seq1 = pF1KE2662.tfa, 741 bp
seq2 = pF1KE2662/gi568815595r_9402214.tfa (gi568815595r:9402214_9652679), 250466 bp

>pF1KE2662 741
>gi568815595r:9402214_9652679 (Chr3)

(complement)

1-406  (100001-100406)   100% ->
407-643  (146477-146713)   100% ->
644-741  (150369-150466)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCCTCGCAGGAGGCCTCCAAGCTCTACCACGAGCACTACATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCCTCGCAGGAGGCCTCCAAGCTCTACCACGAGCACTACATGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACTCGCGGGCCATCGGCGTGCTGTGGGCCATCTTCACCATCTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACTCGCGGGCCATCGGCGTGCTGTGGGCCATCTTCACCATCTGCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCATCAACGTGGTGGTCTTCATCCAGCCCTACTGGGTGGGCGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATCATCAACGTGGTGGTCTTCATCCAGCCCTACTGGGTGGGCGACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGAGCACCCCCAAGCCTGGCTACTTCGGCCTCTTCCACTACTGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGAGCACCCCCAAGCCTGGCTACTTCGGCCTCTTCCACTACTGCGTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCGGGCTGGCGGGCCGCGAGCTCACCTGCCGGGGCTCCTTCACCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCGGGCTGGCGGGCCGCGAGCTCACCTGCCGGGGCTCCTTCACCGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGCACCATCCCGTCCAGCGCCTTCAAGGCGGCCGCCTTCTTCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAGCACCATCCCGTCCAGCGCCTTCAAGGCGGCCGCCTTCTTCGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTCCATGGTGCTGATCCTCGGCTGCATCACCTGCTTTTCGCTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTCCATGGTGCTGATCCTCGGCTGCATCACCTGCTTTTCGCTTTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCTGCAACACGGCTACGGTCTACAAGATCTGCGCCTGGATGCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCTGCAACACGGCTACGGTCTACAAGATCTGCGCCTGGATGCAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCAG         CTCTGTGCCTCGTCCTGGGCTGCATGATCTTTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCAGGTA...CAGCTCTGTGCCTCGTCCTGGGCTGCATGATCTTTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGGCTGGGATGCCGAGACCATCCGGGACATGTGTGGGGCCAAGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146512 GATGGCTGGGATGCCGAGACCATCCGGGACATGTGTGGGGCCAAGACGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAAGTACTCCCTGGGGGACTGTTCAGTGCGCTGGGCATACATCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146562 GAAGTACTCCCTGGGGGACTGTTCAGTGCGCTGGGCATACATCCTGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCATCGGCATCCTCAACGCCCTCATCCTCTCCTTCCTCGCCTTCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146612 TCATCGGCATCCTCAACGCCCTCATCCTCTCCTTCCTCGCCTTCGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCAACCGGCAAACAGACCTGCTGCAGGAGGAGCTCAAGCCGGAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146662 GGCAACCGGCAAACAGACCTGCTGCAGGAGGAGCTCAAGCCGGAGAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AG         ATTTTGTGGGCTCTACAGTAAGCTCCGTGTTGCGGCCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146712 AGGCG...TAGATTTTGTGGGCTCTACAGTAAGCTCCGTGTTGCGGCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGGGTGATGTCTCTGGATGGGGAGTCCTTCCCTGCCCCGTGGCTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150408 GGGGTGATGTCTCTGGATGGGGAGTCCTTCCCTGCCCCGTGGCTCACTCA

    750     .
    733 CAGGGACCC
        |||||||||
 150458 CAGGGACCC