seq1 = pF1KE2682.tfa, 1977 bp
seq2 = pF1KE2682/gi568815597r_224127629.tfa (gi568815597r:224127629_224405169), 277541 bp

>pF1KE2682 1977
>gi568815597r:224127629_224405169 (Chr1)

(complement)

1-24  (93347-93370)   100% ->
25-157  (100004-100136)   99% ->
158-234  (100358-100434)   100% ->
235-369  (101313-101447)   100% ->
370-471  (104507-104608)   100% ->
472-589  (108552-108669)   100% ->
590-734  (110759-110903)   100% ->
735-984  (115437-115686)   100% ->
985-1203  (117177-117395)   100% ->
1204-1308  (119040-119144)   100% ->
1309-1371  (123985-124047)   100% ->
1372-1491  (129712-129831)   100% ->
1492-1591  (137037-137136)   100% ->
1592-1698  (154852-154958)   100% ->
1699-1775  (168588-168664)   100% ->
1776-1864  (171881-171969)   100% ->
1865-1935  (173874-173944)   100% ->
1936-1977  (177500-177541)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGACTACCCAGATCCACAG         GATTCAAAAGATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  93347 ATGGAAGACTACCCAGATCCACAGGTA...CAGGATTCAAAAGATTCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTTTTGGAGAGTGATATGAAACGGAAAGGCAAGCTAAAGAATAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TCTTTTGGAGAGTGATATGAAACGGAAAGGCAAGCTAAAGAATAAAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAAAGGAAGAAAGAAGATCTTCAGGAAGTAGATGGAGAAATTGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 GCAAAAGGAAGAAAGAAGATCTTCAGGAAGTAGATGGAGAAATTGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCTACAAAAGAAAG         CTAAAGCCAGGGGGTTAGAATTCCA
        ||||| ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100121 GTCCTGCAAAAGAAAGGTA...CAGCTAAAGCCAGGGGGTTAGAATTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATCTCCAACGTGAAGTTTGAAGATGTGGGAGGCAATGATATGACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100383 GATCTCCAACGTGAAGTTTGAAGATGTGGGAGGCAATGATATGACATTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AA         GAGGTCTGCAAGATGCTCATACACATGCGTCACCCGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100433 AAGTT...TAGGAGGTCTGCAAGATGCTCATACACATGCGTCACCCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGTACCACCACCTGGGCGTCGTGCCCCCTCGTGGAGTTCTCCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101352 GTGTACCACCACCTGGGCGTCGTGCCCCCTCGTGGAGTTCTCCTTCATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCACCAGGCTGTGGGAAGACATTACTTGCACATGCAATTGCTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101402 ACCACCAGGCTGTGGGAAGACATTACTTGCACATGCAATTGCTGGGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GAACTTGACCTGCCAATTTTGAAAGTGGCTGCTCCAGAGATTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 ..TAGGAACTTGACCTGCCAATTTTGAAAGTGGCTGCTCCAGAGATTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGGAGTATCCGGAGAGTCTGAGCAGAAGCTGAGAGAACTATTTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104552 TCTGGAGTATCCGGAGAGTCTGAGCAGAAGCTGAGAGAACTATTTGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCTGTG         TCAAATGCACCATGTATCATTTTCATTGATGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104602 AGCTGTGGTG...TAGTCAAATGCACCATGTATCATTTTCATTGATGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGATGCTATTACCCCCAAAAGAGAAGTGGCTTCAAAAGATATGGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108586 TTGATGCTATTACCCCCAAAAGAGAAGTGGCTTCAAAAGATATGGAACGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAATTGTAGCCCAACTCCTAACCTGCATGGATG         ATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108636 AGAATTGTAGCCCAACTCCTAACCTGCATGGATGGTT...TAGATCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TAATGTGGCTGCTACAGCCCGGGTCCTAGTTATTGGAGCTACTAATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110766 TAATGTGGCTGCTACAGCCCGGGTCCTAGTTATTGGAGCTACTAATCGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGACTCGTTAGACCCTGCTTTGAGACGTGCGGGAAGGTTCGACCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110816 CAGACTCGTTAGACCCTGCTTTGAGACGTGCGGGAAGGTTCGACCGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATATGCCTAGGTATCCCAGATGAAGCATCCAGGGAAAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110866 ATATGCCTAGGTATCCCAGATGAAGCATCCAGGGAAAGGTA...CAGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACTTCAAACATTGTGCAGAAAACTGAGGCTTCCTCAAGCTTTTGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115440 ACTTCAAACATTGTGCAGAAAACTGAGGCTTCCTCAAGCTTTTGATTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCACTTAGCACACCTAACTCCAGGCTTTGTTGGTGCTGATCTCATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115490 GTCACTTAGCACACCTAACTCCAGGCTTTGTTGGTGCTGATCTCATGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGTGCCGAGAGGCAGCAATGTGTGCAGTCAATAGAGTCTTAATGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115540 CTGTGCCGAGAGGCAGCAATGTGTGCAGTCAATAGAGTCTTAATGAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACAGGAACAGCAGAAGAAAAATCCTGAAATGGAAGATTTGCCATCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115590 