seq1 = pF1KE2721.tfa, 591 bp
seq2 = pF1KE2721/gi568815597f_228045513.tfa (gi568815597f:228045513_228248457), 202945 bp

>pF1KE2721 591
>gi568815597f:228045513_228248457 (Chr1)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-154  (100514-100555)   100% ->
155-251  (101330-101426)   100% ->
252-390  (101894-102032)   100% ->
391-475  (102103-102187)   100% ->
476-561  (102859-102944)   100% ->
562-591  (103153-103182)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCCCCAGGCCTGTGGTGCTGAGCGGGCCTTCGGGAGCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCCCCAGGCCTGTGGTGCTGAGCGGGCCTTCGGGAGCTGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCACCCTGCTGAAGAGGCTGCTCCAGGAGCACAGCGGCATCTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCACCCTGCTGAAGAGGCTGCTCCAGGAGCACAGCGGCATCTTTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGCGTGTCCC         ATACCACGAGGAACCCGAGGCCCGGCGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAGCGTGTCCCGTG...TAGATACCACGAGGAACCCGAGGCCCGGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAACGGCAAAG         ATTACTACTTTGTAACCAGGGAGGTGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100543 GAGAACGGCAAAGGTG...CAGATTACTACTTTGTAACCAGGGAGGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGCGTGACATAGCAGCCGGCGACTTCATCGAGCATGCCGAGTTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101358 GCAGCGTGACATAGCAGCCGGCGACTTCATCGAGCATGCCGAGTTCTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAACCTGTATGGCACGAG         CAAGGTGGCGGTGCAGGCCGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101408 GGAACCTGTATGGCACGAGGTG...CAGCAAGGTGGCGGTGCAGGCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGGCCATGAACCGCATCTGTGTGCTGGACGTGGACCTGCAGGGTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101916 CAGGCCATGAACCGCATCTGTGTGCTGGACGTGGACCTGCAGGGTGTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAACATCAAGGCCACCGATCTGCGGCCCATCTACATCTCTGTGCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101966 GAACATCAAGGCCACCGATCTGCGGCCCATCTACATCTCTGTGCAGCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTCACTGCACGTGCTG         GAGCAGCGGCTGCGGCAGCGCAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102016 CTTCACTGCACGTGCTGGTG...TAGGAGCAGCGGCTGCGGCAGCGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGAAACCGAGGAGAGCCTGGTGAAGCGGCTGGCTGCTGCCCAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102127 ACTGAAACCGAGGAGAGCCTGGTGAAGCGGCTGGCTGCTGCCCAGGCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGGAGAGCA         GCAAGGAGCCCGGCCTGTTTGATGTGGTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102177 CATGGAGAGCAGTG...CAGGCAAGGAGCCCGGCCTGTTTGATGTGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCATTAACGACAGCCTGGACCAGGCCTACGCAGAGCTGAAGGAGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102889 TCATTAACGACAGCCTGGACCAGGCCTACGCAGAGCTGAAGGAGGCGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    556 TCTGAG         GAAATCAAGAAAGCTCAAAGGACCGGCGCC
        ||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102939 TCTGAGGTG...CAGGAAATCAAGAAAGCTCAAAGGACCGGCGCC