seq1 = pF1KE3081.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE3081/gi568815582r_28399654.tfa (gi568815582r:28399654_28604050), 204397 bp

>pF1KE3081 729
>gi568815582r:28399654_28604050 (Chr16)

(complement)

1-31  (97240-97270)   100% ->
32-204  (100001-100173)   99% ->
205-303  (100258-100356)   100% ->
304-462  (101917-102075)   100% ->
463-729  (104131-104397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCAGACGGCAGGCGACCTTGGCTGGC         GGCTCAGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  97240 ATGGGCCAGACGGCAGGCGACCTTGGCTGGCGTG...CAGGGCTCAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTTGCTGCTTCCCTTGCTCCTGGTTCAAGCTGGTGTCTGGGGATTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GTTGCTGCTTCCCTTGCTCCTGGTTCAAGCTGGTGTCTGGGGATTCCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCCCCAGGGAGGCCCCAGCTGAGCCTGCAGGAGCTGCGGAGGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 GGCCCCCAGGGAGGCCCCAGCTGAGCCTGCAGGAGCTGCGGAGGGAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGTCAGCCTGCATCTCGCCAGGAAGCTGCTCGCCGAGGTTCGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100111 ACAGTCAGCCTGCATCTCGCCAGGAAGCTGCTCTCCGAGGTTCGGGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCACCGCTTT         GCGGAATCTCACCTGCCAGGAGTGAACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100161 GGCCCACCGCTTTGTA...CAGGCGGAATCTCACCTGCCAGGAGTGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTACCTCCTGCCCCTGGGAGAGCAGCTCCCTGATGTTTCCCTGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100286 TGTACCTCCTGCCCCTGGGAGAGCAGCTCCCTGATGTTTCCCTGACCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGCCTGGCGCCGCCTCTCT         GACCCGGAGCGTCTCTGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100336 CAGGCCTGGCGCCGCCTCTCTGTG...CAGGACCCGGAGCGTCTCTGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCTCCACCACGCTTCAGCCCTTCCATGCCCTGCTGGGAGGGCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101937 CATCTCCACCACGCTTCAGCCCTTCCATGCCCTGCTGGGAGGGCTGGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCAGGGCCGCTGGACCAACATGGAGAGGATGCAGCTGTGGGCCATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 CCCAGGGCCGCTGGACCAACATGGAGAGGATGCAGCTGTGGGCCATGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGACCTCCGCGATCTGCAGCGGCACCTCCGCTTCCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102037 CTGGACCTCCGCGATCTGCAGCGGCACCTCCGCTTCCAGGTA...CAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGGCTGCAGGATTCAACCTCCCGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104133 GCTGGCTGCAGGATTCAACCTCCCGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAGGAGGAGGAGAGGAAGGGGCTGCTCCCAGGGGCACTGGGCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104183 AGGAGGAGGAGGAGAGGAAGGGGCTGCTCCCAGGGGCACTGGGCAGCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTACAGGGCCCGGCCCAGGTGTCCTGGCCCCAGCTCCTCTCCACCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104233 TTACAGGGCCCGGCCCAGGTGTCCTGGCCCCAGCTCCTCTCCACCTACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGCTGCACTCCTTGGAGCTCGTCTTATCTCGGGCCGTGCGGGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104283 CCTGCTGCACTCCTTGGAGCTCGTCTTATCTCGGGCCGTGCGGGAGTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTGCTGTCCAAGGCTGGGCACTCAGTCTGGCCCTTGGGGTTCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104333 TGCTGCTGTCCAAGGCTGGGCACTCAGTCTGGCCCTTGGGGTTCCCAACA

    750     .    :    .
    715 TTGAGCCCCCAGCCC
        |||||||||||||||
 104383 TTGAGCCCCCAGCCC