seq1 = pF1KE2796.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KE2796/gi568815586f_121110165.tfa (gi568815586f:121110165_121333093), 222929 bp

>pF1KE2796 1212
>gi568815586f:121110165_121333093 (Chr12)

1-134  (100001-100134)   100% ->
135-182  (106791-106838)   100% ->
183-330  (106970-107117)   100% ->
331-402  (111749-111820)   100% ->
403-475  (111930-112002)   100% ->
476-572  (112783-112879)   100% ->
573-653  (118369-118449)   100% ->
654-795  (118561-118702)   100% ->
796-932  (118799-118935)   100% ->
933-1026  (122250-122343)   100% ->
1027-1092  (122447-122512)   100% ->
1093-1188  (122833-122928)   100% ->
1189-1212  (123359-123382)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCTGCTGCGCCGCGCTGGCGGCCTTCCTGTTCGAGTACGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCTGCTGCGCCGCGCTGGCGGCCTTCCTGTTCGAGTACGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCGCATCGTGCTCATCCGCAGCCGCAAAGTGGGGCTCATGAACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCGCATCGTGCTCATCCGCAGCCGCAAAGTGGGGCTCATGAACCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGCAACTGCTCATCCTGGCCTACGTCATCGG         GTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 CCGTGCAACTGCTCATCCTGGCCTACGTCATCGGGTG...TAGGTGCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATCCCCATTTGGCAGAAGTGGAAATGGAGTCCCCTAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106798 CATCCCCATTTGGCAGAAGTGGAAATGGAGTCCCCTAGAAGGTA...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGGGTGTTTGTGTGGGAAAAGGGCTACCAGGAAACTGACTCCGTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106970 GTGGGTGTTTGTGTGGGAAAAGGGCTACCAGGAAACTGACTCCGTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCCGTTACGACCAAGGTCAAGGGCGTGGCTGTGACCAACACTTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107020 GCTCCGTTACGACCAAGGTCAAGGGCGTGGCTGTGACCAACACTTCTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGGATTCCGGATCTGGGATGTGGCGGATTATGTGATACCAGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107070 CTTGGATTCCGGATCTGGGATGTGGCGGATTATGTGATACCAGCTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GAGGAAAACTCCCTCTTCGTCATGACCAACGTGATCCTCACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107120 G...CAGGAGGAAAACTCCCTCTTCGTCATGACCAACGTGATCCTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAACCAGACACAGGGCCTGTGCCCCGAG         ATTCCAGATGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111792 TGAACCAGACACAGGGCCTGTGCCCCGAGGTA...CAGATTCCAGATGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCACTGTGTGTAAATCAGATGCCAGCTGTACTGCCGGCTCTGCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111942 ACCACTGTGTGTAAATCAGATGCCAGCTGTACTGCCGGCTCTGCCGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCACAGCAACG         GAGTCTCAACAGGCAGGTGCGTAGCTTTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111992 CCACAGCAACGGTA...TAGGAGTCTCAACAGGCAGGTGCGTAGCTTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACGGGTCTGTCAAGACGTGTGAGGTGGCGGCCTGGTGCCCGGTGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112813 ACGGGTCTGTCAAGACGTGTGAGGTGGCGGCCTGGTGCCCGGTGGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACACACACGTGCCACA         ACCTGCTTTTTTAAAGGCTGCAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112863 GACACACACGTGCCACAGTG...CAGACCTGCTTTTTTAAAGGCTGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAACTTCACTCTTTTGGTTAAGAACAACATCTGGTATCCCAAATTTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118393 AAACTTCACTCTTTTGGTTAAGAACAACATCTGGTATCCCAAATTTAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCAGCAA         GAGGAATATCCTTCCCAACATCACCACTACTTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118443 TCAGCAAGTA...TAGGAGGAATATCCTTCCCAACATCACCACTACTTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTCAAGTCGTGCATTTATGATGCTAAAACAGATCCCTTCTGCCCCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118595 CTCAAGTCGTGCATTTATGATGCTAAAACAGATCCCTTCTGCCCCATATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCGTCTTGGCAAAATAGTGGAGAACGCAGGACACAGTTTCCAGGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118645 CCGTCTTGGCAAAATAGTGGAGAACGCAGGACACAGTTTCCAGGACATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCGTGGAG         GGAGGCATCATGGGCATCCAGGTCAACTGGGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118695 CCGTGGAGGTG...CAGGGAGGCATCATGGGCATCCAGGTCAACTGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGCAACCTGGACAGAGCCGCCTCCCTCTGCTTGCCCAGGTACTCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118832 TGCAACCTGGACAGAGCCGCCTCCCTCTGCTTGCCCAGGTACTCCTTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCGCCTCGATACACGGGACGTTGAGCACAACGTATCTCCTGGCTACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118882 CCGCCTCGATACACGGGACGTTGAGCACAACGTATCTCCTGGCTACAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCAG         GTTTGCCAAGTACTACAGAGACCTGGCTGGCAACGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118932 TCAGGTG...CAGGTTTGCCAAGTACTACAGAGACCTGGCTGGCAACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGCGCACGCTCATCAAGGCCTATGGCATCCGCTTCGACATCATTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122287 CAGCGCACGCTCATCAAGGCCTATGGCATCCGCTTCGACATCATTGTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGGAAG         GCAGGGAAATTTGACATCATCCCCACTATGATCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122337 TGGGAAGGTA...CAGGCAGGGAAATTTGACATCATCCCCACTATGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACATCGGCTCTGGCCTGGCACTGCTAGGCATG         GCGACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122481 ACATCGGCTCTGGCCTGGCACTGCTAGGCATGGTG...CAGGCGACCGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGTGTGACATCATAGTCCTCTACTGCATGAAGAAAAGACTCTACTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122842 CTGTGTGACATCATAGTCCTCTACTGCATGAAGAAAAGACTCTACTATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGAGAAGAAATATAAATATGTGGAAGATTACGAGCAG         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 122892 GGAGAAGAAATATAAATATGTGGAAGATTACGAGCAGGTA...CAGGGTC

   1300     .    :    .    :
   1193 TTGCTAGTGAGCTGGACCAG
        ||||||||||||||||||||
 123363 TTGCTAGTGAGCTGGACCAG