seq1 = pF1KE2612.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE2612/gi568815593f_52700395.tfa (gi568815593f:52700395_52901837), 201443 bp

>pF1KE2612 1155
>gi568815593f:52700395_52901837 (Chr5)

1-726  (100001-100726)   99% ->
727-1155  (101015-101443)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCGTGAGGAAGAACATCGAGAAGGACAATGCGGGCCAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTCGTGAGGAAGAACATCGAGAAGGACAATGCGGGCCAGGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGTCCCCGAGGAGCCTGAGGACATGTGGCACACTTACAACCTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGTCCCCGAGGAGCCTGAGGACATGTGGCACACTTACAACCTCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTGGGCGACAGCCTGCGCGCCTCCACCATCCGCAAGGTACAGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTGGGCGACAGCCTGCGCGCCTCCACCATCCGCAAGGTACAGACAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTCCACGGGCAGCGTGGGCAGCAACCGGGTCCGCACTACCCTCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTCCACGGGCAGCGTGGGCAGCAACCGGGTCCGCACTACCCTCACTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCGTGGAGGCCATCGACTTCGACTCTCAAGCCTGCCAGCTGCGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCGTGGAGGCCATCGACTTCGACTCTCAAGCCTGCCAGCTGCGGGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGGACCAACATCCAAGAGAATGAGTATGTCAAGATGGGGGCTTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGGACCAACATCCAAGAGAATGAGTATGTCAAGATGGGGGCTTACCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCATCGAGCTGGAGCCCAACCGCCAGTTCACCCTGGCCAAGAAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCATCGAGCTGGAGCCCAACCGCCAGTTCACCCTGGCCAAGAAGCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATAGTGTGGTACTGGAGCGCATCGAGCAGGCCTGTGACCCAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGATAGTGTGGTACTGGAGCGCATCGAGCAGGCCTGTGACCCAGCCTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCTGATGTGGCGGCTGTGGTCATGCAGGAAGGCCTCGCCCATATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGCTGATGTGGCGGCTGTGGTCATGCAGGAAGGCCTCGCCCATATCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTAGTCACTCCCAGCATGACCCTCACTCGGGCCAAGGTGGAGGTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTAGTCACTCCCAGCATGACCCTCACTCGGGCCAAGGTGGAGGTGAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCTAGGAAAAGGAAAGGCAATTGCTCTCAGCATGACCGGGCCTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCTAGGAAAAGGAAAGGCAATTGCTCTCAGCATGACCGGGCCTTGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGTTCTATGAACAGGTGGTCCAGGCTATCCAGCGCCACATACACTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGTTCTATGAACAGGTGGTCCAGGCTATCCAGCGCCACATACACTTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTGTAAAGTGCATCCTGGTGGCCAGCCCAGGATTTGTGAGGGAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTTGTAAAGTGCATCCTGGTGGCCAGCCCAGGATTTGTGAGGGAGCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCGACTACATGTTTCAACAAGCAGTGAAGACCGACAACAAACTGCTCC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCGACTACCTGTTTCAACAAGCAGTGAAGACCGACAACAAACTGCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGAAAACCGGTCCAAATTTCTTCAG         GTACATGCCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100701 TGGAAAACCGGTCCAAATTTCTTCAGGTA...TAGGTACATGCCTCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGACACAAGTACTCCCTGAAAGAGGCCCTTTGTGACCCTACTGTGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101030 GGACACAAGTACTCCCTGAAAGAGGCCCTTTGTGACCCTACTGTGGCTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCGCCTTTCAGACACTAAAGCTGCTGGGGAAGTCAAAGCCTTGGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 CCGCCTTTCAGACACTAAAGCTGCTGGGGAAGTCAAAGCCTTGGATGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCTATAAAATGTTACAGCATGAACCGGATCGAGCTTTCTATGGACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101130 TCTATAAAATGTTACAGCATGAACCGGATCGAGCTTTCTATGGACTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGGTGGAGAAGGCCAATGAAGCCATGGCAATTGACACATTGCTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101180 CAGGTGGAGAAGGCCAATGAAGCCATGGCAATTGACACATTGCTCATCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGATGAGCTCTTCAGGCATCAGGATGTAGCCACACGGAGCCGGTATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 CGATGAGCTCTTCAGGCATCAGGATGTAGCCACACGGAGCCGGTATGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGCTGGTGGACAGTGTGAAAGAGAATGCAGGCACCGTTAGGATATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 GGCTGGTGGACAGTGTGAAAGAGAATGCAGGCACCGTTAGGATATTCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGTCTTCACGTTTCTGGGGAACAGCTCAGCCAGTTGACTGGGGTAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 AGTCTTCACGTTTCTGGGGAACAGCTCAGCCAGTTGACTGGGGTAGCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CATTCTCCGCTTCCCTGTTCCCGAACTTTCTGACCAAGAGGGTGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 CATTCTCCGCTTCCCTGTTCCCGAACTTTCTGACCAAGAGGGTGATTCCA

   1150     .    :
   1142 GTTCTGAAGAGGAT
        ||||||||||||||
 101430 GTTCTGAAGAGGAT