seq1 = pF1KE3184.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KE3184/gi568815591f_141455467.tfa (gi568815591f:141455467_141752921), 297455 bp

>pF1KE3184 1266
>gi568815591f:141455467_141752921 (Chr7)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-141  (137680-137719)   100% ->
142-221  (141096-141175)   100% ->
222-297  (145739-145814)   100% ->
298-390  (155729-155821)   100% ->
391-423  (158680-158712)   100% ->
424-518  (160005-160099)   100% ->
519-588  (166266-166335)   100% ->
589-668  (178435-178514)   100% ->
669-726  (181494-181551)   100% ->
727-877  (185782-185932)   100% ->
878-975  (186345-186442)   100% ->
976-1046  (193797-193867)   100% ->
1047-1131  (196059-196143)   100% ->
1132-1266  (197321-197455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGTGTTCTTTAAAACGCTTCGAAATCACTGGAAGAAAACTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGTGTTCTTTAAAACGCTTCGAAATCACTGGAAGAAAACTACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGCTCTGCCTGCTGACCTGGGGAGGCCATTGGCTCTATGGAAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGCTCTGCCTGCTGACCTGGGGAGGCCATTGGCTCTATGGAAAACACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         TGATAACCTCCTAAGGAGAGCAGCCTGTCAAGAAGCTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...TAGTGATAACCTCCTAAGGAGAGCAGCCTGTCAAGAAGCTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          GTGTTTGGCAATCAACTCATTCCTCCCAATGCACAAGTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137720 GTA...TAGGTGTTTGGCAATCAACTCATTCCTCCCAATGCACAAGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGGCCACTGTTTTTCTCAATCCTGCAGCTTGCAAAGG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 141137 GAAGGCCACTGTTTTTCTCAATCCTGCAGCTTGCAAAGGGTA...CAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGCCAGGACTCTATTTGAAAAAAATGCTGCCCCGATTTTACATTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145741 AAGCCAGGACTCTATTTGAAAAAAATGCTGCCCCGATTTTACATTTATCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCATGGATGTGACTATTGTTAAG         ACAGATTATGAGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 145791 GGCATGGATGTGACTATTGTTAAGGTA...CAGACAGATTATGAGGGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGCCAAGAAACTCCTGGAACTGATGGAAAACACGGATGTGATCATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155746 AGCCAAGAAACTCCTGGAACTGATGGAAAACACGGATGTGATCATTGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGGAGGAGATGGGACACTGCAGGAG         GTTGTTACTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 155796 CAGGAGGAGATGGGACACTGCAGGAGGTA...TAGGTTGTTACTGGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTTCGACGAACAGATGAG         GCTACCTTCAGTAAGATTCCCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 158695 CTTCGACGAACAGATGAGGTG...CAGGCTACCTTCAGTAAGATTCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGGATTTATCCCACTGGGAGAGACCAGTAGTTTGAGTCATACCCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160028 TGGATTTATCCCACTGGGAGAGACCAGTAGTTTGAGTCATACCCTCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCGAAAGTGGAAACAAAGTCCA         ACATATTACTGATGCCACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 160078 CCGAAAGTGGAAACAAAGTCCAGTA...TAGACATATTACTGATGCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CTTGCCATTGTGAAAGGAGAGACAGTTCCACTTGATGTCTTGCAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166285 CTTGCCATTGTGAAAGGAGAGACAGTTCCACTTGATGTCTTGCAGATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 G         GGTGAAAAGGAACAGCCTGTATTTGCAATGACCGGCCTTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166335 GGTA...CAGGGTGAAAAGGAACAGCCTGTATTTGCAATGACCGGCCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GATGGGGATCTTTCAGAGATGCTGGCGTCAAAGTTAGCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 178475 GATGGGGATCTTTCAGAGATGCTGGCGTCAAAGTTAGCAAGTA...CAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TACTGGTATCTTGGGCCTCTAAAAATCAAAGCAGCCCACTTTTTCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181495 TACTGGTATCTTGGGCCTCTAAAAATCAAAGCAGCCCACTTTTTCAGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TCTTAAG         GAGTGGCCTCAGACTCATCAAGCCTCTATCTCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181545 TCTTAAGGTA...AAGGAGTGGCCTCAGACTCATCAAGCCTCTATCTCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 ACACGGGACCTACAGAGAGACCTCCCAATGAACCAGAGGAGACCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185816 ACACGGGACCTACAGAGAGACCTCCCAATGAACCAGAGGAGACCCCTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CAAAGGCCTTCTTTGTACAGGAGAATATTACGAAGGCTTGCGTCCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185866 CAAAGGCCTTCTTTGTACAGGAGAATATTACGAAGGCTTGCGTCCTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGCACAACCACAGGATG         CCCTTTCCCAAGAGGTGAGCCCGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 185916 GGCACAACCACAGGATGGTG...CAGCCCTTTCCCAAGAGGTGAGCCCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AGGTCTGGAAAGATGTGCAGCTGTCCACCATTGAACTGTCCATCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186369 AGGTCTGGAAAGATGTGCAGCTGTCCACCATTGAACTGTCCATCACAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CGGAATAATCAGCTTGACCCGACA         AGCAAAGAAGATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 186419 CGGAATAATCAGCTTGACCCGACAGTA...TAGAGCAAAGAAGATTTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 GAATATCTGCATTGAACCTGACACCATCAGCAAAGGAGACTTTATAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193814 GAATATCTGCATTGAACCTGACACCATCAGCAAAGGAGACTTTATAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TAGG         AAGTCGAAAGGTGAGAAACCCCAAGCTGCACGTGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193864 TAGGGTA...CAGAAGTCGAAAGGTGAGAAACCCCAAGCTGCACGTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GGCACGGAGTGTCTCCAAGCCAGCCAGTGCACTTTGCTTATCCCGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 196096 GGCACGGAGTGTCTCCAAGCCAGCCAGTGCACTTTGCTTATCCCGGAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132        GGAGCAGGGGGCTCTTTTAGCATTGACAGTGAGGAGTATGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196146 G...CAGGGAGCAGGGGGCTCTTTTAGCATTGACAGTGAGGAGTATGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 CGATGCCTGTGGAGGTGAAACTGCTCCCCAGGAAGCTGCAGTTCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197364 CGATGCCTGTGGAGGTGAAACTGCTCCCCAGGAAGCTGCAGTTCTTCTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GATCCTAGGAAGAGAGAACAGATGCTCACAAGCCCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197414 GATCCTAGGAAGAGAGAACAGATGCTCACAAGCCCCACCCAG