seq1 = pF1KE2685.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KE2685/gi568815582f_25592517.tfa (gi568815582f:25592517_26236245), 643729 bp

>pF1KE2685 1368
>gi568815582f:25592517_26236245 (Chr16)

1-734  (99902-100635)   99% ->
735-1368  (543096-543729)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGTGGCCCGCACCTCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99902 ATGGCCCGGTGGCCCGCACCTCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCACCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGCCGCCGCCGCCCGGCGCCTCTGCTAAGGGGCCGCCGGCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99952 GGCCGCGCCGCCGCCGCCCGGCGCCTCTGCTAAGGGGCCGCCGGCGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGCTTTTTATGTGCACCTTGTCCCTGTCTGTCACCTACCTGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100002 AGCTGCTTTTTATGTGCACCTTGTCCCTGTCTGTCACCTACCTGTGCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCTCCTGGGCGGCTCGGGCTCCCTGCAATTCCCTCTGGCGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100052 AGCCTCCTGGGCGGCTCGGGCTCCCTGCAATTCCCTCTGGCGCTGCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCGCCGGGCGCCGCCGCCGAGCCCCCGCCGAGCCCGCCGCCACCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100102 GTCGCCGGGCGCCGCCGCCGAGCCCCCGCCGAGCCCGCCGCCACCCTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGCCTACCCCCGTGCGCCTCGGCGCCCCCTCGCAGCCGCCCGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100152 TGCTGCCTACCCCCGTGCGCCTCGGCGCCCCCTCGCAGCCGCCCGCGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGCCGCTGGACAACGCGAGCCACGGGGAGCCGCCCGAGCCCCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100202 CCGCCGCTGGACAACGCGAGCCACGGGGAGCCGCCCGAGCCCCCAGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCAGCCGCCCCCGGGACCGACGGCTGGGGGCTGCCGAGCGGCGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100252 GCCAGCCGCCCCCGGGACCGACGGCTGGGGGCTGCCGAGCGGCGGCGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCCCGGGACGCCTGGCTCCGGACCCCGCTGGCCCCCAGCGAGATGATC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100302 GCGCCCAGGACGCCTGGCTCCGGACCCCGCTGGCCCCCAGCGAGATGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACGGCTCAGAGCGCGCTGCCGGAGAGGGAAGCGCAGGAGTCCAGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100352 ACGGCTCAGAGCGCGCTGCCGGAGAGGGAAGCGCAGGAGTCCAGCACCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGACGAGGATCTCGCAGGCCGGAGAGCGGCCAACGGGAGCAGCGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100402 CGACGAGGATCTCGCAGGCCGGAGAGCGGCCAACGGGAGCAGCGAGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGGCGCCGTCAGCACCCCCGACTATGGGGAGAAGAAGCTGCCACAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100452 GCGGCGCCGTCAGCACCCCCGACTATGGGGAGAAGAAGCTGCCACAGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCATCATCGGGGTCAAGAAAGGAGGGACCCGCGCGCTGCTGGAGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100502 CTCATCATCGGGGTCAAGAAAGGAGGGACCCGCGCGCTGCTGGAGGCGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGCGTGCACCCGGACGTGCGGGCGGTGGGCGTAGAGCCGCACTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100552 CCGCGTGCACCCGGACGTGCGGGCGGTGGGCGTAGAGCCGCACTTCTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGGAACTACGAAAAGGGGTTGGAGTGGTACAG         AAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100602 ACAGGAACTACGAAAAGGGGTTGGAGTGGTACAGGTA...TAGAAATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATGCCCAAGACTTTGGATGGGCAAATAACCATGGAGAAGACTCCAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543103 ATGCCCAAGACTTTGGATGGGCAAATAACCATGGAGAAGACTCCAAGTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTTGTGACAAATGAGGCTCCCAAGCGCATTCACTCCATGGCCAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543153 CTTTGTGACAAATGAGGCTCCCAAGCGCATTCACTCCATGGCCAAGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCAAACTGATTGTGGTGGTGAGAAACCCCGTGACCAGGGCCATCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543203 TCAAACTGATTGTGGTGGTGAGAAACCCCGTGACCAGGGCCATCTCTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TACACGCAGACACTGTCAAAGAAACCCGAGATCCCCACCTTTGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543253 TACACGCAGACACTGTCAAAGAAACCCGAGATCCCCACCTTTGAGGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCCTTCAAAAACCGGACCCTCGGGCTGATCGATGCTTCCTGGAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543303 GGCCTTCAAAAACCGGACCCTCGGGCTGATCGATGCTTCCTGGAGTGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTCGAATAGGGATCTATGCGCTGCATCTGGAAAACTGGCTCCAGTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543353 TTCGAATAGGGATCTATGCGCTGCATCTGGAAAACTGGCTCCAGTATTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCCCTCTCCCAGATCCTCTTTGTCAGTGGTGAGCGACTCATTGTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543403 CCCCTCTCCCAGATCCTCTTTGTCAGTGGTGAGCGACTCATTGTGGACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CGCCGGGGAAATGGCCAAAGTACAGGATTTTCTAGGCCTCAAACGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543453 CGCCGGGGAAATGGCCAAAGTACAGGATTTTCTAGGCCTCAAACGTGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGACTGAGAAGCATTTCTATTTCAACAAAACCAAGGGGTTCCCTTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543503 TGACTGAGAAGCATTTCTATTTCAACAAAACCAAGGGGTTCCCTTGCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AAGAAGCCAGAAGACAGCAGTGCCCCGAGGTGCTTAGGCAAGAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543553 AAGAAGCCAGAAGACAGCAGTGCCCCGAGGTGCTTAGGCAAGAGCAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TCGGACTCATCCTCGCATTGACCCAGATGTCATCCACAGACTGAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543603 TCGGACTCATCCTCGCATTGACCCAGATGTCATCCACAGACTGAGGAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCTACAAACCCTTCAACTTGATGTTTTACCAAATGACTGGTCAAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543653 TCTACAAACCCTTCAACTTGATGTTTTACCAAATGACTGGTCAAGATTTT

   1350     .    :    .    :    .
   1342 CAGTGGGAACAGGAAGAGGGTGATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||
 543703 CAGTGGGAACAGGAAGAGGGTGATAAA