seq1 = pF1KE2715.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KE2715/gi568815592f_25661963.tfa (gi568815592f:25661963_25879185), 217223 bp

>pF1KE2715 1491
>gi568815592f:25661963_25879185 (Chr6)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-297  (107023-107228)   99% ->
298-531  (108105-108338)   100% ->
532-619  (108422-108509)   100% ->
620-706  (108964-109050)   100% ->
707-825  (111313-111431)   100% ->
826-987  (111551-111712)   100% ->
988-1120  (114633-114765)   99% ->
1121-1268  (114850-114997)   100% ->
1269-1359  (115964-116054)   100% ->
1360-1491  (117092-117223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTACCGGACCAGATGTCAAGGCTACAGTGGGGGACATTTCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTACCGGACCAGATGTCAAGGCTACAGTGGGGGACATTTCCAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAATTTAAACGTGGCTCAAGAGGAATGCTCCAGGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 TGGCAATTTAAACGTGGCTCAAGAGGAATGCTCCAGGAAAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTTTTGTTCAGTCCGACATGGGCTGGCCCTCATCTTGCAGCTCTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107023 GTTTTTGTTCAGTCCGACATGGGCTGGCCCTCATCTTGCAGCTCTGTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTCAATTTACACCCAACAAATGAACTTGAGCATTGCCATCCCAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107073 TTTTCAATTTACACCCAACAAATGAACTTGAGCATTGCCATCCCAGCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGAACAACACAGCCCCACCTAGCCAGCCCAATGCCTCCACAGAACGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 107123 GGTGAACAACACAGCCCCACCTAGCCAGCCCAATGCTTCCACAGAACGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTCCACTGACTCCCAGGGCTACTGGAATGAAACTCTAAAAGAATTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107173 CCTCCACTGACTCCCAGGGCTACTGGAATGAAACTCTAAAAGAATTTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAATG         GCCCCTGCATATGACTGGAGTCCTGAAATCCAGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107223 GCAATGGTA...TAGGCCCCTGCATATGACTGGAGTCCTGAAATCCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATCATCCTCAGCTCCCTCAACTATGGCTCATTCTTGGCTCCAATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108140 AATCATCCTCAGCTCCCTCAACTATGGCTCATTCTTGGCTCCAATCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGGCTATGTGGCTGGAATATTTGGAGCCAAGTATGTGGTTGGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108190 GTGGCTATGTGGCTGGAATATTTGGAGCCAAGTATGTGGTTGGTGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGTTTATTTCCTCATTCCTGACCCTCTTCATTCCACTGGCAGCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108240 TTGTTTATTTCCTCATTCCTGACCCTCTTCATTCCACTGGCAGCTAATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGAGTGGCCTTGCTCATTGTCCTCCGGATTGTACAAGGCATAGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108290 GGGAGTGGCCTTGCTCATTGTCCTCCGGATTGTACAAGGCATAGCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         GTTATGGTATTAACTGGTCAGTATTCAATTTGGGTCAAATGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108340 TA...CAGGTTATGGTATTAACTGGTCAGTATTCAATTTGGGTCAAATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTCCCCCACTGGAAAGGAGTCAACTCACCACCATTGCTGGATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108464 GCTCCCCCACTGGAAAGGAGTCAACTCACCACCATTGCTGGATCAGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620      GGTCAATGCTGGGGTCCTTCATTGTTCTACTTGCTGGTGGTCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108514 ..CAGGGTCAATGCTGGGGTCCTTCATTGTTCTACTTGCTGGTGGTCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTGCCAGACCATAGGATGGCCTTACGTCTTCTATATCTTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109009 TCTGCCAGACCATAGGATGGCCTTACGTCTTCTATATCTTTGGTG...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707  GAGGAATTGGCTGTGCTTGTTGTCCTCTCTGGTTTCCTCTCATTTATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111312 GGAGGAATTGGCTGTGCTTGTTGTCCTCTCTGGTTTCCTCTCATTTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGATCCTGTGAATCATCCCTTTATCAGTGCTGGTGAGAAGAGATACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111362 TGATCCTGTGAATCATCCCTTTATCAGTGCTGGTGAGAAGAGATACATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTGTTCATTGGCTCAGCAG         GACTGTTCACCAGGCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111412 TGTGTTCATTGGCTCAGCAGGTA...CAGGACTGTTCACCAGGCTGGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTCCCATTAGGGCTATGATCAAATCCTTACCACTCTGGGCCATTTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111572 CTTCCCATTAGGGCTATGATCAAATCCTTACCACTCTGGGCCATTTTAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCTTATTTCTGTGAATACTGGCTTTTTTATACCATTATGGCGTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111622 CTCTTATTTCTGTGAATACTGGCTTTTTTATACCATTATGGCGTACACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAACGTACATCAGCTCGGTACTTCAAGCCAACCTCAGAGAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111672 CAACGTACATCAGCTCGGTACTTCAAGCCAACCTCAGAGATGTA...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTGGGATCCTGTCTGCCTTGCCGTTTGTTGTTGGATGTATCTGCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114633 AGTGGGATCCTGTCTGCCTTGCCGTTTGTTGTTGGATGTATCTGCATTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTTGGAGGTCTACTGGCAGACTTTCTTCTCTCCAGAAAAATCCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114683 CCTTGGAGGTCTACTGGCAGACTTTCTTCTCTCCAGAAAAATCCTCAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCATCACCATCAGGAAACTCTTCACTACCATTG         GGGTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>||||||||
 114733 TCATCACCATCAGGAAACTCTTCACTGCCATTGGTA...CAGGGGTTCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCCCATCCGTGATCCTCGTGTCCCTGCCCTGGGTCAGATCCAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114858 TTCCCATCCGTGATCCTCGTGTCCCTGCCCTGGGTCAGATCCAGCCACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGACCATGACCTTCTTGGTGCTGTCTTCTGCCATCAGCAGCTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114908 CATGACCATGACCTTCTTGGTGCTGTCTTCTGCCATCAGCAGCTTCTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AATCAGGAGCCCTTGTTAACTTCTTGGATATTGCTCCTCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114958 AATCAGGAGCCCTTGTTAACTTCTTGGATATTGCTCCTCGGTA...CAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TACACTGGCTTTCTCAAAGGACTATTGCAAGTCTTTGCACACATAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115965 TACACTGGCTTTCTCAAAGGACTATTGCAAGTCTTTGCACACATAGCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGCCATCTCTCCTACTGCTGCTGGATTTTTCATCAGTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116015 AGCCATCTCTCCTACTGCTGCTGGATTTTTCATCAGTCAGGTG...CAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATTCAGAGTTTGGTTGGAGAAATGTCTTCTTGCTTTCAGCTGCTGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117093 ATTCAGAGTTTGGTTGGAGAAATGTCTTCTTGCTTTCAGCTGCTGTTAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATATCGGGCCTGGTTTTCTACCTCATCTTTGGCCGAGCAGATGTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117143 ATATCGGGCCTGGTTTTCTACCTCATCTTTGGCCGAGCAGATGTGCAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :
   1461 CTGGGCTAAAGAGCAGACATTCACCCACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 117193 CTGGGCTAAAGAGCAGACATTCACCCACCTC