seq1 = pF1KE2661.tfa, 1935 bp
seq2 = pF1KE2661/gi568815595r_143166705.tfa (gi568815595r:143166705_143948322), 781618 bp

>pF1KE2661 1935
>gi568815595r:143166705_143948322 (Chr3)

(complement)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-378  (116102-116304)   100% ->
379-456  (151420-151497)   100% ->
457-533  (153246-153322)   100% ->
534-649  (255016-255131)   100% ->
650-755  (295963-296068)   100% ->
756-899  (369600-369743)   97% <-
900-1000  (374135-374235)   100% ->
1001-1089  (395873-395961)   100% ->
1090-1203  (452875-452988)   100% ->
1204-1315  (454559-454670)   100% ->
1316-1469  (481133-481286)   99% ==
1521-1604  (584756-584839)   100% ->
1605-1710  (679343-679448)   100% ->
1711-1935  (681394-681618)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGACAGTCAAGGGTTATGTCAGAAAAGGATGAGTATCAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGACAGTCAAGGGTTATGTCAGAAAAGGATGAGTATCAGTTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATCAGGGAGCGGTGGAGCTGCTTGTCTTCAATTTTTTGCTCATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATCAGGGAGCGGTGGAGCTGCTTGTCTTCAATTTTTTGCTCATCCTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATTTTGACAATCTGGTTATTTAAAAATCATCGATTCCGCTTCTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATTTTGACAATCTGGTTATTTAAAAATCATCGATTCCGCTTCTTGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAACTGGAGGAGCAATGGTGTATG         GCCTTATAATGGGACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 GAAACTGGAGGAGCAATGGTGTATGGTG...TAGGCCTTATAATGGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTTTACGATATGCTACAGCACCAACTGATATTGAAAGTGGAACTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116118 AATTTTACGATATGCTACAGCACCAACTGATATTGAAAGTGGAACTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGACTGTGTAAAACTAACTTTCAGTCCATCAACTCTGCTGGTTAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116168 ATGACTGTGTAAAACTAACTTTCAGTCCATCAACTCTGCTGGTTAATATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGACCAAGTTTATGAATATAAATACAAAAGAGAAATAAGTCAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116218 ACTGACCAAGTTTATGAATATAAATACAAAAGAGAAATAAGTCAGCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCAATCCTCATCAAGGAAATGCTATACTTGAAAAG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116268 CATCAATCCTCATCAAGGAAATGCTATACTTGAAAAGGTA...CAGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATTTGATCCAGAAATCTTCTTCAATGTTTTACTGCCACCAATTATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151424 CATTTGATCCAGAAATCTTCTTCAATGTTTTACTGCCACCAATTATATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATGCAGGATATAGTCTAAAGAAG         AGACACTTTTTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 151474 CATGCAGGATATAGTCTAAAGAAGGTA...CAGAGACACTTTTTTCAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTAGGATCTATTTTAACGTATGCCTTCTTGGGAACTGCCATCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153263 CTTAGGATCTATTTTAACGTATGCCTTCTTGGGAACTGCCATCTCCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCGTCATAGG         GTTAATTATGTATGGTTTTGTGAAGGCTATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 153313 TCGTCATAGGGTA...CAGGTTAATTATGTATGGTTTTGTGAAGGCTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATACATGCTGGCCAGCTGAAAAATGGAGACTTTCATTTCACTGACTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255047 ATACATGCTGGCCAGCTGAAAAATGGAGACTTTCATTTCACTGACTGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTTTTTGGTTCACTGATGTCTGCTACAGATCCAG         TGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 255097 ATTTTTTGGTTCACTGATGTCTGCTACAGATCCAGGTA...TAGTGACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTGGCCATTTTCCATGAACTGCACGTCGACCCTGACCTGTACACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295969 TGCTGGCCATTTTCCATGAACTGCACGTCGACCCTGACCTGTACACACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGTTTGGAGAGAGTGTGTTGAATGATGCAGTGGCCATAGTCCTTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296019 TTGTTTGGAGAGAGTGTGTTGAATGATGCAGTGGCCATAGTCCTTACATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756          TTCTATATCCATTTACAGTCCCAAGGAGAATCCAAATGCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296069 GTA...CAGTTCTATATCCATTTACAGTCCCAAGGAGAATCCAAATGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGATGCCGCAGCATTCTTCCAGTCTGTGGGGAATTTCCTGGGAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369641 TTGATGCCGCAGCATTCTTCCAGTCTGTGGGGAATTTCCTGGGAATCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGGCTCATTTGCAATGGGGTCTGCGTATGCCATCATCACAGCACTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 369691 GCTGGCTCATTTGCAATGGGGTCTGCGTATGCCATCATCACAGCACTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAC         CAAATTTACCAAGCTGTGTGAGTTCCCGATGCTGGAAA
          |<<<...<<<||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369741 ATCCTT...GACCAAATTTACCAAGCTGTGTGAGTTCCCGATGCTGGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGGCCTGTTTTTCCTGCTTTCTTGGAGTGCCTTCCTGTCTGCCGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374173 CCGGCCTGTTTTTCCTGCTTTCTTGGAGTGCCTTCCTGTCTGCCGAGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCGGCCTAACAG         GGATAGTTGCTGTTCTCTTCTGTGGAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 374223 GCCGGCCTAACAGGTC...CAGGGATAGTTGCTGTTCTCTTCTGTGGAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACACAAGCACATTATACCTACAACAATCTGTCTTCGGATTCCAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395901 CACACAAGCACATTATACCTACAACAATCTGTCTTCGGATTCCAAAATAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAACTAAACAG         TTGTTTGAATTTATGAACTTTTTGGCGGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 395951 GAACTAAACAGGTA...CAGTTGTTTGAATTTATGAACTTTTTGGCGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACGTCATCTTCTGTTACATGGGCCTGGCACTGTTCACGTTCCAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 452905 AACGTCATCTTCTGTTACATGGGCCTGGCACTGTTCACGTTCCAGAATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TATCTTTAATGCTCTTTTTATACTTGGAGCCTTT         CTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 452955 TATCTTTAATGCTCTTTTTATACTTGGAGCCTTTGTA...CAGCTAGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTTTTGTTGCCAGAGCCTGCAACATATATCCCCTCTCCTTCCTCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454566 TTTTTGTTGCCAGAGCCTGCAACATATATCCCCTCTCCTTCCTCCTGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTAGGCCGAAAACAGAAGATCCCCTGGAACTTTCAGCACATGATGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454616 CTAGGCCGAAAACAGAAGATCCCCTGGAACTTTCAGCACATGATGATGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTCAG         GTTTGCGAGGAGCTATCGCATTTGCCTTAGCTATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 454666 TTCAGGTA...AAGGTTTGCGAGGAGCGATCGCATTTGCCTTAGCTATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGAACACAGAATCTCAGCCCAAACAAATGATGTTTACCACTACGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481169 GGAACACAGAATCTCAGCCCAAACAAATGATGTTTACCACTACGCTGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCGTGTTCTTCACTGTCTGGGTATTTGGAGGAGGAACAACCCCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481219 CTCGTGTTCTTCACTGTCTGGGTATTTGGAGGAGGAACAACCCCCATGTT

