seq1 = pF1KE2691.tfa, 2445 bp
seq2 = pF1KE2691/gi568815597r_27000310.tfa (gi568815597r:27000310_27254334), 254025 bp

>pF1KE2691 2445
>gi568815597r:27000310_27254334 (Chr1)

(complement)

1-352  (100001-100352)   100% ->
353-813  (140049-140509)   100% ->
814-1064  (144558-144808)   100% ->
1065-1282  (146470-146687)   100% ->
1283-1485  (148248-148450)   100% ->
1486-1575  (151023-151112)   100% ->
1576-1646  (151592-151662)   100% ->
1647-1820  (151777-151950)   100% ->
1821-1935  (152205-152319)   100% ->
1936-2037  (152509-152610)   100% ->
2038-2110  (153060-153132)   100% ->
2111-2445  (153691-154025)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTCTGCGGTCTGGCATCTGTGGCCTCTCTCCACATCGGATCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTCTGCGGTCTGGCATCTGTGGCCTCTCTCCACATCGGATCTTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCTTACTCGTGGTGGTTGCTTTGGTGGGGCTGCTGCCTGTTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCTTACTCGTGGTGGTTGCTTTGGTGGGGCTGCTGCCTGTTCTCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCATGGCCTCCAGCTCAGCCCAACTGCCAGCACCATTCGAAGCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCATGGCCTCCAGCTCAGCCCAACTGCCAGCACCATTCGAAGCTCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCACCACGAGAACGCTCGATTGGGGATGTCACCACCGCTCCACCGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCACCACGAGAACGCTCGATTGGGGATGTCACCACCGCTCCACCGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCCCAGAGAGCCGCCCTGTTAATCATTCCGTCACTGATCATGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCCAGAGAGCCGCCCTGTTAATCATTCCGTCACTGATCATGGCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCCGCGCAAGGCCTTTCCAGTCCTGGGCATCGACTACACACACGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCCGCGCAAGGCCTTTCCAGTCCTGGGCATCGACTACACACACGTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCCCTTCGAGATCTCCCTCTGGATCCTTCTGGCCTGCCTCATGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCCCTTCGAGATCTCCCTCTGGATCCTTCTGGCCTGCCTCATGAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AG         GTTTCCATGTGATCCCCACTATCTCAAGCATCGTCCCGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGTA...CAGGTTTCCATGTGATCCCCACTATCTCAAGCATCGTCCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAGCTGCCTGCTGATCGTGGTGGGGCTGCTGGTGGGGGGCCTGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140088 AGAGCTGCCTGCTGATCGTGGTGGGGCTGCTGGTGGGGGGCCTGATCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGTGTAGGCGAGACACCCCCCTTCCTGCAGTCCGACGTCTTCTTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140138 GGTGTAGGCGAGACACCCCCCTTCCTGCAGTCCGACGTCTTCTTCCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGCTGCCGCCCATCATCCTGGATGCGGGCTACTTCCTGCCACTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140188 CCTGCTGCCGCCCATCATCCTGGATGCGGGCTACTTCCTGCCACTGCGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTTCACAGAAAACCTGGGCACCATCCTGATCTTTGCCGTGGTGGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140238 AGTTCACAGAAAACCTGGGCACCATCCTGATCTTTGCCGTGGTGGGCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGTGGAACGCCTTCTTCCTGGGCGGCCTCATGTACGCCGTGTGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140288 CTGTGGAACGCCTTCTTCCTGGGCGGCCTCATGTACGCCGTGTGCCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGCGGTGAGCAGATCAACAACATCGGCCTCCTGGACAACCTGCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140338 GGGCGGTGAGCAGATCAACAACATCGGCCTCCTGGACAACCTGCTCTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAGCATCATCTCGGCCGTGGACCCCGTGGCGGTTCTGGCTGTCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140388 GCAGCATCATCTCGGCCGTGGACCCCGTGGCGGTTCTGGCTGTCTTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAAATTCACATCAATGAGCTGCTGCACATCCTTGTTTTTGGGGAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140438 