seq1 = pF1KE3188.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KE3188/gi568815581f_30871074.tfa (gi568815581f:30871074_31099188), 228115 bp

>pF1KE3188 1296
>gi568815581f:30871074_31099188 (Chr17)

1-372  (100001-100372)   100% ->
373-516  (113544-113687)   100% ->
517-679  (116871-117033)   100% ->
680-769  (126169-126258)   100% ->
770-1296  (127589-128115)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCCTGGGCCTGGGCTCCGCCGTTCCCGTGTGGCTGGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCCTGGGCCTGGGCTCCGCCGTTCCCGTGTGGCTGGCCGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACCTCGGCTGCATCATCTGCCAGGGGCTGCTGGACTGGCCCGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACCTCGGCTGCATCATCTGCCAGGGGCTGCTGGACTGGCCCGCCACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCTGCGGCCACAGCTTCTGCCGCCACTGCCTGGAGGCCCTGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCTGCGGCCACAGCTTCTGCCGCCACTGCCTGGAGGCCCTGTGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCGCGACGCCCGCCGCTGGGCCTGCCCCACTTGCCGCCAGGGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCGCGACGCCCGCCGCTGGGCCTGCCCCACTTGCCGCCAGGGCGCCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCAGCCGCACCTGCGGAAGAACACGCTACTGCAGGACCTGGCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCAGCCGCACCTGCGGAAGAACACGCTACTGCAGGACCTGGCCGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTACCGCCGCGCCGCACGCGAGATACAGGCGGGCTCCGACCCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTACCGCCGCGCCGCACGCGAGATACAGGCGGGCTCCGACCCTGCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCCCCTGCCCGGGCTCCAGTTCCCTCTCCAGCGCGGCCGCGAGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCCCCTGCCCGGGCTCCAGTTCCCTCTCCAGCGCGGCCGCGAGGCCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGCCGCCCGGAACTGCAGCGG         GTGGCAGTAGAGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100351 GCGCCGCCCGGAACTGCAGCGGGTA...AAGGTGGCAGTAGAGAAGAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACAGAAGTTGCTCAGGAGCTGACAGAGCTGGTGGAACATCTTGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113563 TCACAGAAGTTGCTCAGGAGCTGACAGAGCTGGTGGAACATCTTGTAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTGTCAGAAGCCTGCAGAATCAGAGGCCCCTATCAGAATCTGGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113613 ATTGTCAGAAGCCTGCAGAATCAGAGGCCCCTATCAGAATCTGGACCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAACGAACTGAGCATCCTGGGCAAG         GCTTTTTCTTCTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113663 CAACGAACTGAGCATCCTGGGCAAGGTA...TAGGCTTTTTCTTCTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGATCTTTCCATGGCTTCTCCAAAGCTGGTGACTTCCGACACAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116887 TGGATCTTTCCATGGCTTCTCCAAAGCTGGTGACTTCCGACACAGCTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGAAAATCAGAGATATTCTCCATGACCTAGAAGAAATTCAGGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116937 GGGAAAATCAGAGATATTCTCCATGACCTAGAAGAAATTCAGGAAAAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACAAGAAAGCGTCACCTGGAAAGAGGCTCCTGAAGCACAAATGCAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116987 ACAAGAAAGCGTCACCTGGAAAGAGGCTCCTGAAGCACAAATGCAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680       GAGAACTCCTGGAAGCCCCGTCTTCCTCCTCATGCCCATTGCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117037 ...TAGGAGAACTCCTGGAAGCCCCGTCTTCCTCCTCATGCCCATTGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACCAGAGCCACCCTGCACTCAGGAGAGCTTCTCGGTTTGCTCAGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 126213 GACCAGAGCCACCCTGCACTCAGGAGAGCTTCTCGGTTTGCTCAGTGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770      GGGCCATCCATCCAACCTTTAACTTGAAGAGCCTTTCCTGCAGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126263 ..AAGGGGCCATCCATCCAACCTTTAACTTGAAGAGCCTTTCCTGCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGAGGTGTCCAAGGATTCCCGTACAGTGACTGTGTCTCACCGCCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127634 TGGAGGTGTCCAAGGATTCCCGTACAGTGACTGTGTCTCACCGCCCACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCTATCGCTGGAGCTGTGAGAGGTTTTCTACCAGCCAGGTCTTATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127684 CCCTATCGCTGGAGCTGTGAGAGGTTTTCTACCAGCCAGGTCTTATGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCAGGCCCTGTCTTCTGGAAAGCATTACTGGGAAGTGGACACTAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127734 CCAGGCCCTGTCTTCTGGAAAGCATTACTGGGAAGTGGACACTAGGAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCAGCCACTGGGCAGTTGGGGTGGCTTCCTGGGAGATGAGCCGCGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127784 GCAGCCACTGGGCAGTTGGGGTGGCTTCCTGGGAGATGAGCCGCGACCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTCCTGGGAAGGACTATGGACTCTTGTTGTGTGGAATGGAAGGGGACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127834 GTCCTGGGAAGGACTATGGACTCTTGTTGTGTGGAATGGAAGGGGACTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCAGCTCTCTGCATGGCACATGGTCAAGGAAACTGTCCTTGGCTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127884 CCAGCTCTCTGCATGGCACATGGTCAAGGAAACTGTCCTTGGCTCAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GACCTGGGGTGGTGGGCATCTGGCTGAACCTTGAGGAGGGAAAGCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127934 GACCTGGGGTGGTGGGCATCTGGCTGAACCTTGAGGAGGGAAAGCTTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TTCTATTCAGTGGACAATCAGGAGAAGCTTCTGTATGAGTGTACCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127984 TTCTATTCAGTGGACAATCAGGAGAAGCTTCTGTATGAGTGTACCATCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGCCTCCTCTCCTTTGTACCCTGCCTTCTGGCTGTATGGCTTACATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128034 TGCCTCCTCTCCTTTGTACCCTGCCTTCTGGCTGTATGGCTTACATCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1265 GAAATTACCTGATAATAAAGCAAGTAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 128084 GAAATTACCTGATAATAAAGCAAGTAAAGGTG