seq1 = pF1KE2669.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE2669/gi568815595r_151227994.tfa (gi568815595r:151227994_151429528), 201535 bp

>pF1KE2669 1062
>gi568815595r:151227994_151429528 (Chr3)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-1062  (100522-101535)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCCGCCATAAGAAGACAGAGAGAACTGAGTATCCTCCCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGACTGCCGCCATAAGAAGACAGAGAGAACTGAGTATCCTCCCAAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GTGACACTGGAAGCAATGAACACCACAGTGATGCAAGGCTTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 G...CAGGTGACACTGGAAGCAATGAACACCACAGTGATGCAAGGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGATCTGAGCGGTGCCCCAGAGACACTCGGATAGTACAGCTGGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100565 ACAGATCTGAGCGGTGCCCCAGAGACACTCGGATAGTACAGCTGGTATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCCCTCTACACAGTGGTTTTCTTGACCGGCATCCTGCTGAATACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100615 CCAGCCCTCTACACAGTGGTTTTCTTGACCGGCATCCTGCTGAATACTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTCTGTGGGTGTTTGTTCACATCCCCAGCTCCTCCACCTTCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100665 GGCTCTGTGGGTGTTTGTTCACATCCCCAGCTCCTCCACCTTCATCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTCAAAAACACTTTGGTGGCCGACTTGATAATGACACTCATGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 ACCTCAAAAACACTTTGGTGGCCGACTTGATAATGACACTCATGCTTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAAAATCCTCTCTGACTCACACCTGGCACCCTGGCAGCTCAGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 TTCAAAATCCTCTCTGACTCACACCTGGCACCCTGGCAGCTCAGAGCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGTGTCGTTTTTCTTCGGTGATATTTTATGAGACCATGTATGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100815 TGTGTGTCGTTTTTCTTCGGTGATATTTTATGAGACCATGTATGTGGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCGTGCTGTTAGGGCTCATAGCCTTTGACAGATTCCTCAAGATCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100865 TCGTGCTGTTAGGGCTCATAGCCTTTGACAGATTCCTCAAGATCATCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTTTGAGAAATATTTTTCTAAAAAAACCTGTTTTTGCAAAAACGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 CCTTTGAGAAATATTTTTCTAAAAAAACCTGTTTTTGCAAAAACGGTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATCTTCATCTGGTTCTTTTTGTTCTTCATCTCCCTGCCAAATATGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100965 AATCTTCATCTGGTTCTTTTTGTTCTTCATCTCCCTGCCAAATACGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGCAACAAGGAAGCAACACCATCGTCTGTGAAAAAGTGTGCTTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 TGAGCAACAAGGAAGCAACACCATCGTCTGTGAAAAAGTGTGCTTCCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGGGGCCTCTGGGGCTGAAATGGCATCAAATGGTAAATAACATATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 AAGGGGCCTCTGGGGCTGAAATGGCATCAAATGGTAAATAACATATGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTTTATTTTCTGGACTGTTTTTATCCTAATGCTTGTGTTTTATGTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101115 GTTTATTTTCTGGACTGTTTTTATCCTAATGCTTGTGTTTTATGTGGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTGCAAAAAAAGTATATGATTCTTATAGAAAGTCCAAAAGTAAGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 TTGCAAAAAAAGTATATGATTCTTATAGAAAGTCCAAAAGTAAGGACAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAAAACAACAAAAAGCTGGAAGGCAAAGTATTTGTTGTCGTGGCTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 AAAAACAACAAAAAGCTGGAAGGCAAAGTATTTGTTGTCGTGGCTGTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTTGTGTGTTTTGCTCCATTTCATTTTGCCAGAGTTCCATATACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101265 CTTTGTGTGTTTTGCTCCATTTCATTTTGCCAGAGTTCCATATACTCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTCAAACCAACAATAAGACTGACTGTAGACTGCAAAATCAACTGTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101315 GTCAAACCAACAATAAGACTGACTGTAGACTGCAAAATCAACTGTTTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTAAAGAAACAACTCTCTTTTTGGCAGCAACTAACATTTGTATGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101365 GCTAAAGAAACAACTCTCTTTTTGGCAGCAACTAACATTTGTATGGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTAATATACATATTCTTATGTAAAAAATTCACAGAAAAGCTACCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101415 CTTAATATACATATTCTTATGTAAAAAATTCACAGAAAAGCTACCATGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCAAGGGAGAAAGACCACAGCATCAAGCCAAGAAAATCATAGCAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101465 TGCAAGGGAGAAAGACCACAGCATCAAGCCAAGAAAATCATAGCAGTCAG

   1050     .    :    .    :
   1042 ACAGACAACATAACCTTAGGC
        |||||||||||||||||||||
 101515 ACAGACAACATAACCTTAGGC