seq1 = pF1KE2621.tfa, 2004 bp
seq2 = pF1KE2621/gi568815587f_60871866.tfa (gi568815587f:60871866_61119315), 247450 bp

>pF1KE2621 2004
>gi568815587f:60871866_61119315 (Chr11)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-118  (134709-134777)   100% ->
119-469  (135695-136045)   100% ->
470-781  (136669-136980)   99% ->
782-1084  (137707-138009)   100% ->
1085-1150  (139205-139270)   100% ->
1151-1291  (141558-141698)   100% ->
1292-1387  (142054-142149)   100% ->
1388-1510  (143848-143970)   100% ->
1511-1582  (145614-145685)   100% ->
1583-1837  (145894-146148)   99% ->
1838-1942  (146424-146528)   100% ->
1943-2004  (147389-147450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTCTTCTTCGGGATCACTGGATTGCTGACGGCAGCCCTCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTGGCTCTTCTTCGGGATCACTGGATTGCTGACGGCAGCCCTCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GTCATCCATCTCCAGCCCCACCTGACCAGCTCAACACCAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGTCATCCATCTCCAGCCCCACCTGACCAGCTCAACACCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCAGAGAGTGAGCTCTGGGAGCCAG         GGGAGCGGCTTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 134751 GTGCAGAGAGTGAGCTCTGGGAGCCAGGTG...CAGGGGAGCGGCTTCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCCGTCTGACAAACGGGAGCAGCAGCTGCAGCGGGACGGTGGAGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135709 GTCCGTCTGACAAACGGGAGCAGCAGCTGCAGCGGGACGGTGGAGGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCGAGGCGTCCTGGGAGCCCGCGTGCGGGGCGCTCTGGGACAGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135759 GCTCGAGGCGTCCTGGGAGCCCGCGTGCGGGGCGCTCTGGGACAGCCGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGCCGAGGCCGTGTGCCGAGCACTGGGCTGCGGCGGGGCGGAGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135809 CCGCCGAGGCCGTGTGCCGAGCACTGGGCTGCGGCGGGGCGGAGGCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTCAGCTCGCCCCGCCGACCCCTGAGCTGCCGCCCCCGCCTGCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135859 TCTCAGCTCGCCCCGCCGACCCCTGAGCTGCCGCCCCCGCCTGCAGCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAACACCAGCGTAGCAGCTAATGCCACTCTGGCCGGGGCGCCCGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135909 GAACACCAGCGTAGCAGCTAATGCCACTCTGGCCGGGGCGCCCGCCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTGCAGCGGCGCCGAGTGGCGGCTCTGCGAGGTGGTGGAGCACGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135959 TGTGCAGCGGCGCCGAGTGGCGGCTCTGCGAGGTGGTGGAGCACGCGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCAGCGACGGGAGGCGGGCCCGTGTCACCTGTGCAG         AGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 136009 CGCAGCGACGGGAGGCGGGCCCGTGTCACCTGTGCAGGTA...TAGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGCGCGCTGCGCCTGGTGGACGGTGGCGGCGCCTGCGCCGGCCGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136673 CCGCGCGCTGCGCCTGGTGGACGGTGGCGGCGCCTGCGCCGGCCGCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGATGCTGGAGCATGGCGAGTGGGGATCAGTGTGCGATGACACTTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136723 AGATGCTGGAGCATGGCGAGTGGGGATCAGTGTGCGATGACACTTGGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGAGGACGCCCACGTGGTGTGCAGGCAACTGGGCTGCGGCTGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136773 CTGGAGGACGCCCACGTGGTGTGCAGGCAACTGGGCTGCGGCTGGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAGGCCCTGCCCGGCTTGCACTTCATGCCCGGCCGCGGGCCTATCCACC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 136823 CCAGGCCCTGCCCGGCTTGCACTTCACGCCCGGCCGCGGGCCTATCCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGACCAGGTGAACTGCTCGGGGGCCGAAGCTTACCTGTGGGACTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136873 GGGACCAGGTGAACTGCTCGGGGGCCGAAGCTTACCTGTGGGACTGCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGCTGCCAGGACAGCACTACTGCGGCCACAAAGAGGACGCGGGCGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 136923 GGGCTGCCAGGACAGCACTACTGCGGCCACAAAGAGGACGCGGGCGCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTGCTCAG         AGCACCAGTCCTGGCGCCTGACAGGGGGCGCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 136973 GTGCTCAGGTC...CAGAGCACCAGTCCTGGCGCCTGACAGGGGGCGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACCGCTGCGAGGGGCAGGTGGAGGTACACTTCCGAGGGGTCTGGAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137740 ACCGCTGCGAGGGGCAGGTGGAGGTACACTTCCGAGGGGTCTGGAACACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGTGTGACAGTGAGTGGTACCCATCGGAGGCCAAGGTGCTCTGCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137790 GTGTGTGACAGTGAGTGGTACCCATCGGAGGCCAAGGTGCTCTGCCAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTGGGCTGTGGAACTGCGGTTGAGAGGCCCAAGGGGCTGCCCCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137840 