seq1 = pF1KE3098.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KE3098/gi568815592r_35375047.tfa (gi568815592r:35375047_35586659), 211613 bp

>pF1KE3098 1305
>gi568815592r:35375047_35586659 (Chr6)

(complement)

1-202  (99998-100199)   99% ->
203-267  (102036-102100)   100% ->
268-342  (106286-106357)   90% ->
343-480  (108089-108226)   100% ->
481-530  (108336-108385)   100% ->
531-592  (109288-109349)   100% ->
593-726  (110225-110358)   100% ->
727-900  (110568-110741)   100% ->
901-1041  (110954-111094)   100% ->
1042-1194  (111172-111324)   100% ->
1195-1305  (111503-111613)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCAACAGCTGGAACGCCAGCAGCAGCCCCGGGGAGGCCCGGGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGCGTCCAACAGCTGGAACGCCAGCAGCAGCCCCGGGGAGGCCCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATGGGCCCGAGGGCCTGGACAAGGGGCTGGACAACGATGCGGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGATGGGCCCGAGGGCCTGGACAAGGGGCTGGACAACGATGCGGAGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGGAGCCCGGACATCGAGCAGAGCTTCCAGGAGGCCCTGGCCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 TGTGGAGCCCGGACATCGAGCAGAGCTTCCAGGAGGCCCTGGCCATCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCCTGCGGCCGGCGGAAGATCATCCTGTCAGACGAGGGCAAGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 CCGCCCTGCGGCCGGCGGAAGATCATCCTGTCAGACGAGGGCAAGATGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CG         GCCGAAATGAGTTGATTGCACGCTATATTAAACTGAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CGGTG...TAGGCCGAAATGAGTTGATTGCACGCTATATTAAACTGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGGGAAGACTCGGACGAGAAAACAG         GTGTCCAGCCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102075 CGGGGAAGACTCGGACGAGAAAACAGGTA...TAGGTGTCCAGCCACATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGTTCTAGCTCGGAAGAAGGTGCGGGAGTACCAGGTTGGCATCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 106301 CAGGTTCTAGCTCGGAAGAAGGTGCGGGAGTACCAGGTTGGCATCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGAACCTG         GACCAGGTCTCCAAGGACAAAGCCCTTCAGA
        -|||   --|>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106351  ATGTTG  GGTG...CAGGACCAGGTCTCCAAGGACAAAGCCCTTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATGGCGTCCATGTCCTCTGCCCAGATCGTCTCTGCCAGTGTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108120 GCATGGCGTCCATGTCCTCTGCCCAGATCGTCTCTGCCAGTGTCCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACAAGTTCAGCCCACCTTCCCCTCTGCCCCAGGCCGTCTTCTCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108170 AACAAGTTCAGCCCACCTTCCCCTCTGCCCCAGGCCGTCTTCTCCACTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCGCGG         TTCTGGAGCAGCCCCCCTCTCCTGGGACAGCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108220 CTCGCGGGTA...CAGTTCTGGAGCAGCCCCCCTCTCCTGGGACAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGGACCCTCTCAGGA         CATCAAGCCCTTTGCACAGCCAGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108370 CTGGACCCTCTCAGGAGTG...CAGCATCAAGCCCTTTGCACAGCCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACCCCATCCAGCCGCCCCTGCCGCCGACGCTCAGCA         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109313 TACCCCATCCAGCCGCCCCTGCCGCCGACGCTCAGCAGTA...CAGGTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGCCCCTGGCCCCGCTCCCCTCAGCTGCTGCCTCTGTGCCTGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110229 TGAGCCCCTGGCCCCGCTCCCCTCAGCTGCTGCCTCTGTGCCTGTGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGACCGTACCATTGCCTCCTCCCGGCTGCGGCTCCTGGAGTATTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110279 AGGACCGTACCATTGCCTCCTCCCGGCTGCGGCTCCTGGAGTATTCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCATGGAGGTGCAGCGAGACCCTGACACG         TACAGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110329 TTCATGGAGGTGCAGCGAGACCCTGACACGGTA...CAGTACAGCAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGTTTGTGCACATCGGCCAGACGAACCCCGCCTTCTCAGACCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110579 CCTGTTTGTGCACATCGGCCAGACGAACCCCGCCTTCTCAGACCCACCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGAGGCAGTAGATGTGCGCCAGATCTATGACAAATTCCCCGAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110629 TGGAGGCAGTAGATGTGCGCCAGATCTATGACAAATTCCCCGAGAAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGAGGATTGAAGGAGCTCTATGAGAAGGGGCCCCCTAATGCCTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110679 GGAGGATTGAAGGAGCTCTATGAGAAGGGGCCCCCTAATGCCTTCTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTCAAGTTCTGG         GCCGACCTCAACAGCACCATCCAGGAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110729 TGTCAAGTTCTGGGTG...CAGGCCGACCTCAACAGCACCATCCAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCCGGGAGCCTTCTATGGGGTCAGCTCTCAGTACAGCTCTGCTGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110982 GCCCGGGAGCCTTCTATGGGGTCAGCTCTCAGTACAGCTCTGCTGATAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGACCATCAGCGTCTCCACCAAGGTGTGCTCCTTTGGCAAACAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111032 ATGACCATCAGCGTCTCCACCAAGGTGTGCTCCTTTGGCAAACAGGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGAGAAGGTGGAG         ACTGAGTATGCCAGGCTGGAGAACGGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111082 AGAGAAGGTGGAGGTG...CAGACTGAGTATGCCAGGCTGGAGAACGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTTTGTGTACCGTATCCACCGCTCGCCCATGTGCGAGTACATGATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 GCTTTGTGTACCGTATCCACCGCTCGCCCATGTGCGAGTACATGATCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCATCCACAAGCTGAAGCACCTGCCCGAGAAGTACATGATGAACAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111250 TTCATCCACAAGCTGAAGCACCTGCCCGAGAAGTACATGATGAACAGCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTGGAGAACTTCACCATCCTGCAG         GTGGTCACGAGCCGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111300 GCTGGAGAACTTCACCATCCTGCAGGTA...CAGGTGGTCACGAGCCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACTCCCAGGAGACCCTGCTTGTCATTGCTTTTGTCTTCGAAGTCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111519 ACTCCCAGGAGACCCTGCTTGTCATTGCTTTTGTCTTCGAAGTCTCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1261 AGTGAGCACGGGGCCCAGCACCATGTCTACAAGCTCGTCAAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111569 AGTGAGCACGGGGCCCAGCACCATGTCTACAAGCTCGTCAAAGAC