seq1 = pF1KE2713.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE2713/gi568815589f_126240508.tfa (gi568815589f:126240508_126603260), 362753 bp

>pF1KE2713 957
>gi568815589f:126240508_126603260 (Chr9)

1-81  (86423-86503)   100% ->
82-204  (100001-100123)   99% ->
205-312  (140557-140664)   100% ->
313-409  (146055-146151)   100% ->
410-539  (151559-151688)   100% ->
540-662  (155068-155190)   100% ->
663-757  (181347-181441)   100% ->
758-813  (240862-240917)   98% ->
814-873  (243466-243525)   100% ->
874-957  (262670-262753)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAGCTGCTTCTGCGTGAGACGGAGCCGGGACCCGCCGCCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  86423 ATGAGAAGCTGCTTCTGCGTGAGACGGAGCCGGGACCCGCCGCCGCCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCACCGCCGCCGCCGCCCCAGCGGGGAACA         GACCAGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  86473 GCCACCGCCGCCGCCGCCCCAGCGGGGAACAGTT...CAGGACCAGTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATGCCTGAAGTCAAAGACCTCTCAGAAGCCTTGCCAGAAACATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100011 CCATGCCTGAAGTCAAAGACCTCTCAGAAGCCTTGCCAGAAACGTCAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCCCATCACGGGAGTCGGGGTGGTGGCTTCTCGGAACCGAGCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 GATCCCATCACGGGAGTCGGGGTGGTGGCTTCTCGGAACCGAGCCCCGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGCTATGACGTA         GTTGCACAGACAGCAGATGGTGTGGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100111 AGGCTATGACGTAGTA...TAGGTTGCACAGACAGCAGATGGTGTGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGACCTCTGGAAAGACGGCTTATTTAAATCCAAGGTTACCAGATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140585 CTGACCTCTGGAAAGACGGCTTATTTAAATCCAAGGTTACCAGATACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTTTCACAAGATCATTTTCCAAAGAAAAT         AGTCATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 140635 TGTTTCACAAGATCATTTTCCAAAGAAAATGTA...AAGAGTCATCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAACGTGTTAGTAGATATGAAGCTCATTGACATCAAGGACACACTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146066 GAACGTGTTAGTAGATATGAAGCTCATTGACATCAAGGACACACTGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGCTTCATCCCAATTCAGGAGACGGTGGACACAC         AGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 146116 TGGGCTTCATCCCAATTCAGGAGACGGTGGACACACGTG...CAGAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGGCTTTTAGGAAGAAGAGGCTGTGCATTAAATTTATTCCACGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151564 GTGGCTTTTAGGAAGAAGAGGCTGTGCATTAAATTTATTCCACGGGATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACGGAAGCTGCGATTTGTGACATTCGGATCATGGGCCGGACCAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151614 AACGGAAGCTGCGATTTGTGACATTCGGATCATGGGCCGGACCAAGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCCGCCTCAGTACACGTTTATTGG         GGAACTGAACAGCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 151664 CCCCGCCTCAGTACACGTTTATTGGGTG...AAGGGAACTGAACAGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGATCTGGTATCGAATGGGCAGAGTACCAAGAAATCATGACTCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155084 GGGATCTGGTATCGAATGGGCAGAGTACCAAGAAATCATGACTCATCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCCACAACGCCTTCCCAGTCATCAGCTGCCTCCACCCCAGCCCCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155134 ACCCACAACGCCTTCCCAGTCATCAGCTGCCTCCACCCCAGCCCCCAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCCCAG         GCACATCTCCCTAACACTTCCTGCCACCTTCCGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155184 TTCCCAGGTG...CAGGCACATCTCCCTAACACTTCCTGCCACCTTCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCAGGAACAGCACCCGGACGGACTACGAGTACCAGCACTCCAATTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181381 GGCAGGAACAGCACCCGGACGGACTACGAGTACCAGCACTCCAATTTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCATATCAG         CAATGGATGGGGTGCCTTTTATGATTTCAG
        |||||||||||>>>...>>>|||||||||| |||||||||||||||||||
 181431 TGCCATATCAGGTA...CAGCAATGGATGGTGTGCCTTTTATGATTTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAAGTTTTCTTGTGTTCCAGAAAGT         ATGCAGCCCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 240892 AGAAGTTTTCTTGTGTTCCAGAAAGTGTA...CAGATGCAGCCCTTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCCTGGGAATCACCATCAAATCTCTAGCAGAAATCGAAAAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 243481 CTCCTGGGAATCACCATCAAATCTCTAGCAGAAATCGAAAAAGAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874     TACGAGTACAGCTTCCGCACAGAGCAGAGCGCAGCCGCCAGGCTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243531 .CAGTACGAGTACAGCTTCCGCACAGAGCAGAGCGCAGCCGCCAGGCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    920 CGCCCAGCCCCACCAGGTGTCAGCAGATCCCGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262716 CGCCCAGCCCCACCAGGTGTCAGCAGATCCCGCAGTCC