAATCTTAGCAGTGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATAACTGCCACTCAGCTTACCACTTCTGCAGACCTTGATGAAACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101581 AGATAACTGCCACTCAGCTTACCACTTCTGCAGACCTTGATGAAACTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        GTCACCTGGATTCTTCAGGACTTCAGGAAGTGCATTTAGCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101631 A...CAGGTCACCTGGATTCTTCAGGACTTCAGGAAGTGCATTTAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAT         GAATCATGACCAGCACCTAATGAAATGTAGCCCA    
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102695 GATGTA...CAGGAATCATGACCAGCACCTAATGAAATGTAGCCCAGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GCACAGCTTCTTTGTAGCACTCCGAATGGTTTGGACCGTGGCCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105165 ..TAGGCACAGCTTCTTTGTAGCACTCCGAATGGTTTGGACCGTGGCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAAAGAGAGATGCAATGTGTAGTTCATCTGCAAATAAAGAAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105322 AGAAAGAGAGATGCAATGTGTAGTTCATCTGCAAATAAAGAAAATGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     GACAATGGAAACTTGGTGGACAGTGAAATGAAATATTTGGGCAGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105372 .CAGGACAATGGAAACTTGGTGGACAGTGAAATGAAATATTTGGGCAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATTACTACTGTTCCAAAATTGGATAAAAATCCAAACCTAGGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111853 CCATTACTACTGTTCCAAAATTGGATAAAAATCCAAACCTAGGAGAAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGCAGAAGAGATTTCAGATGAATTAATGGAGTTTTCCCTGAAGGATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 111903 CAGGCAGAAGAGATTTCAGATGAATTAATGGAGTTTTCCCTGAAAGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAGCAAAG         GTGAGCAGAAGTGGCCTATATCGCTCCCCGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111953 AGAAGCAAAGGTA...CAGGTGAGCAGAAGTGGCCTATATCGCTCCCCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGATGCCAGAGAACTTGAACAGGCCAAGACTGAAGCAGGTGGAAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139096 CGATGCCAGAGAACTTGAACAGGCCAAGACTGAAGCAGGTGGAAAAATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGGACAACACAATACCAGATAAAGTTAAAAAAAAGTATTTTTCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139146 AAGGACAACACAATACCAGATAAAGTTAAAAAAAAGTATTTTTCTGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGAAAGCTCAGGAAG         GGCTTATGTTTAAAGAAGACAGTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 139196 AGGAAAGCTCAGGAAGGTA...CAGGGCTTATGTTTAAAGAAGACAGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCTGTGTGACATTACTATCACTCAGATGCTGGAGGAAGATTCTAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140466 CTCTGTGTGACATTACTATCACTCAGATGCTGGAGGAAGATTCTAACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGCACCTGATTGGTGATTTTTCCAAG         GTATGTGCGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 140516 GGGCACCTGATTGGTGATTTTTCCAAGGTG...TAGGTATGTGCGCTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AACCGTGTCAGGGAAACACCAAGATCTGAAGTATGTCAACCCAGAAACA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 141632 AACCGTGTCAGGGAAACACCAAGATCTGAAGTATGTCAACCCAGAAACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928         GTGGCTGCCTTACTGTCGGGGAAGTTCCAGGGTCTGATTGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141682 TA...CAGGTGGCTGCCTTACTGTCGGGGAAGTTCCAGGGTCTGATTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGTTTTATGTCATTGATTGTCGCTATCCATATGAGTATCTGGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143956 AAGTTTTATGTCATTGATTGTCGCTATCCATATGAGTATCTGGGAGGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATCCAG         GGAGCCTTAAACTTATATAGTCAGGAAGAACTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144006 CATCCAGGTG...CAGGGAGCCTTAAACTTATATAGTCAGGAAGAACTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTAACTTCTTTCTGAAGAAGCCCATCGTCCCTTTGGACACCCAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144585 TTAACTTCTTTCTGAAGAAGCCCATCGTCCCTTTGGACACCCAGAAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATAATCATCGTGTTCCACTGTGAATTCTCCTCAGAGAGGGGCCCCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144635 ATAATCATCGTGTTCCACTGTGAATTCTCCTCAGAGAGGGGCCCCCGAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161          GTGCCGCTGTCTGCGTGAAGAGGACAGGTCTCTGAACCAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144685 GTG...AAGGTGCCGCTGTCTGCGTGAAGAGGACAGGTCTCTGAACCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATCCTGCATTGTACTACCCAGAGCTATATATCCTTAAAGGCGGCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145089 ATCCTGCATTGTACTACCCAGAGCTATATATCCTTAAAGGCGGCTACAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACTTCTTTCCAGAATATATG         GAACTGTGTGAACCACAGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 145139 GACTTCTTTCCAGAATATATGGTA...CAGGAACTGTGTGAACCACAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTACTGCCCTATGCATCATCAGGACCACAAGACTGAGTTGCTGAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145360 CTACTGCCCTATGCATCATCAGGACCACAAGACTGAGTTGCTGAGGTGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GAAGCCAGAGCAAAGTGCAGGAAGGGGAGCGGCAGCTGCGGGAGCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145410 GAAGCCAGAGCAAAGTGCAGGAAGGGGAGCGGCAGCTGCGGGAGCAGATT

   1500     .    :    .    :    .
   1393 GCCCTTCTGGTGAAGGACATGAGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||
 145460 GCCCTTCTGGTGAAGGACATGAGCCCA