seq1 = pF1KE2787.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KE2787/gi568815586r_128694199.tfa (gi568815586r:128694199_128923827), 229629 bp

>pF1KE2787 1731
>gi568815586r:128694199_128923827 (Chr12)

(complement)

1-546  (99885-100430)   100% ->
547-842  (108758-109053)   100% ->
843-1011  (113717-113885)   100% ->
1012-1089  (114355-114432)   100% ->
1090-1258  (114872-115040)   100% ->
1259-1414  (122819-122974)   100% ->
1415-1573  (124411-124569)   100% ->
1574-1731  (129472-129629)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCTCTGGGGGCGGTGCGGGCGAGCGGGCGCCGCTGCTGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99885 ATGGAGGGCTCTGGGGGCGGTGCGGGCGAGCGGGCGCCGCTGCTGGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGCGGGCGGCGGCGGCCGCGGCGGCGGCTGGGGCGTTCGCGGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99935 GCGGCGGGCGGCGGCGGCCGCGGCGGCGGCTGGGGCGTTCGCGGGCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCGGCGTGCGGGGCCGTGCTGCTGACGGAGCTGCTGGAGCGCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99985 GCGCGGCGTGCGGGGCCGTGCTGCTGACGGAGCTGCTGGAGCGCGCCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTACGGCATCACGTCCAACCTGGTGCTATTCCTGAACGGGGCGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100035 TTCTACGGCATCACGTCCAACCTGGTGCTATTCCTGAACGGGGCGCCGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCTGGGAGGGCGCGCAGGCCAGCGAGGCGCTGCTGCTCTTCATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100085 CTGCTGGGAGGGCGCGCAGGCCAGCGAGGCGCTGCTGCTCTTCATGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACCTACCTGGGCTCGCCGTTCGGAGGCTGGCTGGCCGACGCGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100135 TCACCTACCTGGGCTCGCCGTTCGGAGGCTGGCTGGCCGACGCGCGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGGGCGCGCGCCATCCTGCTGAGCCTGGCGCTCTACCTGCTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100185 GGCCGGGCGCGCGCCATCCTGCTGAGCCTGGCGCTCTACCTGCTGGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGCCTTCCCGCTGCTGGCCGCGCCCGCCACGCGAGCCGCGCTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100235 GCTGGCCTTCCCGCTGCTGGCCGCGCCCGCCACGCGAGCCGCGCTCTGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTTCCGCGCGCCTGCTCAACTGCACGGCGCCTGGTCCCGACGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100285 GTTCCGCGCGCCTGCTCAACTGCACGGCGCCTGGTCCCGACGCCGCCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCTGCTGCTCACCGGCCACCTTCGCGGGGCTGGTGCTGGTGGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100335 CGCTGCTGCTCACCGGCCACCTTCGCGGGGCTGGTGCTGGTGGGCCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGTGGCCACCGTCAAGGCCAACATCACGCCCTTCGGCGCCGACCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100385 CGTGGCCACCGTCAAGGCCAACATCACGCCCTTCGGCGCCGACCAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547      GTTAAAGATCGAGGTCCGGAAGCCACTAGGAGATTTTTTAATTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100435 ..TAGGTTAAAGATCGAGGTCCGGAAGCCACTAGGAGATTTTTTAATTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTTATTGGAGCATTAACCTGGGAGCGATCCTGTCGTTAGGTGGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108803 TTTTATTGGAGCATTAACCTGGGAGCGATCCTGTCGTTAGGTGGCATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTATATTCAGCAGAACGTCAGCTTTGTCACTGGTTATGCGATCCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108853 CTATATTCAGCAGAACGTCAGCTTTGTCACTGGTTATGCGATCCCCACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTGCGTCGGCCTTGCTTTTGTGGTCTTCCTCTGTGGCCAGAGCGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108903 TCTGCGTCGGCCTTGCTTTTGTGGTCTTCCTCTGTGGCCAGAGCGTTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCACCAAGCCTCCTGATGGCAGTGCCTTCACCGACATGTTCAAGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108953 ATCACCAAGCCTCCTGATGGCAGTGCCTTCACCGACATGTTCAAGATACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GACGTATTCCTGCTGTTCCCAGAAGCGAAGTGGAGAGCGCCAGAGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109003 