seq1 = pF1KE2659.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KE2659/gi568815597f_233805078.tfa (gi568815597f:233805078_234423240), 618163 bp

>pF1KE2659 1470
>gi568815597f:233805078_234423240 (Chr1)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-283  (100452-100681)   100% ->
284-608  (426340-426664)   100% ->
609-828  (504024-504243)   100% ->
829-954  (511525-511650)   100% ->
955-1147  (513674-513866)   100% ->
1148-1237  (515021-515110)   100% ->
1238-1470  (517931-518163)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGATTCGAGAGTTTCCCAGCGGCGCACCCAGGGGCAAGAGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGATTCGAGAGTTTCCCAGCGGCGCACCCAGGGGCAAGAGCATTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGT         TGGCATGAGGAGGTCACCGGACGTCAGCCCCCGGAGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGTG...CAGTGGCATGAGGAGGTCACCGGACGTCAGCCCCCGGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCCGACATCAGCCCCCAGCTCCGGCAGCTCAAGTACTTGGTGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100490 TGTCCGACATCAGCCCCCAGCTCCGGCAGCTCAAGTACTTGGTGGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGCGATTAAGGAGGATCTGAAATGGTCGCGCTCCGTGGAGGATCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100540 GAGGCGATTAAGGAGGATCTGAAATGGTCGCGCTCCGTGGAGGATCTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCGGGCCGGTGGGGCTCACGTCCATCGAGGAGCGGATCCTGCGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100590 CAGCGGGCCGGTGGGGCTCACGTCCATCGAGGAGCGGATCCTGCGCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGCTACTATGGCTACCAGCCCTGGGCAGCGAGCTGCAAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100640 CTGGCTACTATGGCTACCAGCCCTGGGCAGCGAGCTGCAAAAGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  GGGAGGAGCGCCCCCGGGACTCCCCGGGCCCGGCGGAGGCCCAGGCACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426339 GGGGAGGAGCGCCCCCGGGACTCCCCGGGCCCGGCGGAGGCCCAGGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCGGGGTGGAGGCCGGCGGGAGAGCGAGTCGCCGCTGCTGGACGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426389 GGCCGGGGTGGAGGCCGGCGGGAGAGCGAGTCGCCGCTGCTGGACGTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCGGGCGCAACTCAAGAAGATCTTCTGGGGCGTGGCGGTCGTGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426439 CCCGGGCGCAACTCAAGAAGATCTTCTGGGGCGTGGCGGTCGTGCTGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGTGCTCCTCGTGGGCGGGCTCCACGCAGCTCGCCAAGCTGACCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426489 GTGTGCTCCTCGTGGGCGGGCTCCACGCAGCTCGCCAAGCTGACCTTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGTTCGACGCGCCCTTCACCCTCACGTGGTTTGCCACCAACTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426539 GAAGTTCGACGCGCCCTTCACCCTCACGTGGTTTGCCACCAACTGGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTTATTCTTCCCGTTGTACTACGTGGGGCACGTCTGCAAGTCCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426589 TTTTATTCTTCCCGTTGTACTACGTGGGGCACGTCTGCAAGTCCACAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGCAGTCTGTGAAGCAGCGATACAG         GGAATGCTGTCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 426639 AAGCAGTCTGTGAAGCAGCGATACAGGTA...TAGGGAATGCTGTCGATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTTGGAGACAATGGCTTGACTTTGAAGGTGTTTTTTACCAAGGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504039 TTTTGGAGACAATGGCTTGACTTTGAAGGTGTTTTTTACCAAGGCAGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTTTGGTGTTCTTTGGACACTCACAAACTACCTGTACTTACATGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504089 CCTTTGGTGTTCTTTGGACACTCACAAACTACCTGTACTTACATGCAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGAAAATAAACACTACGGATGTCTCCGTGTTGTTCTGCTGCAACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504139 AAGAAAATAAACACTACGGATGTCTCCGTGTTGTTCTGCTGCAACAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTTTGTGTTCTTGCTCTCATGGATCGTTCTCAGGGACAGATTCATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504189 TTTTGTGTTCTTGCTCTCATGGATCGTTCTCAGGGACAGATTCATGGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGAGG         ATTGTGGCCGCCATCCTCGCCATCGCTGGCATTGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504239 TGAGGGTA...CAGATTGTGGCCGCCATCCTCGCCATCGCTGGCATTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGATGACCTACGCTGATGGCTTCCACAGCCACTCCGTCATCGGCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 511561 ATGATGACCTACGCTGATGGCTTCCACAGCCACTCCGTCATCGGCATCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACTGGTGGTGGCCTCAGCATCGATGTCTGCCCTCTACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 511611 ACTGGTGGTGGCCTCAGCATCGATGTCTGCCCTCTACAAGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTTTGTTCAAGCTCCTCCTGGGCAGTGCTAAGTTTGGAGAAGCCGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 513675 TTTTGTTCAAGCTCCTCCTGGGCAGTGCTAAGTTTGGAGAAGCCGCCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTTTGTCCATCTTGGGTGTGTTTAACATCCTCTTCATCACCTGCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 513725 TTTTTGTCCATCTTGGGTGTGTTTAACATCCTCTTCATCACCTGCATTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TATTATCCTCTACTTTACCAAAGTGGAATACTGGAGCTCTTTTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 513775 TATTATCCTCTACTTTACCAAAGTGGAATACTGGAGCTCTTTTGATGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTCCATGGGGAAACCTTTGTGGATTTTCAGTTCTTTTATTGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 513825 TTCCATGGGGAAACCTTTGTGGATTTTCAGTTCTTTTATTGAGTA...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1148  CATTCAATATTGTATTAAATTTTGGAATTGCCGTTACATATCCCACTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 515020 GCATTCAATATTGTATTAAATTTTGGAATTGCCGTTACATATCCCACTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GATGTCTCTTGGAATCGTCCTCAGCATACCTGTGAATGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 515070 GATGTCTCTTGGAATCGTCCTCAGCATACCTGTGAATGCAGGTA...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGATTGATCACTACACCAGTCAGATCGTCTTCAATGGGGTCCGGGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 517931 TGATTGATCACTACACCAGTCAGATCGTCTTCAATGGGGTCCGGGTCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCATCATCATCATCGGCCTGGGTTTTCTCCTCCTGCTCCTGCCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 517981 GCCATCATCATCATCGGCCTGGGTTTTCTCCTCCTGCTCCTGCCAGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GTGGGATGTCTGGTTGATCAAGCTGCTCACCCGACTCAAAGTGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 518031 GTGGGATGTCTGGTTGATCAAGCTGCTCACCCGACTCAAAGTGAGGAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGGAGGAGCCTGCAGAGGGCGCTGCCGACCTGAGCTCAGGACCTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 518081 AGGAGGAGCCTGCAGAGGGCGCTGCCGACCTGAGCTCAGGACCTCAGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1438 AAGAACAGAAGAGCCCGCCCTTCCTTCGCCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 518131 AAGAACAGAAGAGCCCGCCCTTCCTTCGCCCGC