seq1 = pF1KE3182.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE3182/gi568815595r_51950818.tfa (gi568815595r:51950818_52156366), 205549 bp

>pF1KE3182 1257
>gi568815595r:51950818_52156366 (Chr3)

(complement)

1-517  (100001-100517)   100% ->
518-952  (101993-102427)   100% ->
953-1257  (105245-105549)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAACCAGCTCCGCGGCCCCCCAGCGCGGGCGCACATGTCGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAAACCAGCTCCGCGGCCCCCCAGCGCGGGCGCACATGTCGACTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCGGCGGCGGCTGGGGGCACCCGGGCGGGGTCCGAGCCCGGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGCGGCGGCGGCTGGGGGCACCCGGGCGGGGTCCGAGCCCGGTGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTCGGGGTCCGGCGCAGGCACCGGGGCGGGCGCGGCGACGGGGGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTCGGGGTCCGGCGCAGGCACCGGGGCGGGCGCGGCGACGGGGGCAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATGCCCTGCAAGAGCGCCGAGTGGCTGCAGGAGGAGCTGGAGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCATGCCCTGCAAGAGCGCCGAGTGGCTGCAGGAGGAGCTGGAGGCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCGGCGCGTCCTTGCTGCTGCTCGACTGCCGGCCGCACGAGCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCGGCGCGTCCTTGCTGCTGCTCGACTGCCGGCCGCACGAGCTCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTCGTCGCACATCGAGACGGCCATCAACCTGGCCATCCCGGGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTCGTCGCACATCGAGACGGCCATCAACCTGGCCATCCCGGGCCTCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGCGCCGCCTGCGCAAGGGCAACCTGCCCATCCGCTCCATCATCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGCGCCGCCTGCGCAAGGGCAACCTGCCCATCCGCTCCATCATCCCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCACGCCGACAAGGAGCGCTTCGCCACGCGCTGCAAGGCGGCCACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCACGCCGACAAGGAGCGCTTCGCCACGCGCTGCAAGGCGGCCACCGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTCTACGACGAGGCCACGGCCGAGTGGCAGCCCGAGCCCGGCGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTCTACGACGAGGCCACGGCCGAGTGGCAGCCCGAGCCCGGCGCTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCTCCGTGCTCGGCCTGCTCCTACAGAAGCTGCGCGACGACGGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTCCGTGCTCGGCCTGCTCCTACAGAAGCTGCGCGACGACGGCTGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCTACTACCTCCAAG         GTGGTTTCAACAAGTTTCAAACAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCCTACTACCTCCAAGGTG...CAGGTGGTTTCAACAAGTTTCAAACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTACTCTGAGCACTGCGAGACCAACGTGGACAGCTCTTCCTCGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102017 AGTACTCTGAGCACTGCGAGACCAACGTGGACAGCTCTTCCTCGCCGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCTCGCCACCCACCTCAGTGCTGGGCCTGGGGGGCCTGCGCATCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102067 AGCTCGCCACCCACCTCAGTGCTGGGCCTGGGGGGCCTGCGCATCAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGACTGCTCCGACGGCGAGTCGGACCGAGAGCTGCCCAGCAGTGCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102117 TGACTGCTCCGACGGCGAGTCGGACCGAGAGCTGCCCAGCAGTGCCACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGTCAGACGGCAGCCCTGTGCCATCCAGCCAACCAGCCTTCCCTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102167 AGTCAGACGGCAGCCCTGTGCCATCCAGCCAACCAGCCTTCCCTGTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCCTGCCCTACCTCTACCTCGGCTGCGCCAAGGACTCCACCAACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102217 ATCCTGCCCTACCTCTACCTCGGCTGCGCCAAGGACTCCACCAACCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGTGCTCGGCAAGTATGGCATCAAGTATATCCTCAATGTCACACCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102267 CGTGCTCGGCAAGTATGGCATCAAGTATATCCTCAATGTCACACCCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TACCCAACGCCTTCGAGCACGGCGGCGAGTTCACCTACAAGCAGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102317 TACCCAACGCCTTCGAGCACGGCGGCGAGTTCACCTACAAGCAGATCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCTCTGACCACTGGAGCCAGAACCTCTCCCAGTTCTTCCCTGAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102367 ATCTCTGACCACTGGAGCCAGAACCTCTCCCAGTTCTTCCCTGAGGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGCTTCATTG         ACGAAGCCCGCTCCAAGAAGTGTGGTGTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102417 CAGCTTCATTGGTA...CAGACGAAGCCCGCTCCAAGAAGTGTGGTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGGTGCACTGCCTGGCAGGCATCAGCCGCTCAGTGACGGTCACTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105275 TGGTGCACTGCCTGGCAGGCATCAGCCGCTCAGTGACGGTCACTGTGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TATCTGATGCAGAAGATGAACCTGTCACTCAACGACGCCTACGACTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105325 TATCTGATGCAGAAGATGAACCTGTCACTCAACGACGCCTACGACTTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAAGAGGAAAAAGTCCAACATCTCGCCCAACTTCAACTTCATGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105375 CAAGAGGAAAAAGTCCAACATCTCGCCCAACTTCAACTTCATGGGGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGCTGGACTTTGAGCGGACGCTGGGGCTAAGCAGCCCGTGCGACAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105425 TGCTGGACTTTGAGCGGACGCTGGGGCTAAGCAGCCCGTGCGACAACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCGTCGAGTGAGCAGCTCTACTTTTCCACGCCCACCAACCACAACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105475 GCGTCGAGTGAGCAGCTCTACTTTTCCACGCCCACCAACCACAACCTGTT

   1250     .    :    .    :    .
   1233 CCCACTCAATACGCTGGAGTCCACG
        |||||||||||||||||||||||||
 105525 CCCACTCAATACGCTGGAGTCCACG