GAAATTCACATCAATGAGCTGCTGCACATCCTTGTTTTTGGGGAGTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCTCAATGACGCCGTCACTGTG         GTCCTGTATCACCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 140488 GCTCAATGACGCCGTCACTGTGGTG...CAGGTCCTGTATCACCTCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGAGTTTGCCAACTACGAACACGTGGGCATCGTGGACATCTTCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144577 AGGAGTTTGCCAACTACGAACACGTGGGCATCGTGGACATCTTCCTCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTCCTGAGCTTCTTCGTGGTGGCCCTGGGCGGGGTGCTTGTGGGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144627 TTCCTGAGCTTCTTCGTGGTGGCCCTGGGCGGGGTGCTTGTGGGCGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTACGGGGTCATCGCAGCCTTCACCTCCCGATTTACCTCCCACATCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144677 CTACGGGGTCATCGCAGCCTTCACCTCCCGATTTACCTCCCACATCCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCATCGAGCCGCTCTTCGTCTTCCTCTACAGCTACATGGCCTACTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144727 TCATCGAGCCGCTCTTCGTCTTCCTCTACAGCTACATGGCCTACTTGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCCGAGCTCTTCCACCTGTCAGGCATCATGGC         GCTCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 144777 GCCGAGCTCTTCCACCTGTCAGGCATCATGGCGTG...CAGGCTCATAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTCAGGAGTGGTGATGCGCCCCTATGTGGAGGCCAACATCTCCCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146479 CTCAGGAGTGGTGATGCGCCCCTATGTGGAGGCCAACATCTCCCACAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCCACACCACCATCAAATACTTCCTGAAGATGTGGAGCAGCGTCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146529 CCCACACCACCATCAAATACTTCCTGAAGATGTGGAGCAGCGTCAGCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACCCTCATCTTCATCTTCCTCGGCGTCTCCACGGTGGCCGGCTCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146579 ACCCTCATCTTCATCTTCCTCGGCGTCTCCACGGTGGCCGGCTCCCACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTGGAACTGGACCTTCGTCATCAGCACCCTGCTCTTCTGCCTCATCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146629 CTGGAACTGGACCTTCGTCATCAGCACCCTGCTCTTCTGCCTCATCGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCGTGCTGG         GGGTGCTGGGCCTGACCTGGTTCATCAACAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 146679 GCGTGCTGGGTG...CAGGGGTGCTGGGCCTGACCTGGTTCATCAACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTCCGTATCGTGAAGCTGACCCCCAAGGACCAGTTCATCATCGCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148280 TTCCGTATCGTGAAGCTGACCCCCAAGGACCAGTTCATCATCGCCTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGGCCTGCGAGGGGCCATCGCCTTCTCTCTGGGCTACCTCCTGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148330 GGGCCTGCGAGGGGCCATCGCCTTCTCTCTGGGCTACCTCCTGGACAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AGCACTTCCCCATGTGTGACCTGTTCCTCACTGCCATCATCACTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148380 AGCACTTCCCCATGTGTGACCTGTTCCTCACTGCCATCATCACTGTCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTCTTCACCGTCTTTGTGCAG         GGCATGACCATTCGGCCCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 148430 TTCTTCACCGTCTTTGTGCAGGTG...CAGGGCATGACCATTCGGCCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GGTAGACCTGTTGGCTGTGAAGAAAAAGCAAGAGACGAAGCGCTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151043 GGTAGACCTGTTGGCTGTGAAGAAAAAGCAAGAGACGAAGCGCTCCATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ACGAAGAGATCCACACACAG         TTCCTGGACCACCTTCTGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 151093 ACGAAGAGATCCACACACAGGTA...CAGTTCCTGGACCACCTTCTGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GGCATCGAAGACATCTGTGGCCACTACGGTCACCACCACTGGAAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151613 