seq1 = pF1KE3140.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE3140/gi568815581f_4840910.tfa (gi568815581f:4840910_5045013), 204104 bp

>pF1KE3140 1050
>gi568815581f:4840910_5045013 (Chr17)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-165  (100168-100248)   100% ->
166-291  (101432-101557)   100% ->
292-379  (101668-101755)   100% ->
380-470  (101942-102032)   100% ->
471-576  (102270-102375)   100% ->
577-670  (102517-102610)   100% ->
671-751  (103649-103729)   100% ->
752-1050  (103806-104104)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCCTGCAGCCTTCCCGCTTCCTGTGGTTGTGGCCGCTGTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACCCTGCAGCCTTCCCGCTTCCTGTGGTTGTGGCCGCTGTGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGCGGCCCCGACCCGGGGGCTCATTCGAGCG         ACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GGGAGCGGCCCCGACCCGGGGGCTCATTCGAGCGGTG...CAGACCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCACAATGCCAGCATGGACTTTGCAGACCTTCCAGCTCTGTTTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 ACCACAATGCCAGCATGGACTTTGCAGACCTTCCAGCTCTGTTTGGGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCTTGAGCCAGGAGGGCCTCCAG         GGGTTCCTTGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100225 ACCTTGAGCCAGGAGGGCCTCCAGGTG...CAGGGGTTCCTTGTGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCACCCAGACAATGCCTGCAGCCCCATTGCCCCACCACCCCCAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 TCACCCAGACAATGCCTGCAGCCCCATTGCCCCACCACCCCCAGCCCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAATGGGTCAGTCTTTATTGCGCTGCTTCGAAGATTCGACTGCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 TCAATGGGTCAGTCTTTATTGCGCTGCTTCGAAGATTCGACTGCAACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCTCAAG         GTCCTAAATGCCCAGAAGGCTGGATATGGTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 GACCTCAAGGTT...TAGGTCCTAAATGCCCAGAAGGCTGGATATGGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCTGTAGTACACAATGTGAATTCCAATGAACTTCTGAACATGGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101700 CGCTGTAGTACACAATGTGAATTCCAATGAACTTCTGAACATGGTGTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAGTG         AGGAAATCCAGCAGCAGATCTGGATCCCGTCTGTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101750 ATAGTGGTA...CAGAGGAAATCCAGCAGCAGATCTGGATCCCGTCTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTATTGGGGAGAGAAGCTCCGAGTACCTGCGTGCCCTCTTTGTCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101977 TTTATTGGGGAGAGAAGCTCCGAGTACCTGCGTGCCCTCTTTGTCTACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGGG         GGCTCGGGTGCTTCTGGTTCCAGACAATACCTTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102027 GAAGGGGTA...CAGGGCTCGGGTGCTTCTGGTTCCAGACAATACCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTTGGGCTATTACCTCATCCCTTTCACAGGGATTGTGGGACTGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102305 CCTTGGGCTATTACCTCATCCCTTTCACAGGGATTGTGGGACTGCTGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTGGCCATGGGAGCAGTAATG         ATAGCTCGTTGTATCCAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102355 TTGGCCATGGGAGCAGTAATGGTG...CAGATAGCTCGTTGTATCCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCGGAAACGGCTCCAGCGGAATCGACTTACCAAAGAGCAACTGAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102537 CCGGAAACGGCTCCAGCGGAATCGACTTACCAAAGAGCAACTGAAACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCCTACACATGACTATCAGAAGG         GAGACCAGTATGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102587 TTCCTACACATGACTATCAGAAGGGTG...CAGGAGACCAGTATGATGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGTGCCATTTGCCTGGATGAATATGAGGATGGGGACAAGCTGCGGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103666 TGTGCCATTTGCCTGGATGAATATGAGGATGGGGACAAGCTGCGGGTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCCTGTGCTCATG         CCTACCACAGCCGCTGCGTGGACCCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103716 CCCCTGTGCTCATGGTG...CAGCCTACCACAGCCGCTGCGTGGACCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGCTCACTCAGACCCGGAAGACCTGCCCCATTTGCAAGCAGCCTGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 GGCTCACTCAGACCCGGAAGACCTGCCCCATTTGCAAGCAGCCTGTTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGGGTCCTGGGGACGAAGACCAAGAGGAAGAAACTCAAGGGCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103883 CGGGGTCCTGGGGACGAAGACCAAGAGGAAGAAACTCAAGGGCAAGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGTGATGAAGGGGAGCCAAGGGACCACCCTGCCTCAGAAAGGACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103933 GGGTGATGAAGGGGAGCCAAGGGACCACCCTGCCTCAGAAAGGACCCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTTTGGGTTCTAGCCCCACTCTTCCCACCTCCTTTGGTTCCTTAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103983 TTTTGGGTTCTAGCCCCACTCTTCCCACCTCCTTTGGTTCCTTAGCCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTCCCCTTGTTTTTCCTGGGCCTTCAACAGATCCCCCACTGTCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104033 GCTCCCCTTGTTTTTCCTGGGCCTTCAACAGATCCCCCACTGTCCCCTCC

   1100     .    :    .    :
   1029 CTCTTCCCCTGTTATCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||
 104083 CTCTTCCCCTGTTATCCTGGTC