GACGTATTCCTGCTGTTCCCAGAAGCGAAGTGGAGAGCGCCAGAGTAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 G         TGAAGGCATTGGAGTCTTTCAGCAATCTTCTAAACAAAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109053 GGTA...AAGTGAAGGCATTGGAGTCTTTCAGCAATCTTCTAAACAAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGTTTGATTCATGTAAGATGTCTCATGGTGGGCCATTTACAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113757 CTGTTTGATTCATGTAAGATGTCTCATGGTGGGCCATTTACAGAAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGTGGAAGATGTGAAAGCTCTGGTCAAGATTGTCCCTGTTTTCTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113807 AGTGGAAGATGTGAAAGCTCTGGTCAAGATTGTCCCTGTTTTCTTGGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGATACCTTACTGGACAGTGTATTTCCAA         ATGCAGACAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113857 TGATACCTTACTGGACAGTGTATTTCCAAGTG...TAGATGCAGACAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TATGTTTTACAGAGTCTTCATTTGAGGATTCCAGAAATTTCAAATATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114367 TATGTTTTACAGAGTCTTCATTTGAGGATTCCAGAAATTTCAAATATTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AACCACTCCTCACACG         CTCCCTGCAGCCTGGCTGACCATGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114417 AACCACTCCTCACACGGTA...CAGCTCCCTGCAGCCTGGCTGACCATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTGATGCTGTGCTCATCCTCCTGCTCATCCCTCTGAAGGACAAACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114897 TTGATGCTGTGCTCATCCTCCTGCTCATCCCTCTGAAGGACAAACTGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GATCCCATTTTGAGAAGACATGGCCTGCTCCCATCCTCCCTGAAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114947 GATCCCATTTTGAGAAGACATGGCCTGCTCCCATCCTCCCTGAAGAGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGCCGTGGGCATGTTCTTTGTCATGTGCTCGGCCTTTGCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114997 CGCCGTGGGCATGTTCTTTGTCATGTGCTCGGCCTTTGCTGCAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1259    GAATTTTGGAGAGTAAAAGGCTGAACCTTGTTAAAGAGAAAACCATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122816 TAGGAATTTTGGAGAGTAAAAGGCTGAACCTTGTTAAAGAGAAAACCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AATCAGACCATCGGCAACGTCGTCTACCATGCTGCCGATCTGTCGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122866 AATCAGACCATCGGCAACGTCGTCTACCATGCTGCCGATCTGTCGCTGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GTGGCAGGTGCCGCAGTACTTGCTGATTGGGATCAGCGAGATCTTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122916 GTGGCAGGTGCCGCAGTACTTGCTGATTGGGATCAGCGAGATCTTTGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GTATCGCAG         GCCTGGAATTTGCATACTCAGCTGCCCCCAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122966 GTATCGCAGGTG...CAGGCCTGGAATTTGCATACTCAGCTGCCCCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCCATGCAGAGTGCCATAATGGGCTTGTTCTTTTTCTTCTCTGGCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124443 TCCATGCAGAGTGCCATAATGGGCTTGTTCTTTTTCTTCTCTGGCGTCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GTCGTTCGTGGGTTCTGGACTGCTGGCACTGGTGTCTATCAAAGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124493 GTCGTTCGTGGGTTCTGGACTGCTGGCACTGGTGTCTATCAAAGCCATCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GATGGATGAGCAGTCACACAGACTTTG         GTAATATTAACGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 124543 GATGGATGAGCAGTCACACAGACTTTGGTA...CAGGTAATATTAACGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TGCTATTTGAACTATTACTTTTTTCTTCTGGCTGCTATTCAAGGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129486 TGCTATTTGAACTATTACTTTTTTCTTCTGGCTGCTATTCAAGGAGCTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CCTCCTGCTTTTCCTCATTATTTCTGTGAAATATGACCATCATCGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129536 CCTCCTGCTTTTCCTCATTATTTCTGTGAAATATGACCATCATCGAGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ATCAGCGATCAAGAGCCAATGGCGTGCCCACCAGCAGGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129586 ATCAGCGATCAAGAGCCAATGGCGTGCCCACCAGCAGGAGGGCC