seq1 = pF1KE3030.tfa, 468 bp
seq2 = pF1KE3030/gi568815587r_8124619.tfa (gi568815587r:8124619_8330505), 205887 bp

>pF1KE3030 468
>gi568815587r:8124619_8330505 (Chr11)

(complement)

1-25  (67144-67168)   100% ->
26-239  (100002-100215)   100% ->
240-365  (103406-103531)   100% ->
366-468  (105785-105887)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGTGCTGGACAAGGAGGACG         GCGTGCCGATGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  67144 ATGATGGTGCTGGACAAGGAGGACGGTA...CAGGCGTGCCGATGCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGTCCAGCCCAAAGGGAAGCAGAAGGGCTGTGCGGGCTGTAACCGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CGTCCAGCCCAAAGGGAAGCAGAAGGGCTGTGCGGGCTGTAACCGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAAGGACCGCTATCTGCTGAAGGCATTGGACAAGTACTGGCACGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 TCAAGGACCGCTATCTGCTGAAGGCATTGGACAAGTACTGGCACGAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCCTCAAGTGTGCCTGCTGTGACTGCCGCCTGGGCGAGGTGGGCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 TGCCTCAAGTGTGCCTGCTGTGACTGCCGCCTGGGCGAGGTGGGCTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCTACACCAAGGCCAACCTCATCCTGTGCCGACGCGACTACCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100168 CCTCTACACCAAGGCCAACCTCATCCTGTGCCGACGCGACTACCTGAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GCTCTTTGGCACCACAGGGAACTGTGCTGCTTGCAGCAAGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100218 G...CAGGCTCTTTGGCACCACAGGGAACTGTGCTGCTTGCAGCAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCCAGCCTTCGAGATGGTGATGCGGGCCCGGGACAACGTGTATCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103449 ATCCCAGCCTTCGAGATGGTGATGCGGGCCCGGGACAACGTGTATCACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGACTGCTTCGCCTGCCAGCTCTGCAACCAGAG         ATTTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103499 CGACTGCTTCGCCTGCCAGCTCTGCAACCAGAGGTC...TAGATTTTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGAGACAAATTCTTCCTGAAGAACAACATGATCTTGTGTCAGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105793 TGGGAGACAAATTCTTCCTGAAGAACAACATGATCTTGTGTCAGATGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    424 TATGAGGAAGGGCAGCTCAATGGCACCTTTGAATCCCAAGTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105843 TATGAGGAAGGGCAGCTCAATGGCACCTTTGAATCCCAAGTTCAG