seq1 = pF1KE2655.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KE2655/gi568815581f_45862338.tfa (gi568815581f:45862338_46124168), 261831 bp

>pF1KE2655 1323
>gi568815581f:45862338_46124168 (Chr17)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-220  (109522-109608)   100% ->
221-307  (112048-112134)   100% ->
308-373  (116038-116103)   100% ->
374-429  (124703-124758)   100% ->
430-556  (129123-129249)   100% ->
557-822  (134062-134327)   100% ->
823-915  (147973-148065)   100% ->
916-997  (151906-151987)   100% ->
998-1110  (156281-156393)   100% ->
1111-1323  (161619-161831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGCCCCGCCAGGAGTTCGAAGTGATGGAAGATCACGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGCCCCGCCAGGAGTTCGAAGTGATGGAAGATCACGCTGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACGGGTTGGGGGACAGGAAAGATCAGGGGGGCTACACCATGCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACGGGTTGGGGGACAGGAAAGATCAGGGGGGCTACACCATGCACCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAAGAGGGTGACACGGACGCTGGCCTGAAAG         AATCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 ACCAAGAGGGTGACACGGACGCTGGCCTGAAAGGTT...CAGAATCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCAGACCCCCACTGAGGACGGATCTGAGGAACCGGGCTCTGAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109530 CTGCAGACCCCCACTGAGGACGGATCTGAGGAACCGGGCTCTGAAACCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGCTAAGAGCACTCCAACAGCGGAAG         ATGTGACAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109580 TGATGCTAAGAGCACTCCAACAGCGGAAGGTG...TAGATGTGACAGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTAGTGGATGAGGGAGCTCCCGGCAAGCAGGCTGCCGCGCAGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112060 CCTTAGTGGATGAGGGAGCTCCCGGCAAGCAGGCTGCCGCGCAGCCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGGAGATCCCAGAAGGAACCACAG         CTGAAGAAGCAGGCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112110 ACGGAGATCCCAGAAGGAACCACAGGTG...CAGCTGAAGAAGCAGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGAGACACCCCCAGCCTGGAAGACGAAGCTGCTGGTCACGTGACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116054 TGGAGACACCCCCAGCCTGGAAGACGAAGCTGCTGGTCACGTGACCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374          CTCGCATGGTCAGTAAAAGCAAAGACGGGACTGGAAGCGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116104 GTC...CAGCTCGCATGGTCAGTAAAAGCAAAGACGGGACTGGAAGCGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACAAAAAAGCCAAG         GGGGCTGATGGTAAAACGAAGATCGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124744 GACAAAAAAGCCAAGGTA...CAGGGGGCTGATGGTAAAACGAAGATCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CACACCGCGGGGAGCAGCCCCTCCAGGCCAGAAGGGCCAGGCCAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129149 CACACCGCGGGGAGCAGCCCCTCCAGGCCAGAAGGGCCAGGCCAACGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAGGATTCCAGCAAAAACCCCGCCCGCTCCAAAGACACCACCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129199 CCAGGATTCCAGCAAAAACCCCGCCCGCTCCAAAGACACCACCCAGCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 G         GTGAACCTCCAAAATCAGGGGATCGCAGCGGCTACAGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129249 GGTA...CAGGTGAACCTCCAAAATCAGGGGATCGCAGCGGCTACAGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCCCGGCTCCCCAGGCACTCCCGGCAGCCGCTCCCGCACCCCGTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134102 CCCCGGCTCCCCAGGCACTCCCGGCAGCCGCTCCCGCACCCCGTCCCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAACCCCACCCACCCGGGAGCCCAAGAAGGTGGCAGTGGTCCGTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134152 CAACCCCACCCACCCGGGAGCCCAAGAAGGTGGCAGTGGTCCGTACTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCAAGTCGCCGTCTTCCGCCAAGAGCCGCCTGCAGACAGCCCCCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134202 CCCAAGTCGCCGTCTTCCGCCAAGAGCCGCCTGCAGACAGCCCCCGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATGCCAGACCTGAAGAATGTCAAGTCCAAGATCGGCTCCACTGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134252 CATGCCAGACCTGAAGAATGTCAAGTCCAAGATCGGCTCCACTGAGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAAGCACCAGCCGGGAGGCGGGAAG         GTGCAGATAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 134302 TGAAGCACCAGCCGGGAGGCGGGAAGGTG...AAGGTGCAGATAATTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAAGCTGGATCTTAGCAACGTCCAGTCCAAGTGTGGCTCAAAGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147988 AAGAAGCTGGATCTTAGCAACGTCCAGTCCAAGTGTGGCTCAAAGGATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TATCAAACACGTCCCGGGAGGCGGCAGT         GTGCAAATAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 148038 TATCAAACACGTCCCGGGAGGCGGCAGTGTG...CAGGTGCAAATAGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAAACCAGTTGACCTGAGCAAGGTGACCTCCAAGTGTGGCTCATTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151919 ACAAACCAGTTGACCTGAGCAAGGTGACCTCCAAGTGTGGCTCATTAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACATCCATCATAAACCAG         GAGGTGGCCAGGTGGAAGTAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 151969 AACATCCATCATAAACCAGGTA...TAGGAGGTGGCCAGGTGGAAGTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATCTGAGAAGCTTGACTTCAAGGACAGAGTCCAGTCGAAGATTGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156303 ATCTGAGAAGCTTGACTTCAAGGACAGAGTCCAGTCGAAGATTGGGTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGACAATATCACCCACGTCCCTGGCGGAGGAAATAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 156353 TGGACAATATCACCCACGTCCCTGGCGGAGGAAATAAAAAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATTGAAACCCACAAGCTGACCTTCCGCGAGAACGCCAAAGCCAAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161619 ATTGAAACCCACAAGCTGACCTTCCGCGAGAACGCCAAAGCCAAGACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCACGGGGCGGAGATCGTGTACAAGTCGCCAGTGGTGTCTGGGGACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161669 CCACGGGGCGGAGATCGTGTACAAGTCGCCAGTGGTGTCTGGGGACACGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTCCACGGCATCTCAGCAATGTCTCCTCCACCGGCAGCATCGACATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161719 CTCCACGGCATCTCAGCAATGTCTCCTCCACCGGCAGCATCGACATGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GACTCGCCCCAGCTCGCCACGCTAGCTGACGAGGTGTCTGCCTCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161769 GACTCGCCCCAGCTCGCCACGCTAGCTGACGAGGTGTCTGCCTCCCTGGC

   1400     .    :
   1311 CAAGCAGGGTTTG
        |||||||||||||
 161819 CAAGCAGGGTTTG