seq1 = pF1KE3120.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KE3120/gi568815596f_218480560.tfa (gi568815596f:218480560_218694273), 213714 bp

>pF1KE3120 897
>gi568815596f:218480560_218694273 (Chr2)

1-24  (88396-88419)   100% ->
25-204  (100002-100181)   100% ->
205-320  (102412-102527)   100% ->
321-430  (104053-104162)   100% ->
431-540  (107027-107136)   100% ->
541-639  (111745-111843)   100% ->
640-731  (112057-112148)   100% ->
732-897  (113549-113714)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAGCCTGGCGACGGCTGCG         CCTGTGCCTACTACACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  88396 ATGCACAGCCTGGCGACGGCTGCGGTG...AAGCCTGTGCCTACTACACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCACAAGTGGATAGAGAAAAGATCTATCAGTGGATCAATGAGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 GGCACAAGTGGATAGAGAAAAGATCTATCAGTGGATCAATGAGCTGTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCCTGAGACTAGGGAAAATGCTTTGCTGGAGCTAAGTAAGAAGCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 GTCCTGAGACTAGGGAAAATGCTTTGCTGGAGCTAAGTAAGAAGCGAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGTTCCTGACCTTGCACCCATGCTGTGGCATTCATTTGGTACTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 TCTGTTCCTGACCTTGCACCCATGCTGTGGCATTCATTTGGTACTATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCACTTTTACAG         GAAATTGTAAATATTTATCCATCTATCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100169 AGCACTTTTACAGGTG...TAGGAAATTGTAAATATTTATCCATCTATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCCACCCACCTTGACAGCACACCAGTCTAACAGAGTTTGCAATGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102440 ACCCACCCACCTTGACAGCACACCAGTCTAACAGAGTTTGCAATGCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCATTACTGCAATGTGTAGCATCACATCCAGAAACCAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102490 GCATTACTGCAATGTGTAGCATCACATCCAGAAACCAGGTA...CAGGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCGTTTCTCGCAGCACACATCCCACTTTTTTTGTACCCCTTTTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104056 AGCGTTTCTCGCAGCACACATCCCACTTTTTTTGTACCCCTTTTTGCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGTCAGCAAAACACGTCCCTTTGAGTATCTCCGGCTCACCAGCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104106 CTGTCAGCAAAACACGTCCCTTTGAGTATCTCCGGCTCACCAGCCTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTATTG         GGGCCCTGGTGAAAACAGATGAACAAGAAGTAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 GTTATTGGTA...TAGGGGCCCTGGTGAAAACAGATGAACAAGAAGTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACTTTTTATTAACAACAGAAATTATCCCTTTATGTTTGCGAATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107061 CAACTTTTTATTAACAACAGAAATTATCCCTTTATGTTTGCGAATTATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATCTGGAAGTGAACTTTCTAAAACA         GTTGCCACATTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107111 AATCTGGAAGTGAACTTTCTAAAACAGTA...CAGGTTGCCACATTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCCAGAAGATCTTGTTAGATGACACTGGTTTGGCTTATATATGTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111760 CTCCAGAAGATCTTGTTAGATGACACTGGTTTGGCTTATATATGTCAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTATGAGCGTTTCTCCCATGTTGCCATGATCTTG         GGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111810 GTATGAGCGTTTCTCCCATGTTGCCATGATCTTGGTG...CAGGGTAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGTCCTGCAGCTATCCAAAGAGCCTTCTGCCCGTCTGCTGAAGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112064 TGGTCCTGCAGCTATCCAAAGAGCCTTCTGCCCGTCTGCTGAAGCATGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGAGATGTTACCTTCGACTTTCAGATAACCCCAG         GGCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112114 GTGAGATGTTACCTTCGACTTTCAGATAACCCCAGGTA...TAGGGCACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAAGCACTCAGACAGTGCCTCCCTGACCAGCTGAAAGACACAACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113555 TGAAGCACTCAGACAGTGCCTCCCTGACCAGCTGAAAGACACAACCTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCAGGTGCTAAAAGATGACACCACCACGAAACGCTGGCTTGCACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113605 CCCAGGTGCTAAAAGATGACACCACCACGAAACGCTGGCTTGCACAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGAAGAACCTGCAAGAGGGCCAGGTCACCGATCCCCGGGGTATCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113655 GTGAAGAACCTGCAAGAGGGCCAGGTCACCGATCCCCGGGGTATCCCCCT

    950     .    :
    888 GCCCCCTCAG
        ||||||||||
 113705 GCCCCCTCAG