seq1 = pF1KE2710.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE2710/gi568815575f_154485207.tfa (gi568815575f:154485207_154686661), 201455 bp

>pF1KE2710 540
>gi568815575f:154485207_154686661 (ChrX)

1-269  (100001-100269)   100% ->
270-404  (100946-101080)   100% ->
405-540  (101320-101455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGTTCGACGGGCGATGCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGTTCGACGGGCGATGCTGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGAGGCCCTGGCATTCCTGATGGCCCAGGGGGCAATGCTGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGGAGGCCCTGGCATTCCTGATGGCCCAGGGGGCAATGCTGGCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGAGAGGCGGGTGCCACGGGCGGCAGAGGTCCCCGGGGCGCAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGAGAGGCGGGTGCCACGGGCGGCAGAGGTCCCCGGGGCGCAGGGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAAGGGCCTCGGGGCCGGGAGGAGGCGCCCCGCGGGGTCCGCATGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAAGGGCCTCGGGGCCGGGAGGAGGCGCCCCGCGGGGTCCGCATGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGCTTCAGGGCTGAATGGATGCTGCAGATGCGGGGCCAGGGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGGCTTCAGGGCTGAATGGATGCTGCAGATGCGGGGCCAGGGGGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGCCGCCTGCTTGAGTT         CTACCTCGCCATGCCTTTCGCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100251 AGAGCCGCCTGCTTGAGTTGTA...CAGCTACCTCGCCATGCCTTTCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACACCCATGGAAGCAGAGCTGGCCCGCAGGAGCCTGGCCCAGGATGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 ACACCCATGGAAGCAGAGCTGGCCCGCAGGAGCCTGGCCCAGGATGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCGCTTCCCGTGCCAGGGGTGCTTCTGAAGGAGTTCACTGTGTCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101018 ACCGCTTCCCGTGCCAGGGGTGCTTCTGAAGGAGTTCACTGTGTCCGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACATACTGACTAT         CCGACTGACTGCTGCAGACCACCGCCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101068 ACATACTGACTATGTC...TAGCCGACTGACTGCTGCAGACCACCGCCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCAGCTCTCCATCAGCTCCTGTCTCCAGCAGCTTTCCCTGTTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 CTGCAGCTCTCCATCAGCTCCTGTCTCCAGCAGCTTTCCCTGTTGATGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCACGCAGTGCTTTCTGCCCGTGTTTTTGGCTCAGCCTCCCTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 GATCACGCAGTGCTTTCTGCCCGTGTTTTTGGCTCAGCCTCCCTCAGGGC

    550     .
    533 AGAGGCGC
        ||||||||
 101448 AGAGGCGC