ACAGGAACAGCAGAAGAAAAATCCTGAAATGGAAGATTTGCCATCTAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGTCCAGGAGGAAAGGCTGGGAACTGAGCCCACTTCTGAAACACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115640 GAGTCCAGGAGGAAAGGCTGGGAACTGAGCCCACTTCTGAAACACAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985       GATGAATTACAAAGGCTGCTGGGGTTGCTAAGAGACCAAGATCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115690 ...AAGGATGAATTACAAAGGCTGCTGGGGTTGCTAAGAGACCAAGATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTCTCAGAGGAGCAGATGCAAGGACTGTGCATTGAACTGAATGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117221 CCTCTCAGAGGAGCAGATGCAAGGACTGTGCATTGAACTGAATGATTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGTTGCTCTATCCTCAGTCCAACCCTCTGCCAAAAGGGAAGGCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117271 TTGTTGCTCTATCCTCAGTCCAACCCTCTGCCAAAAGGGAAGGCTTTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTGTCCCTAATGTGACATGGGCAGATATTGGTGCCCTGGAAGACATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117321 ACTGTCCCTAATGTGACATGGGCAGATATTGGTGCCCTGGAAGACATTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGGAGCTCACCATGGCAATATTG         GCACCAGTACGCAACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117371 AGAGGAGCTCACCATGGCAATATTGGTA...CAGGCACCAGTACGCAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAGACCAGTTCAAAGCTCTTGGATTGGTGACTCCAGCTGGGGTCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119056 CAGACCAGTTCAAAGCTCTTGGATTGGTGACTCCAGCTGGGGTCCTCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTGGTCCTCCTGGCTGTGGGAAGACTCTGCTGGCGAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119106 GCTGGTCCTCCTGGCTGTGGGAAGACTCTGCTGGCGAAGGTA...TAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGTTGCAAATGAGTCCGGACTAAATTTTATATCTGTCAAGGGCCCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123987 TGTTGCAAATGAGTCCGGACTAAATTTTATATCTGTCAAGGGCCCCGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TACTAAACATG         TATGTTGGTGAGAGTGAACGTGCTGTGCGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124037 TACTAAACATGGTA...TAGTATGTTGGTGAGAGTGAACGTGCTGTGCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAAGTTTTTCAACGAGCCAAGAACTCAGCACCCTGTGTGATATTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129742 CAAGTTTTTCAACGAGCCAAGAACTCAGCACCCTGTGTGATATTCTTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGAAGTGGATGCTTTATGTCCTCGAAGATCAGACCGAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 129792 TGAAGTGGATGCTTTATGTCCTCGAAGATCAGACCGAGAGGTA...TAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGGGGCAAGTGTCCGAGTGGTGAATCAGCTACTTACAGAGATGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137038 CAGGGGCAAGTGTCCGAGTGGTGAATCAGCTACTTACAGAGATGGATGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTGGAAGCACGCCAGCAGGTTTTTATTATGGCAGCCACTAACAGGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137088 CTGGAAGCACGCCAGCAGGTTTTTATTATGGCAGCCACTAACAGGCCAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592         ATATAATTGACCCTGCAATCCTGCGCCCGGGCCGCCTGGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137138 TA...TAGATATAATTGACCCTGCAATCCTGCGCCCGGGCCGCCTGGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAACACTGTTTGTGGGTTTACCGCCCCCTGCAGATCGCCTTGCCATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154894 AAACACTGTTTGTGGGTTTACCGCCCCCTGCAGATCGCCTTGCCATCTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AAAACTATCACAAAA         AATGGTACCAAACCACCACTGGATGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 154944 AAAACTATCACAAAAGTG...TAGAATGGTACCAAACCACCACTGGATGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGATGTAAATTTGGAAGCAATTGCTGGTGACCTTCGCTGTGATTGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168614 AGATGTAAATTTGGAAGCAATTGCTGGTGACCTTCGCTGTGATTGCTATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 C         GGGCGCAGATCTCTCTGCTTTGGTACGAGAAGCTTCTATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168664 CGTA...TAGGGGCGCAGATCTCTCTGCTTTGGTACGAGAAGCTTCTATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TGTGCCCTGAGACAGGAAATGGCAAGACAGAAGAGTGGAAATGAAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 171921 TGTGCCCTGAGACAGGAAATGGCAAGACAGAAGAGTGGAAATGAAAAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865         GTGAACTCAAGGTTAGTCATAAGCATTTTGAAGAAGCTTTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171971 TA...TAGGTGAACTCAAGGTTAGTCATAAGCATTTTGAAGAAGCTTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AGAAAGTAAGATCATCTATATCAAAAAAG         GATCAAATCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 173916 AGAAAGTAAGATCATCTATATCAAAAAAGGTA...CAGGATCAAATCATG

   2100     .    :    .    :    .    :
   1948 TATGAACGTTTGCAGGAGTCCCTCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 177512 TATGAACGTTTGCAGGAGTCCCTCAGCCGG