seq1 = pF1KE3068.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KE3068/gi568815595r_58534282.tfa (gi568815595r:58534282_58753784), 219503 bp

>pF1KE3068 672
>gi568815595r:58534282_58753784 (Chr3)

(complement)

11-121  (100001-100111)   100% ->
122-145  (104447-104470)   100% ->
146-263  (108159-108276)   100% ->
264-322  (110065-110123)   100% ->
323-373  (113608-113658)   100% ->
374-458  (116560-116644)   100% ->
459-585  (117365-117491)   100% ->
586-672  (119417-119503)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 CAGGTGTGCTTCGCCTCCTGGCCCTCATCTTTGCCATAGTCACGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGGTGTGCTTCGCCTCCTGGCCCTCATCTTTGCCATAGTCACGACATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 ATGTTTATTCGAAGCTACATGAGCTTCAGCATGAAAACCATCCGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGTTTATTCGAAGCTACATGAGCTTCAGCATGAAAACCATCCGTCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 ACGCTGGCTGG         CAGCCTCGCCCACCAAGGAGATCC      
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 ACGCTGGCTGGGTG...CAGCAGCCTCGCCCACCAAGGAGATCCGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146    AGGTTAAAAAGTACAAGTGTGGCCTCATCAAGCCCTGCCCAGCCAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108156 CAGAGGTTAAAAAGTACAAGTGTGGCCTCATCAAGCCCTGCCCAGCCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193 TACTTTGCGTTTAAAATCTGCAGTGGGGCCGCCAACGTCGTGGGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108206 TACTTTGCGTTTAAAATCTGCAGTGGGGCCGCCAACGTCGTGGGCCCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243 TATGTGCTTTGAAGACCGCAT         GATCATGAGTCCTGTGAAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108256 TATGTGCTTTGAAGACCGCATGTA...CAGGATCATGAGTCCTGTGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284 ACAATGTGGGCAGAGGCCTAAACATCGCCCTGGTGAATG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110085 ACAATGTGGGCAGAGGCCTAAACATCGCCCTGGTGAATGGTG...TAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325 ACCACGGGAGCTGTGCTGGGACAGAAGGCATTTGACATGTACTCTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113610 ACCACGGGAGCTGTGCTGGGACAGAAGGCATTTGACATGTACTCTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374         ATGTTATGCACCTAGTGAAATTCCTTAAAGAAATTCCGGGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113660 TA...CAGATGTTATGCACCTAGTGAAATTCCTTAAAGAAATTCCGGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416 GTGCACTGGTGCTGGTGGCCTCCTACGACGATCCAGGGACCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116602 GTGCACTGGTGCTGGTGGCCTCCTACGACGATCCAGGGACCAAGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459   AATGAACGATGAAAGCAGGAAACTCTTCTCTGACTTGGGGAGTTCCTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117363 AGAATGAACGATGAAAGCAGGAAACTCTTCTCTGACTTGGGGAGTTCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    507 CGCAAAACAACTGGGCTTCCGGGACAGCTGGGTCTTCATAGGAGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117413 CGCAAAACAACTGGGCTTCCGGGACAGCTGGGTCTTCATAGGAGCCAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557 ACCTCAGGGGTAAAAGCCCCTTTGAGCAG         TTCTTAAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117463 ACCTCAGGGGTAAAAGCCCCTTTGAGCAGGTG...TAGTTCTTAAAGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 AGCCCAGACACAAACAAATACGAGGGATGGCCAGAGCTGCTGGAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119429 AGCCCAGACACAAACAAATACGAGGGATGGCCAGAGCTGCTGGAGATGGA

    700     .    :    .    :    .
    648 GGGCTGCATGCCCCCGAAGCCATTT
        |||||||||||||||||||||||||
 119479 GGGCTGCATGCCCCCGAAGCCATTT