seq1 = pF1KE3142.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE3142/gi568815595r_184272516.tfa (gi568815595r:184272516_184476016), 203501 bp

>pF1KE3142 1059
>gi568815595r:184272516_184476016 (Chr3)

(complement)

7-141  (99997-100129)   97% ->
142-228  (100416-100502)   100% ->
229-396  (102435-102602)   100% ->
397-1059  (102839-103501)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CTGACTGAATTGCTCCTCGTGGTCATGCTTCTCCTAACTGCAAGGCTAAC
        || |--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTAA  GAATTGCTCCTCGTGGTCATGCTTCTCCTAACTGCAAGGCTAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GCTGTCCAGCCCGGCTCCTCCTGCTTGTGACCTCCGAGTCCTCAGTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GCTGTCCAGCCCGGCTCCTCCTGCTTGTGACCTCCGAGTCCTCAGTAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 TGCTTCGTGACTCCCATGTCCTTCACAGCAGACTG         AGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100095 TGCTTCGTGACTCCCATGTCCTTCACAGCAGACTGGTG...CAGAGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 TGCCCAGAGGTTCACCCTTTGCCTACACCTGTCCTGCTGCCTGCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 TGCCCAGAGGTTCACCCTTTGCCTACACCTGTCCTGCTGCCTGCTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 CTTTAGCTTGGGAGAATGGAAAACCCAGATG         GAGGAGACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100472 CTTTAGCTTGGGAGAATGGAAAACCCAGATGGTA...CAGGAGGAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 AGGCACAGGACATTCTGGGAGCAGTGACCCTTCTGCTGGAGGGAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 AGGCACAGGACATTCTGGGAGCAGTGACCCTTCTGCTGGAGGGAGTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 GCAGCACGGGGACAACTGGGACCCACTTGCCTCTCATCCCTCCTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 GCAGCACGGGGACAACTGGGACCCACTTGCCTCTCATCCCTCCTGGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 GCTTTCTGGACAGGTCCGTCTCCTCCTTGGGGCCCTGCAGAGCCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102545 GCTTTCTGGACAGGTCCGTCTCCTCCTTGGGGCCCTGCAGAGCCTCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 GAACCCAG         CTTCCTCCACAGGGCAGGACCACAGCTCACAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102595 GAACCCAGGTA...CAGCTTCCTCCACAGGGCAGGACCACAGCTCACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 GATCCCAATGCCATCTTCCTGAGCTTCCAACACCTGCTCCGAGGAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 GATCCCAATGCCATCTTCCTGAGCTTCCAACACCTGCTCCGAGGAAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 GCGTTTCCTGATGCTTGTAGGAGGGTCCACCCTCTGCGTCAGGCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 GCGTTTCCTGATGCTTGTAGGAGGGTCCACCCTCTGCGTCAGGCGGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 CACCCACCACAGCTGTCCCCAGCAGAACCTCTCTAGTCCTCACACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102972 CACCCACCACAGCTGTCCCCAGCAGAACCTCTCTAGTCCTCACACTGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 GAGCTCCCAAACAGGACTTCTGGATTGTTGGAGACAAACTTCACTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103022 GAGCTCCCAAACAGGACTTCTGGATTGTTGGAGACAAACTTCACTGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 AGCCAGAACTACTGGCTCTGGGCTTCTGAAGTGGCAGCAGGGATTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103072 AGCCAGAACTACTGGCTCTGGGCTTCTGAAGTGGCAGCAGGGATTCAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 CCAAGATTCCTGGTCTGCTGAACCAAACCTCCAGGTCCCTGGACCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103122 CCAAGATTCCTGGTCTGCTGAACCAAACCTCCAGGTCCCTGGACCAAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 CCCGGATACCTGAACAGGATACACGAACTCTTGAATGGAACTCGTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 CCCGGATACCTGAACAGGATACACGAACTCTTGAATGGAACTCGTGGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 CTTTCCTGGACCCTCACGCAGGACCCTAGGAGCCCCGGACATTTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 CTTTCCTGGACCCTCACGCAGGACCCTAGGAGCCCCGGACATTTCCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 GAACATCAGACACAGGCTCCCTGCCACCCAACCTCCAGCCTGGATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 GAACATCAGACACAGGCTCCCTGCCACCCAACCTCCAGCCTGGATATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 CCTTCCCCAACCCATCCTCCTACTGGACAGTATACGCTCTTCCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103322 CCTTCCCCAACCCATCCTCCTACTGGACAGTATACGCTCTTCCCTCTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 ACCCACCTTGCCCACCCCTGTGGTCCAGCTCCACCCCCTGCTTCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 ACCCACCTTGCCCACCCCTGTGGTCCAGCTCCACCCCCTGCTTCCTGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980 CTTCTGCTCCAACGCCCACCCCTACCAGCCCTCTTCTAAACACATCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 CTTCTGCTCCAACGCCCACCCCTACCAGCCCTCTTCTAAACACATCCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :
   1030 ACCCACTCCCAGAATCTGTCTCAGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 ACCCACTCCCAGAATCTGTCTCAGGAAGGG