   1550     .    :    .
   1452 GACTTGGCTTCAGATCAG
        ||||||||||||||||||
 481269 GACTTGGCTTCAGATCAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1521 CCAGGAAGCAAATAACTTGGATAAAAACATGACGAAAGCAGAGAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584756 CCAGGAAGCAAATAACTTGGATAAAAACATGACGAAAGCAGAGAGTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1571 GGCTCTTCAGAATGTGGTATAGCTTTGACCACAA         GTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 584806 GGCTCTTCAGAATGTGGTATAGCTTTGACCACAAGTA...CAGGTATCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1612 AAACCAATTTTAACCCACTCTGGTCCTCCGCTGACTACAACATTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679350 AAACCAATTTTAACCCACTCTGGTCCTCCGCTGACTACAACATTACCTGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662 ATGGTGTGGTCCGATTTCCAGGCTGCTTACCAGTCCTCAAGCCTATGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 679400 ATGGTGTGGTCCGATTTCCAGGCTGCTTACCAGTCCTCAAGCCTATGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711         GAACAGCTAAAAGAGGATGATGTGGAATGCATTGTAAACCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679450 TA...CAGGAACAGCTAAAAGAGGATGATGTGGAATGCATTGTAAACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1753 GATGAACTAGCCATAAATTACCAGGAGCAAGCCTCCTCACCCTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 681436 GATGAACTAGCCATAAATTACCAGGAGCAAGCCTCCTCACCCTGCAGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1803 TCCTGCAAGGCTAGGTCTGGACCAGAAAGCTTCACCCCAGACGCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 681486 TCCTGCAAGGCTAGGTCTGGACCAGAAAGCTTCACCCCAGACGCCAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1853 AGGAAAACATTTATGAGGGAGACCTCGGCCTGGGAGGCTATGAACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 681536 AGGAAAACATTTATGAGGGAGACCTCGGCCTGGGAGGCTATGAACTCAAG

    400     .    :    .    :    .    :
   1903 CTTGAGCAAACTTTGGGTCAATCCCAGTTGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 681586 CTTGAGCAAACTTTGGGTCAATCCCAGTTGAAT