seq1 = pF1KE2604.tfa, 537 bp
seq2 = pF1KE2604/gi568815592f_30527675.tfa (gi568815592f:30527675_30742248), 214574 bp

>pF1KE2604 537
>gi568815592f:30527675_30742248 (Chr6)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-114  (100177-100237)   100% ->
115-228  (100358-100471)   99% ->
229-330  (100655-100756)   100% ->
331-376  (112703-112748)   100% ->
377-445  (112861-112929)   100% ->
446-517  (114502-114573)   100% ->
518-537  (118221-118240)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGTAACCGCCATGTTGTTTATATTCTCAAAGACAGTTCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGTAACCGCCATGTTGTTTATATTCTCAAAGACAGTTCAGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACC         GGCTGGAAAAGGAGCCATTATTGGTTTCATCAAAGTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCGTG...CAGGGCTGGAAAAGGAGCCATTATTGGTTTCATCAAAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATACAAGAAGCTCTTTGTACTG         GATTATCGTGAGGCTCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| ||||||||||||||
 100215 GATACAAGAAGCTCTTTGTACTGGTG...TAGGATGATCGTGAGGCTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGAGGTAGAACCACTTTGCATCCTGGACTTTTACATCCATGAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100376 AATGAGGTAGAACCACTTTGCATCCTGGACTTTTACATCCATGAGTCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAACGCCATGGCCATGGGCGAGAACTCTTCCAGTATATGTTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100426 GCAACGCCATGGCCATGGGCGAGAACTCTTCCAGTATATGTTGCAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229      AAGGAGCGAGTGGAACCGCACCAACTGGCAATTGACCGACCCTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100476 ..CAGAAGGAGCGAGTGGAACCGCACCAACTGGCAATTGACCGACCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGAAGCTGCTGAAATTCCTGAATAAGCACTACAATCTGGAGACCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 CAGAAGCTGCTGAAATTCCTGAATAAGCACTACAATCTGGAGACCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCACAG         GTGAACAACTTTGTGATCTTTGAAGGCTTCTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100750 CCCACAGGTT...CAGGTGAACAACTTTGTGATCTTTGAAGGCTTCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCATCAACATC         GGCCCCCTGCTCCCTCTCTGAGGGCAACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112737 CCCATCAACATCGTA...CAGGGCCCCCTGCTCCCTCTCTGAGGGCAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CGACACTCTCGTGCTGCTGCAGTCGATCCCACGCCCGCTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112890 CGACACTCTCGTGCTGCTGCAGTCGATCCCACGCCCGCTGGTA...CAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TCCAGCAAGGAAGCTGCCACCCAAGAGAGCAGAGGGAGACATCAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114503 TCCAGCAAGGAAGCTGCCACCCAAGAGAGCAGAGGGAGACATCAAGCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACTCCTCTAGTGACCGAGAAT         GGGGACTCCCCCAGGTCTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114553 ACTCCTCTAGTGACCGAGAATGTA...CAGGGGGACTCCCCCAGGTCTGG