seq1 = pF1KE2618.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE2618/gi568815595f_189689801.tfa (gi568815595f:189689801_189980175), 290375 bp

>pF1KE2618 1179
>gi568815595f:189689801_189980175 (Chr3)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-297  (118472-118726)   100% ->
298-484  (174432-174618)   100% ->
485-600  (176882-176997)   100% ->
601-710  (178033-178142)   100% ->
711-847  (178780-178916)   100% ->
848-930  (179524-179606)   100% ->
931-1067  (183059-183195)   100% ->
1068-1179  (190264-190375)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTACCTGGAAAACAATGCCCAGACTCAATTTAGTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGTTGTACCTGGAAAACAATGCCCAGACTCAATTTAGTGAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  CCACAGTACACGAACCTGGGGCTCCTGAACAGCATGGACCAGCAGATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 GCCACAGTACACGAACCTGGGGCTCCTGAACAGCATGGACCAGCAGATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAACGGCTCCTCGTCCACCAGTCCCTATAACACAGACCACGCGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118521 AGAACGGCTCCTCGTCCACCAGTCCCTATAACACAGACCACGCGCAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCGTCACGGCGCCCTCGCCCTACGCACAGCCCAGCTCCACCTTCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118571 AGCGTCACGGCGCCCTCGCCCTACGCACAGCCCAGCTCCACCTTCGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCTCTCCATCACCCGCCATCCCCTCCAACACCGACTACCCAGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118621 TCTCTCTCCATCACCCGCCATCCCCTCCAACACCGACTACCCAGGCCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGTTTCGACGTGTCCTTCCAGCAGTCGAGCACCGCCAAGTCGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118671 ACAGTTTCGACGTGTCCTTCCAGCAGTCGAGCACCGCCAAGTCGGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGACG         TATTCCACTGAACTGAAGAAACTCTACTGCCAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118721 TGGACGGTA...CAGTATTCCACTGAACTGAAGAAACTCTACTGCCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAAAGACATGCCCCATCCAGATCAAGGTGATGACCCCACCTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174467 TGCAAAGACATGCCCCATCCAGATCAAGGTGATGACCCCACCTCCTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGCTGTTATCCGCGCCATGCCTGTCTACAAAAAAGCTGAGCACGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174517 GAGCTGTTATCCGCGCCATGCCTGTCTACAAAAAAGCTGAGCACGTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGTGGTGAAGCGGTGCCCCAACCATGAGCTGAGCCGTGAATTCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174567 GAGGTGGTGAAGCGGTGCCCCAACCATGAGCTGAGCCGTGAATTCAACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GG         GACAGATTGCCCCTCCTAGTCATTTGATTCGAGTAGAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174617 GGGTA...CAGGACAGATTGCCCCTCCTAGTCATTTGATTCGAGTAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAACAGCCATGCCCAGTATGTAGAAGATCCCATCACAGGAAGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176921 GGAACAGCCATGCCCAGTATGTAGAAGATCCCATCACAGGAAGACAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGCTGGTACCTTATGAGCCACCCCAG         GTTGGCACTGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 176971 GTGCTGGTACCTTATGAGCCACCCCAGGTA...CAGGTTGGCACTGAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACGACAGTCTTGTACAATTTCATGTGTAACAGCAGTTGTGTTGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178047 CACGACAGTCTTGTACAATTTCATGTGTAACAGCAGTTGTGTTGGAGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAACCGCCGTCCAATTTTAATCATTGTTACTCTGGAAACCAGAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 178097 TGAACCGCCGTCCAATTTTAATCATTGTTACTCTGGAAACCAGAGAGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      TGGGCAAGTCCTGGGCCGACGCTGCTTTGAGGCCCGGATCTGTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178147 ..TAGTGGGCAAGTCCTGGGCCGACGCTGCTTTGAGGCCCGGATCTGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTGCCCAGGAAGAGACAGGAAGGCGGATGAAGATAGCATCAGAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178825 TTGCCCAGGAAGAGACAGGAAGGCGGATGAAGATAGCATCAGAAAGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGTTTCGGACAGTACAAAGAACGGTGATGGTACGAAGCGCC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 178875 AAGTTTCGGACAGTACAAAGAACGGTGATGGTACGAAGCGCCGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848  CGTTTCGTCAGAACACACATGGTATCCAGATGACATCCATCAAGAAACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179523 GCGTTTCGTCAGAACACACATGGTATCCAGATGACATCCATCAAGAAACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAGATCCCCAGATGATGAACTGTTATACTTACCA         GTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 179573 AAGATCCCCAGATGATGAACTGTTATACTTACCAGTA...TAGGTGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCGTGAGACTTATGAAATGCTGTTGAAGATCAAAGAGTCCCTGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183066 GCCGTGAGACTTATGAAATGCTGTTGAAGATCAAAGAGTCCCTGGAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGCAGTACCTTCCTCAGCACACAATTGAAACGTACAGGCAACAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183116 ATGCAGTACCTTCCTCAGCACACAATTGAAACGTACAGGCAACAGCAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAGCAGCACCAGCACTTACTTCAGAAACA         TCTCCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 183166 GCAGCAGCACCAGCACTTACTTCAGAAACAGTG...CAGTCTCCTTTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCTGCTTCAGGAATGAGCTTGTGGAGCCCCGGAGAGAAACTCCAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190275 CCTGCTTCAGGAATGAGCTTGTGGAGCCCCGGAGAGAAACTCCAAAACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCTGACGTCTTCTTTAGACATTCCAAGCCCCCAAACCGATCAGTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190325 TCTGACGTCTTCTTTAGACATTCCAAGCCCCCAAACCGATCAGTGTACCC

   1250 
   1179 A
        |
 190375 A