seq1 = pF1KE2660.tfa, 2394 bp
seq2 = pF1KE2660/gi568815596f_102373760.tfa (gi568815596f:102373760_102632677), 258918 bp

>pF1KE2660 2394
>gi568815596f:102373760_102632677 (Chr2)

1-256  (100001-100256)   100% ->
257-720  (105080-105543)   99% ->
721-980  (129689-129948)   100% ->
981-1198  (131495-131712)   100% ->
1199-1401  (134320-134522)   100% ->
1402-1488  (135088-135174)   100% ->
1489-1559  (138444-138514)   100% ->
1560-1721  (140331-140492)   100% ->
1722-1818  (146100-146196)   100% ->
1819-1950  (151265-151396)   100% ->
1951-2038  (152500-152587)   100% ->
2039-2394  (158571-158926)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGCAGATGTTCGTGACTTACAGTCCTTGGAATTGTTTGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGCAGATGTTCGTGACTTACAGTCCTTGGAATTGTTTGCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTAGTGGCTCTTGAGTGTTCTGAAGCATCTTCTGATTTGAATGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTAGTGGCTCTTGAGTGTTCTGAAGCATCTTCTGATTTGAATGAATCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAATTCCACTGCTCAGTATGCATCTAACGCTTGGTTTGCTGCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAATTCCACTGCTCAGTATGCATCTAACGCTTGGTTTGCTGCTGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAGAGCCAGAGGAAGGGATATCTGTTTTTGAACTGGATTATGACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCAGAGCCAGAGGAAGGGATATCTGTTTTTGAACTGGATTATGACTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAAATTCCTTATGAGGTCACTCTCTGGATACTTCTAGCATCCCTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAAATTCCTTATGAGGTCACTCTCTGGATACTTCTAGCATCCCTTGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAATAG         GCTTCCACCTCTACCACAGGCTGCCAGGCCTCATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAATAGGTA...CAGGCTTCCACCTCTACCACAGGCTGCCAGGCCTCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCAGAAAGCTGCCTCCTCATCCTGGTGGGGGCGCTGGTGGGCGGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105115 CCAGAAAGCTGCCTCCTCATCCTGGTGGGGGCGCTGGTGGGCGGCATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCGGCACCGACCACAAATCACCTCCGGTCATGGACTCCAGCATCTACT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 105165 CTTCGGCACCGACCACAAATCGCCTCCGGTCATGGACTCCAGCATCTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTGTATCTCCTGCCACCCATCGTTCTGGAGGGCGGCTACTTCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105215 TCCTGTATCTCCTGCCACCCATCGTTCTGGAGGGCGGCTACTTCATGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCCGGCCCTTCTTTGAGAACATCGGCTCCATCCTGTGGTGGGCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105265 ACCCGGCCCTTCTTTGAGAACATCGGCTCCATCCTGTGGTGGGCAGTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGGGCCCTGATCAACGCCTTGGGCATTGGCCTCTCCCTCTACCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105315 GGGGGCCCTGATCAACGCCTTGGGCATTGGCCTCTCCCTCTACCTCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCAGGTGAAGGCCTTTGGCCTGGGCGACGTCAACCTGCTGCAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105365 GCCAGGTGAAGGCCTTTGGCCTGGGCGACGTCAACCTGCTGCAGAACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGTTCGGCAGCCTGATCTCCGCCGTGGACCCAGTGGCCGTGCTAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105415 CTGTTCGGCAGCCTGATCTCCGCCGTGGACCCAGTGGCCGTGCTAGCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTTTGAGGAAGCGCGCGTGAACGAGCAGCTCTACATGATGATCTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105465 GTTTGAGGAAGCGCGCGTGAACGAGCAGCTCTACATGATGATCTTTGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGCCCTGCTCAATGATGGCATTACTGTG         GTCTTATACAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105515 AGGCCCTGCTCAATGATGGCATTACTGTGGTG...TAGGTCTTATACAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGTTAATTGCCTTTACAAAGATGCATAAATTTGAAGACATAGAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129701 ATGTTAATTGCCTTTACAAAGATGCATAAATTTGAAGACATAGAAACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGACATTTTGGCTGGATGTGCCCGATTCATCGTTGTGGGGCTTGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129751 CGACATTTTGGCTGGATGTGCCCGATTCATCGTTGTGGGGCTTGGAGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TATTGTTTGGCATCGTTTTTGGATTTATTTCTGCATTTATCACACGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129801 TATTGTTTGGCATCGTTTTTGGATTTATTTCTGCATTTATCACACGTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACTCAGAATATCTCTGCAATTGAGCCACTCATCGTCTTCATGTTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129851 ACTCAGAATATCTCTGCAATTGAGCCACTCATCGTCTTCATGTTCAGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTTGTCTTACTTAGCTGCTGAAACCCTCTATCTCTCCGGCATCCTGGC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129901 TTTGTCTTACTTAGCTGCTGAAACCCTCTATCTCTCCGGCATCCTGGCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    981        AATCACAGCCTGCGCAGTAACAATGAAAAAGTACGTGGAAGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129951 G...TAGAATCACAGCCTGCGCAGTAACAATGAAAAAGTACGTGGAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AACGTGTCCCAGACATCATACACGACCATCAAGTACTTCATGAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131538 AACGTGTCCCAGACATCATACACGACCATCAAGTACTTCATGAAGATGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GAGCAGCGTCAGCGAGACCTTGATCTTCATCTTCATGGGTGTGTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131588 GAGCAGCGTCAGCGAGACCTTGATCTTCATCTTCATGGGTGTGTCCACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGGCAAGAATCACGAGTGGAACTGGGCCTTCATCTGCTTCACCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131638 