CTTGGGCTGTGGAACTGCGGTTGAGAGGCCCAAGGGGCTGCCCCACTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGTCCGGCAGGATGTACTACTCATGCAATGGGGAGGAGCTCACCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137890 TGTCCGGCAGGATGTACTACTCATGCAATGGGGAGGAGCTCACCCTCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACTGCTCCTGGCGGTTCAACAACTCCAACCTCTGCAGCCAGTCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137940 AACTGCTCCTGGCGGTTCAACAACTCCAACCTCTGCAGCCAGTCGCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGCCAGGGTCCTCTGCTCAG         CTTCCCGGAGTTTGCACAATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137990 AGCCAGGGTCCTCTGCTCAGGTA...CAGCTTCCCGGAGTTTGCACAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGTCCACTCCCGAAGTCCCTGCAAGTGTTCAGACAGTCACTATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 139226 TGTCCACTCCCGAAGTCCCTGCAAGTGTTCAGACAGTCACTATAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151     AATCTTCTGTGACAGTGAAAATAGAGAACAAGGAATCTCGGGAGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139276 .CAGAATCTTCTGTGACAGTGAAAATAGAGAACAAGGAATCTCGGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AATGCTCCTCATCCCCTCCATCGTTCTGGGAATTCTCCTCCTTGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141604 AATGCTCCTCATCCCCTCCATCGTTCTGGGAATTCTCCTCCTTGGCTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCATCTTCATAGCCTTCATCCTCTTGAGAATTAAAGGAAAATATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 141654 TCATCTTCATAGCCTTCATCCTCTTGAGAATTAAAGGAAAATATGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292     CCCTCCCCGTAATGGTGAACCACCAGCACCTACCCACCACCATCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141704 .CAGCCCTCCCCGTAATGGTGAACCACCAGCACCTACCCACCACCATCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGCAGGGAGCAATAGCTATCAACCGGTCCCCATCACCATCCCCAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142100 GGCAGGGAGCAATAGCTATCAACCGGTCCCCATCACCATCCCCAAAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388          TTTTCATGCTGCCCATCCAGGTCCAGGCCCCGCCCCCTGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142150 GTA...CAGTTTTCATGCTGCCCATCCAGGTCCAGGCCCCGCCCCCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GACTCAGACTCTGGCTCGGACTCAGACTATGAGCACTATGACTTCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143889 GACTCAGACTCTGGCTCGGACTCAGACTATGAGCACTATGACTTCAGCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCAGCCTCCTGTGGCCCTGACCACCTTCTACA         ATTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 143939 CCAGCCTCCTGTGGCCCTGACCACCTTCTACAGTG...CAGATTCCCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGCATCGGGTCACAGATGAGGAGGTCCAGCAAAGCAGGTTCCAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145623 GGCATCGGGTCACAGATGAGGAGGTCCAGCAAAGCAGGTTCCAGATGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCCTTGGAGGAAG         GACTTGAAGAGTTGCATGCCTCCCACAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 145673 CCCTTGGAGGAAGGTG...TAGGACTTGAAGAGTTGCATGCCTCCCACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCCAACTGCCAACCCTGGACACTGCATTACAGACCCGCCATCCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145922 CCCAACTGCCAACCCTGGACACTGCATTACAGACCCGCCATCCCTGGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTCAGTATCACCCGAGGAGCAACAGTGAGTCGAGCACCTCTTCGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 145972 CTCAGTATCACCCGAGGAGCAACAGTGAGTCGAGCACCTCTTCAGGGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GATTACTGCAATAGTCCCAAAAGCAAGCTGCCTCCATGGAACCCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146022 GATTACTGCAATAGTCCCAAAAGCAAGCTGCCTCCATGGAACCCCCAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GTTTTCTTCAGAGAGGAGTTCCTTCCTGGAGCAGCCCCCAAACTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146072 GTTTTCTTCAGAGAGGAGTTCCTTCCTGGAGCAGCCCCCAAACTTGGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGGCCAGCACCCAGCCAGCCTTTTCAG         CAGGGCCCCCGGCT
        ||||| |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 146122 TGGCCGGCACCCAGCCAGCCTTTTCAGGTA...CAGCAGGGCCCCCGGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GATGACAGCTCCAGCACCTCATCCGGGGAGTGGTACCAGAACTTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146438 GATGACAGCTCCAGCACCTCATCCGGGGAGTGGTACCAGAACTTCCAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 ACCACCCCAGCCCCCTTCGGAGGAGCAGTTTGGCTGTCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 146488 ACCACCCCAGCCCCCTTCGGAGGAGCAGTTTGGCTGTCCAGGTG...CAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 GGTCCCCCAGCCCTCAGCCTGACTCCACCGACAACGATGACTACGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147389 GGTCCCCCAGCCCTCAGCCTGACTCCACCGACAACGATGACTACGATGAC

   2100     .    :
   1993 ATCAGCGCAGCC
        ||||||||||||
 147439 ATCAGCGCAGCC