seq1 = pF1KE3082.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE3082/gi568815591r_144353548.tfa (gi568815591r:144353548_144935602), 582055 bp

>pF1KE3082 729
>gi568815591r:144353548_144935602 (Chr7)

(complement)

31-115  (169638-169723)   94% ->
116-185  (252625-252694)   100% ->
186-258  (286724-286796)   100% ->
259-354  (312342-312437)   100% ->
355-501  (344034-344180)   100% ->
502-613  (387001-387112)   100% ->
614-729  (481940-482055)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     31 CTGCTTTCCACT GGGAATTTGAAGTACTGCCTTGTAATTCTTAATCAGC
        ||  ||| | ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169638 CTTTTTTTCTCTAGGGAATTTGAAGTACTGCCTTGTAATTCTTAATCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     80 CTTTGGACAACTATTTTCGTCATCTTTGGAACAAAG         CTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 169688 CTTTGGACAACTATTTTCGTCATCTTTGGAACAAAGGTA...AAGCTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    121 TTAAGAGCCTGTGCCGATGGAGGTGCCAACCGCTTATATGATATCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252630 TTAAGAGCCTGTGCCGATGGAGGTGCCAACCGCTTATATGATATCACCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    171 AGGAGAGAGAGAAAG         CTTTTTGCCTGAATTCATCAATGGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 252680 AGGAGAGAGAGAAAGGTA...CAGCTTTTTGCCTGAATTCATCAATGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    212 ACTTTGATTCTATTAGGCCTGAAGTCAGAGAATACTATGCTACTAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 286750 ACTTTGATTCTATTAGGCCTGAAGTCAGAGAATACTATGCTACTAAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259       GGATGTGAGCTCATTTCAACTCCTGATCAAGACCACACTGACTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286800 ...TAGGGATGTGAGCTCATTTCAACTCCTGATCAAGACCACACTGACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 TACTAAGTGCCTTAAAATGCTCCAAAAGAAGATAGAAGAAAAAGACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312386 TACTAAGTGCCTTAAAATGCTCCAAAAGAAGATAGAAGAAAAAGACTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 AG         GTTGATGTGATCGTGACACTGGGAGGCCTTGCTGGGCGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312436 AGGTA...TAGGTTGATGTGATCGTGACACTGGGAGGCCTTGCTGGGCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394 TTTGACCAGATTATGGCATCTGTGAATACCTTGTTCCAAGCGACTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344073 TTTGACCAGATTATGGCATCTGTGAATACCTTGTTCCAAGCGACTCACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    444 CACTCCTTTTCCAATTATAATAATCCAAGAGGAATCGCTGATCTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344123 CACTCCTTTTCCAATTATAATAATCCAAGAGGAATCGCTGATCTACCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494 TCCAACCA         GGAAAGCACAGGTTGCATGTAGACACTGGAATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 344173 TCCAACCAGTG...CAGGGAAAGCACAGGTTGCATGTAGACACTGGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    535 GAGGGTGATTGGTGTGGCCTTATTCCTGTTGGACAGCCTTGTATGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387034 GAGGGTGATTGGTGTGGCCTTATTCCTGTTGGACAGCCTTGTATGCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585 TACAACCACAGGCCTCAAGTGGAACCTCA         CAAATGATGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 387084 TACAACCACAGGCCTCAAGTGGAACCTCAGTA...CAGCAAATGATGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626 TTGCTTTTGGAACATTGGTCAGTACTTCCAATACCTACGACGGGTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481952 TTGCTTTTGGAACATTGGTCAGTACTTCCAATACCTACGACGGGTCTGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    676 GTTGTGACTGTGGAAACTGACCACCCACTCCTCTGGACCATGGCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482002 GTTGTGACTGTGGAAACTGACCACCCACTCCTCTGGACCATGGCCATCAA

    750 
    726 AAGC
        ||||
 482052 AAGC