seq1 = pF1KE3016.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE3016/gi568815592r_33695503.tfa (gi568815592r:33695503_33901163), 205661 bp

>pF1KE3016 342
>gi568815592r:33695503_33901163 (Chr6)

(complement)

1-117  (100001-100117)   99% ->
118-234  (101943-102059)   100% ->
235-342  (105559-105666)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTATCCCGTAAGGCTGTGGCTGCTCTGCTGGTGGTGCATGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100001 ATGGTATCCCGTAAGGCTGTGGCTGCTCTGCTGGTGGTGCATGTAGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCTGGCCTCCCAGACGGAAGCCTTCGTCCCCATCTTCACCTATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCTGGCCTCCCAGACGGAAGCCTTCGTCCCCATCTTCACCTATGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTCCAGAGGATGCAG         GAAAAGGAACGGAATAAAGGGCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTCCAGAGGATGCAGGTA...TAGGAAAAGGAACGGAATAAAGGGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAAATCCCTGAGTGTATGGCAGAGGTCTGGGGAGGAAGGTCCTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101967 AAGAAATCCCTGAGTGTATGGCAGAGGTCTGGGGAGGAAGGTCCTGTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCTGCGGAGCCCATCAGGGAAGAAGAAAACGAAATGATCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102017 CCCTGCGGAGCCCATCAGGGAAGAAGAAAACGAAATGATCAAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   CTGACTGCTCCTCTGGAAATTGGAATGAGGATGAACTCCAGACAGCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105557 AGCTGACTGCTCCTCTGGAAATTGGAATGAGGATGAACTCCAGACAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAGTACCCGGCCACCCTGGAAGGGCTGCTGAGTGAGATGCTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105607 GAAAAGTACCCGGCCACCCTGGAAGGGCTGCTGAGTGAGATGCTTCCCCA

    350     .    :
    333 GCATGCCAAG
        |||||  | |
 105657 GCATGGTACG