seq1 = pF1KE2800.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KE2800/gi568815597r_169365852.tfa (gi568815597r:169365852_169585719), 219868 bp

>pF1KE2800 1491
>gi568815597r:169365852_169585719 (Chr1)

(complement)

1-204  (99954-100157)   100% ->
205-807  (107963-108565)   100% ->
808-1030  (115534-115756)   100% ->
1031-1223  (116884-117076)   100% ->
1224-1365  (117468-117609)   100% ->
1366-1491  (119743-119868)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGCCCGGCCCGGTGTCTCGGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99954 ATGGATGTGCCCGGCCCGGTGTCTCGGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCTCCTGCGGACCGCTCGGGTCCGTCGCGAATGCTGGTTCTTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 TGTGCTCCTGCGGACCGCTCGGGTCCGTCGCGAATGCTGGTTCTTGCCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGCTGCTCTGCGCCTACGGCTTCTTCGCCAGCCTCAGGCCGTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100054 CCGCGCTGCTCTGCGCCTACGGCTTCTTCGCCAGCCTCAGGCCGTCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTTCCTGACCCCGTACCTGCTGGGGCCGGACAAGAACCTGACCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100104 CCCTTCCTGACCCCGTACCTGCTGGGGCCGGACAAGAACCTGACCGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAG         GTCTTCAATGAAATTTATCCAGTATGGACTTACTCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100154 GGAGGTA...CAGGTCTTCAATGAAATTTATCCAGTATGGACTTACTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTGGTGCTACTGTTTCCTGTGTTCCTTGCCACAGACTACCTCCGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108000 ACCTGGTGCTACTGTTTCCTGTGTTCCTTGCCACAGACTACCTCCGTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAACCTGTTGTTCTACTGCAGGGGCTCAGCCTTATTGTTACATGGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108050 AAACCTGTTGTTCTACTGCAGGGGCTCAGCCTTATTGTTACATGGTTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGCTCTATGCCCAGGGACTGCTGGCCATTCAATTTCTAGAATTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108100 GCTGCTCTATGCCCAGGGACTGCTGGCCATTCAATTTCTAGAATTTTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGGCATCGCCACAGCCACTGAAATTGCCTATTACTCTTATATCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108150 ATGGCATCGCCACAGCCACTGAAATTGCCTATTACTCTTATATCTACAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGGTGGACCTGGGCATGTACCAGAAAGTCACAAGTTACTGTCGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108200 GTGGTGGACCTGGGCATGTACCAGAAAGTCACAAGTTACTGTCGAAGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACTTTGGTGGGCTTTACAGTGGGCTCTGTCCTAGGGCAAATCCTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108250 CACTTTGGTGGGCTTTACAGTGGGCTCTGTCCTAGGGCAAATCCTTGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGTGGCAGGCTGGTCGCTGTTCAGCCTGAATGTCATCTCTCTTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108300 CAGTGGCAGGCTGGTCGCTGTTCAGCCTGAATGTCATCTCTCTTACCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTTTCAGTGGCTTTTGCTGTGGCCTGGTTTTTACCTATGCCACAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108350 GTTTCAGTGGCTTTTGCTGTGGCCTGGTTTTTACCTATGCCACAGAAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTCTTCTTTCACCACATTCCTTCTACCTGCCAGAGAGTGAATGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108400 CCTCTTCTTTCACCACATTCCTTCTACCTGCCAGAGAGTGAATGGCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGTACAAAATGGTGGCATTGTTACTGACACCCCAGCTTCTAACCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108450 AGGTACAAAATGGTGGCATTGTTACTGACACCCCAGCTTCTAACCACCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCTGGCTGGGAGGACATTGAGTCAAAAATCCCTCTAAATATGGAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108500 CCTGGCTGGGAGGACATTGAGTCAAAAATCCCTCTAAATATGGAGGAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TCCCGTGGAGGAACCG         GAACCCAAGCCAGACCGTCTCCTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108550 TCCCGTGGAGGAACCGGTA...TAGGAACCCAAGCCAGACCGTCTCCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TATTGAAAGTACTATGGAATGATTTCCTGATGTGCTACTCCTCTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115559 TATTGAAAGTACTATGGAATGATTTCCTGATGTGCTACTCCTCTCGCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTTCTCTGCTGGTCTGTGTGGTGGGCCCTCTCTACCTGTGGCTATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115609 CTTCTCTGCTGGTCTGTGTGGTGGGCCCTCTCTACCTGTGGCTATTTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGTTGTGAACTACACACAGGGCCTGTGGGAGAAAGTGATGCCTTCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115659 AGTTGTGAACTACACACAGGGCCTGTGGGAGAAAGTGATGCCTTCTCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGCTGCTATCTATAATGGTGGCGTGGAGGCCGTTTCAACCTTACTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115709 ATGCTGCTATCTATAATGGTGGCGTGGAGGCCGTTTCAACCTTACTGGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031        GTGCTGTTGCTGTGTTTGCAGTTGGTTATATAAAAATATCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115759 A...TAGGTGCTGTTGCTGTGTTTGCAGTTGGTTATATAAAAATATCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GTCAACTTGGGGAGAAATGACATTATCTCTCTTTTCTCTCCTGATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116927 GTCAACTTGGGGAGAAATGACATTATCTCTCTTTTCTCTCCTGATTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTGCAGTGTATATCATGGACACTGTGGGTAACATTTGGGTGTGCTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116977 CTGCAGTGTATATCATGGACACTGTGGGTAACATTTGGGTGTGCTATGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TCCTATGTTGTCTTCAGAATCATCTACATGTTACTCATCACGATAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117027 TCCTATGTTGTCTTCAGAATCATCTACATGTTACTCATCACGATAGCAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224          TTTTCAAATTGCTGCAAACCTCAGCATGGAACGCTATGCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117077 GTA...AAGTTTTCAAATTGCTGCAAACCTCAGCATGGAACGCTATGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TAGTATTTGGTGTAAATACCTTCATTGCCCTGGCACTGCAGACGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117509 TAGTATTTGGTGTAAATACCTTCATTGCCCTGGCACTGCAGACGCTGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ACTCTAATTGTGGTAGATGCCAGTGGCCTTGGATTAGAAATTACCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117559 ACTCTAATTGTGGTAGATGCCAGTGGCCTTGGATTAGAAATTACCACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 G         TTTTTGATCTATGCCAGTTATTTTGCACTCATCGCTGTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117609 GGTA...TAGTTTTTGATCTATGCCAGTTATTTTGCACTCATCGCTGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTTTCCTGGCCAGTGGTGCAGTCAGTGTTATGAAGAAATGTAGAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119783 TTTTCCTGGCCAGTGGTGCAGTCAGTGTTATGAAGAAATGTAGAAAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1456 GAAGATCCACAATCAAGTTCTCAAGTAACCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119833 GAAGATCCACAATCAAGTTCTCAAGTAACCACTTCA