GGCATCGAAGACATCTGTGGCCACTACGGTCACCACCACTGGAAGGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647          GCTCAACCGGTTTAATAAGAAATATGTGAAGAAGTGTCTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151663 GTA...CAGGCTCAACCGGTTTAATAAGAAATATGTGAAGAAGTGTCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TAGCTGGCGAGCGCTCCAAGGAGCCCCAGCTCATTGCCTTCTACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151818 TAGCTGGCGAGCGCTCCAAGGAGCCCCAGCTCATTGCCTTCTACCACAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 ATGGAGATGAAGCAGGCCATCGAGCTGGTGGAGAGCGGGGGCATGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151868 ATGGAGATGAAGCAGGCCATCGAGCTGGTGGAGAGCGGGGGCATGGGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GATCCCCTCTGCCGTCTCCACCGTCTCCATGCA         GAACATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 151918 GATCCCCTCTGCCGTCTCCACCGTCTCCATGCAGTG...CAGGAACATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ACCCCAAGTCCCTGCCTTCCGAGCGCATCCTGCCAGCACTGTCCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152213 ACCCCAAGTCCCTGCCTTCCGAGCGCATCCTGCCAGCACTGTCCAAGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AAGGAGGAGGAGATCCGCAAAATCCTGAGGAACAACTTGCAGAAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152263 AAGGAGGAGGAGATCCGCAAAATCCTGAGGAACAACTTGCAGAAGACCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 GCAGCGG         CTGCGGTCCTACAACAGACACACGCTGGTGGCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152313 GCAGCGGGTG...CAGCTGCGGTCCTACAACAGACACACGCTGGTGGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 ACCCCTACGAGGAAGCCTGGAACCAGATGCTGCTCCGGAGGCAGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152543 ACCCCTACGAGGAAGCCTGGAACCAGATGCTGCTCCGGAGGCAGAAGGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CGGCAGCTGGAGCAGAAG         ATCAACAACTACCTGACGGTGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 152593 CGGCAGCTGGAGCAGAAGGTA...CAGATCAACAACTACCTGACGGTGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 AGCCCACAAGCTGGACTCACCCACCATGTCTCGGGCCCGCATCGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153083 AGCCCACAAGCTGGACTCACCCACCATGTCTCGGGCCCGCATCGGCTCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111          ACCCACTGGCCTATGAGCCGAAGGAGGACCTGCCTGTCATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153133 GTA...CAGACCCACTGGCCTATGAGCCGAAGGAGGACCTGCCTGTCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 ACCATCGACCCGGCTTCCCCGCAGTCACCCGAGTCTGTGGACCTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153732 ACCATCGACCCGGCTTCCCCGCAGTCACCCGAGTCTGTGGACCTGGTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TGAGGAGCTGAAGGGCAAAGTCTTAGGGTTGAGCCGGGATCCTGCAAAGG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153782 TGAAGAGCTGAAGGGCAAAGTCTTAGGGTTGAGCCGGGATCCTGCAAAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGGCTGAGGAGGACGAGGACGACGATGGGGGCATCATGATGCGGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153832 TGGCTGAGGAGGACGAGGACGACGATGGGGGCATCATGATGCGGAGCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GAGACTTCGTCCCCAGGAACCGACGATGTCTTCACCCCCGCGCCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153882 GAGACTTCGTCCCCAGGAACCGACGATGTCTTCACCCCCGCGCCCAGTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CAGCCCCAGCTCCCAGAGGATACAGCGCTGCCTCAGTGACCCAGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153932 CAGCCCCAGCTCCCAGAGGATACAGCGCTGCCTCAGTGACCCAGGCCCAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 ACCCTGAGCCTGGGGAGGGAGAACCGTTCTTCCCCAAGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153982 ACCCTGAGCCTGGGGAGGGAGAACCGTTCTTCCCCAAGGGGCAG