seq1 = pF1KE2666.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KE2666/gi568815580f_50275831.tfa (gi568815580f:50275831_50492244), 216414 bp

>pF1KE2666 765
>gi568815580f:50275831_50492244 (Chr18)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-213  (104296-104420)   100% ->
214-311  (106299-106396)   100% ->
312-449  (109386-109523)   100% ->
450-619  (115294-115463)   100% ->
620-765  (116269-116414)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGTCAGATCTGGAACAATTATGCTCTCATGTTAATGAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGTCAGATCTGGAACAATTATGCTCTCATGTTAATGAAAAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAATATTAAGAAAACCTTATCATTAAGAAACTGTG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 TGGCAATATTAAGAAAACCTTATCATTAAGAAACTGTGGTA...CAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAACCTACCTTGAAAACTGTATTAAATAAAATAGGAGATGAGATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104299 AGGAACCTACCTTGAAAACTGTATTAAATAAAATAGGAGATGAGATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAATAAATGAACTTCTAAATAAATTGGAATTGGAAATTCAGTATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104349 GTAATAAATGAACTTCTAAATAAATTGGAATTGGAAATTCAGTATCAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAAACCAACAATTCACTCAAG         GAACTCTGTGAATCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104399 ACAAACCAACAATTCACTCAAGGTA...TAGGAACTCTGTGAATCTCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAAGATTACAAAGACATAGAACATCTTAAAGAAAACGTTCCTTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106318 AAGAAGATTACAAAGACATAGAACATCTTAAAGAAAACGTTCCTTCCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGCCTCAAGTAACAGTAACCCAGAGCTG         TGTTAAGGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106368 TTGCCTCAAGTAACAGTAACCCAGAGCTGGTA...TAGTGTTAAGGGATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATCTTGATCCTGAAGAACCAATCAAAGTTGAAGAACCTGAACCCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109398 AGATCTTGATCCTGAAGAACCAATCAAAGTTGAAGAACCTGAACCCGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAGCCTCCCAAAGAGCAAAGAAGTATTAAGGAAATGCCATTTATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109448 AGAAGCCTCCCAAAGAGCAAAGAAGTATTAAGGAAATGCCATTTATAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGATGAGTTCAATGGTGTTCCTTC         GTACATGAAATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109498 TGTGATGAGTTCAATGGTGTTCCTTCGTA...CAGGTACATGAAATCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTAACCTATAATCAAATTAATGATGTTATTAAAGAAATCAACAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115309 CTTAACCTATAATCAAATTAATGATGTTATTAAAGAAATCAACAAGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAATTAGTAAATATAAAATCCTACATCAGCCAAAAAAGTCTATGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115359 TAATTAGTAAATATAAAATCCTACATCAGCCAAAAAAGTCTATGAATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGACCAGAAATCTCTATCACAGATTTATTGATGAAGAAACGAAGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115409 GTGACCAGAAATCTCTATCACAGATTTATTGATGAAGAAACGAAGGATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAAG         GTCGTTATTTTATAGTGGAAGCTGACATAAAGGAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115459 CAAAGGTA...TAGGTCGTTATTTTATAGTGGAAGCTGACATAAAGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACAACTTTGAAAGCTGACAAGAAGTTTCACGTGTTACTGAATATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116305 TCACAACTTTGAAAGCTGACAAGAAGTTTCACGTGTTACTGAATATTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGACACTGCCGGAGGCTATCAGAGGTCCGAGGGGGAGGACTTACTCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116355 CGACACTGCCGGAGGCTATCAGAGGTCCGAGGGGGAGGACTTACTCGTTA

    800     .    :
    756 TGTTATAACC
        ||||||||||
 116405 TGTTATAACC