seq1 = pF1KE3121.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KE3121/gi568815582r_66411971.tfa (gi568815582r:66411971_66650187), 238217 bp

>pF1KE3121 921
>gi568815582r:66411971_66650187 (Chr16)

(complement)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-282  (101179-101210)   100% ->
283-357  (108235-108309)   100% ->
358-411  (113171-113224)   100% ->
412-501  (118719-118808)   100% ->
502-575  (121121-121194)   100% ->
576-664  (132311-132399)   100% ->
665-744  (132973-133052)   100% ->
745-825  (136377-136457)   100% ->
826-921  (138122-138217)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACCGGGTCTCTTTAAGGGCCAGGCGCCGGGATCCAGGCGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACCGGGTCTCTTTAAGGGCCAGGCGCCGGGATCCAGGCGGCGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACGGCTGGACTAGCAGTCGTCCGCGCCGACTCGCACAAGAAGGAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACGGCTGGACTAGCAGTCGTCCGCGCCGACTCGCACAAGAAGGAACCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCTCTGGATCCGCTCGCCCGGCTATGCTGCTGTGGCCGCTGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCCTCTGGATCCGCTCGCCCGGCTATGCTGCTGTGGCCGCTGCGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGCCGCCCGGGCGCTGCGCTGCTTTGGGCCGGGAAGTCGCGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGCCGCCCGGGCGCTGCGCTGCTTTGGGCCGGGAAGTCGCGGGAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTCAGGCCCCGGGCCGCGGAGGGTGCAGCGCCGGGCCTGGCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTCAGGCCCCGGGCCGCGGAGGGTGCAGCGCCGGGCCTGGCCTCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          ATAAAGAACAGGAAAAAGAGAAAAAATCAGTG         
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100251 GTA...TAGATAAAGAACAGGAAAAAGAGAAAAAATCAGTGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTGTGTCGAGGGCAATATTGCAAGTGGGAAGACGACATGCCTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108235 ATCTGTGTCGAGGGCAATATTGCAAGTGGGAAGACGACATGCCTGGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCTCCAACGCGACAGACGTCGAG         GTGTTAACGGAGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108285 CTTCTCCAACGCGACAGACGTCGAGGTA...CAGGTGTTAACGGAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTCCAAGTGGAGAAATGTCCGTGGCCACAATCCTCTG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113187 TGTCCAAGTGGAGAAATGTCCGTGGCCACAATCCTCTGGTG...CAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGATGTACCACGATGCCTCTCGCTGGGGTCTTACGCTACAGACTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118722 CTGATGTACCACGATGCCTCTCGCTGGGGTCTTACGCTACAGACTTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGCTCACCATGCTGGACAGGCATACTCGTCCTCAG         GTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118772 GCAGCTCACCATGCTGGACAGGCATACTCGTCCTCAGGTA...TAGGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CATCTGTACGGTTGATGGAGAGGTCGATTCACAGCGCAAGATACATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121125 CATCTGTACGGTTGATGGAGAGGTCGATTCACAGCGCAAGATACATTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTAGAAAACCTGTATAGAAG         TGGGAAGATGCCAGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 121175 GTAGAAAACCTGTATAGAAGGTA...CAGTGGGAAGATGCCAGAAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTATGTAGTTCTGTCGGAATGGTTTGACTGGATCTTGAGGAACATGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132332 CTATGTAGTTCTGTCGGAATGGTTTGACTGGATCTTGAGGAACATGGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTCTGTTGATTTGATAG         TTTACCTTCGGACCAATCCTGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132382 TGTCTGTTGATTTGATAGGTG...CAGTTTACCTTCGGACCAATCCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACTTGTTACCAGAGGTTAAAGAAGAGATGCAGGGAAGAGGAGAAGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132996 ACTTGTTACCAGAGGTTAAAGAAGAGATGCAGGGAAGAGGAGAAGGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCGCTG         GAATACCTGGAAGCAATTCACCATCTCCATGAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133046 TCCGCTGGTA...CAGGAATACCTGGAAGCAATTCACCATCTCCATGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGTGGCTCATCAAAGGCAGCCTTTTCCCCATGGCAGCCCCTGTTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136411 AGTGGCTCATCAAAGGCAGCCTTTTCCCCATGGCAGCCCCTGTTCTGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    826       GTGATTGAGGCTGACCACCACATGGAGAGGATGTTAGAACTCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136461 ...CAGGTGATTGAGGCTGACCACCACATGGAGAGGATGTTAGAACTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGAACAAAATCGGGATCGAATATTAACTCCAGAGAATCGGAAGCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138166 TGAACAAAATCGGGATCGAATATTAACTCCAGAGAATCGGAAGCATTGCC

   1000 
    920 CA
        ||
 138216 CA