TGGGCAAGAATCACGAGTGGAACTGGGCCTTCATCTGCTTCACCCTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TTCTGCCAAATCTGGAGAGCCATCA         GCGTATTTGCTCTCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 131688 TTCTGCCAAATCTGGAGAGCCATCAGTA...TAGGCGTATTTGCTCTCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTATATCAGTAACCAGTTTCGGACTTTCCCCTTCTCCATCAAGGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134336 CTATATCAGTAACCAGTTTCGGACTTTCCCCTTCTCCATCAAGGACCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCATCATTTTCTACAGTGGTGTTCGAGGAGCTGGAAGTTTTTCACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134386 GCATCATTTTCTACAGTGGTGTTCGAGGAGCTGGAAGTTTTTCACTTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTTTTGCTTCCTCTGTCTCTTTTTCCTAGGAAGAAAATGTTTGTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134436 TTTTTGCTTCCTCTGTCTCTTTTTCCTAGGAAGAAAATGTTTGTCACTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TACTCTAGTAGTTATATACTTTACTGTATTTATTCAG         GGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 134486 TACTCTAGTAGTTATATACTTTACTGTATTTATTCAGGTA...TAGGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TCACAGTTGGCCCTCTGGTCAGGTACCTGGATGTTAAAAAAACCAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135092 TCACAGTTGGCCCTCTGGTCAGGTACCTGGATGTTAAAAAAACCAATAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAAGAATCCATCAATGAAGAGCTTCATATTCGT         CTGATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135142 AAAGAATCCATCAATGAAGAGCTTCATATTCGTGTA...CAGCTGATGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TCACTTAAAGGCTGGAATCGAAGATGTGTGTGGGCACTGGAGTCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138452 TCACTTAAAGGCTGGAATCGAAGATGTGTGTGGGCACTGGAGTCACTACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AAGTGAGAGACAA         GTTTAAGAAGTTTGATCATAGATACTTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 138502 AAGTGAGAGACAAGTA...TAGGTTTAAGAAGTTTGATCATAGATACTTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CGGAAAATCCTCATCAGAAAGAACCTACCCAAATCAAGCATTGTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140359 CGGAAAATCCTCATCAGAAAGAACCTACCCAAATCAAGCATTGTTTCTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GTACAAGAAGCTGGAAATGAAGCAAGCCATCGAGATGGTGGAGACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140409 GTACAAGAAGCTGGAAATGAAGCAAGCCATCGAGATGGTGGAGACTGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TACTGAGCTCTACAGCTTTCTCCATACCCCATCA         GGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140459 TACTGAGCTCTACAGCTTTCTCCATACCCCATCAGTG...CAGGGCCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AGGATACAAGGAATCAAAAGACTTTCCCCTGAAGATGTGGAGTCCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146107 AGGATACAAGGAATCAAAAGACTTTCCCCTGAAGATGTGGAGTCCATAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GGACATTCTGACATCCAACATGTACCAAGTTCGGCAAAGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 146157 GGACATTCTGACATCCAACATGTACCAAGTTCGGCAAAGGGTG...CAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CCCTGTCCTACAACAAATACAACCTCAAACCCCAAACAAGTGAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151266 CCCTGTCCTACAACAAATACAACCTCAAACCCCAAACAAGTGAGAAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GCTAAAGAGATTCTGATCCGCCGCCAGAACACCTTAAGGGAGAGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151316 GCTAAAGAGATTCTGATCCGCCGCCAGAACACCTTAAGGGAGAGCATGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GAAAGGTCACAGCCTGCCCTGGGGAAAGCCG         GCTGGCACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 151366 GAAAGGTCACAGCCTGCCCTGGGGAAAGCCGGTA...CAGGCTGGCACCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AGAATATCCGCTACCTCTCCTACCCCTACGGGAATCCTCAGTCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152510 AGAATATCCGCTACCTCTCCTACCCCTACGGGAATCCTCAGTCTGCAGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AGAGACACAAGGGCTGCTGGGTTCTCAG         ATGATGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 152560 AGAGACACAAGGGCTGCTGGGTTCTCAGGTA...TAGATGATGACAGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGATCCAGGATCCCCATCCATCACGTTCAGCGCATGCTCTCGGATAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158584 TGATCCAGGATCCCCATCCATCACGTTCAGCGCATGCTCTCGGATAGGGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 CACTTCAGAAGCAAGAGGCACAAGAAATAATACCAATGAAGAGCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158634 CACTTCAGAAGCAAGAGGCACAAGAAATAATACCAATGAAGAGCCTACAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 AGAGGAAGGAAGGCATTCAGCTTTGGTTATCAAAGAAACACAAGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158684 AGAGGAAGGAAGGCATTCAGCTTTGGTTATCAAAGAAACACAAGCCAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 AGAGTACTTGGGTGGAGTAAGGAGGGTGGCCTTAAGACCCAAACCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158734 AGAGTACTTGGGTGGAGTAAGGAGGGTGGCCTTAAGACCCAAACCTCTGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TTCATGCAGTGGATGAGGAGGGTGAGTCTGGAGGGGAGAGTGAGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158784 TTCATGCAGTGGATGAGGAGGGTGAGTCTGGAGGGGAGAGTGAGGGCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GCCTCTTTGGTTGAGGTTCGGTCGAGGTGGACAGCTGACCATGGACACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 158834 GCCTCTTTGGTTGAGGTTCGGTCGAGGTGGACAGCTGACCATGGACACGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CAGGGACCATCACAGGTCCCATAGTCCTTTGCTCCAAAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158884 CAGGGACCATCACAGGTCCCATAGTCCTTTGCTCCAAAAAAAA