seq1 = pF1KE3085.tfa, 750 bp
seq2 = pF1KE3085/gi568815581f_7459040.tfa (gi568815581f:7459040_7660830), 201791 bp

>pF1KE3085 750
>gi568815581f:7459040_7660830 (Chr17)

1-258  (100001-100258)   100% ->
259-337  (100585-100663)   98% ->
338-385  (100807-100854)   100% ->
386-504  (101010-101128)   100% ->
505-643  (101311-101449)   100% ->
644-750  (101685-101791)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCCTCATCTCCTTTCTTGCTAGCCCCCAAAGGGCCTCCAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGCCTCATCTCCTTTCTTGCTAGCCCCCAAAGGGCCTCCAGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGGGGGCCCAGTCAGAGAGCCGGCACTCTCAGTTGCCCTCTGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGGGGGCCCAGTCAGAGAGCCGGCACTCTCAGTTGCCCTCTGGTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTGGGGGGCAGCTCTGGGGGCCGTGGCTTGTGCCATGGCTCTGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTGGGGGGCAGCTCTGGGGGCCGTGGCTTGTGCCATGGCTCTGCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAACAAACAGAGCTGCAGAGCCTCAGGAGAGAGGTGAGCCGGCTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAACAAACAGAGCTGCAGAGCCTCAGGAGAGAGGTGAGCCGGCTGCAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACAGGAGGCCCCTCCCAGAATGGGGAAGGGTATCCCTGGCAGAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACAGGAGGCCCCTCCCAGAATGGGGAAGGGTATCCCTGGCAGAGTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGAGCAG         AGTTCCGATGCCCTGGAAGCCTGGGAGAGTGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100251 CGGAGCAGGTG...CAGAGTTCCGATGCCCTGGAAGCCTGGGAGAATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGAGATCCCGGAAAAGGAGAGCAGTGCTCACCCAAAAACAGAAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100618 GAGAGATCCCGGAAAAGGAGAGCAGTGCTCACCCAAAAACAGAAGAGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      AGCAGCACTCTGTCCTGCACCTGGTTCCCATTAACGCCACCTCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 ..CAGAGCAGCACTCTGTCCTGCACCTGGTTCCCATTAACGCCACCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGG         ATGACTCCGATGTGACAGAGGTGATGTGGCAACCAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 AGGGTG...CAGATGACTCCGATGTGACAGAGGTGATGTGGCAACCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTAGGCGTGGGAGAGGCCTACAGGCCCAAGGATATGGTGTCCGAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101048 CTTAGGCGTGGGAGAGGCCTACAGGCCCAAGGATATGGTGTCCGAATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATGCTGGAGTTTATCTGCTGTATAGCCAG         GTCCTGTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101098 GGATGCTGGAGTTTATCTGCTGTATAGCCAGGTA...CAGGTCCTGTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGACGTGACTTTCACCATGGGTCAGGTGGTGTCTCGAGAAGGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 AAGACGTGACTTTCACCATGGGTCAGGTGGTGTCTCGAGAAGGCCAAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGCAGGAGACTCTATTCCGATGTATAAGAAGTATGCCCTCCCACCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101371 AGGCAGGAGACTCTATTCCGATGTATAAGAAGTATGCCCTCCCACCCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGGGCCTACAACAGCTGCTATAGCGCAG         GTGTCTTCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101421 CCGGGCCTACAACAGCTGCTATAGCGCAGGTG...CAGGTGTCTTCCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACACCAAGGGGATATTCTGAGTGTCATAATTCCCCGGGCAAGGGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101697 TACACCAAGGGGATATTCTGAGTGTCATAATTCCCCGGGCAAGGGCGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    706 CTTAACCTCTCTCCACATGGAACCTTCCTGGGGTTTGTGAAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101747 CTTAACCTCTCTCCACATGGAACCTTCCTGGGGTTTGTGAAACTG