seq1 = pF1KE2603.tfa, 2937 bp
seq2 = pF1KE2603/gi568815595r_47753162.tfa (gi568815595r:47753162_48098860), 345699 bp

>pF1KE2603 2937
>gi568815595r:47753162_48098860 (Chr3)

(complement)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-292  (120928-120996)   100% ->
293-415  (170511-170633)   100% ->
416-529  (176983-177096)   100% ->
530-652  (180020-180142)   100% ->
653-1665  (181687-182699)   100% ->
1666-1803  (223040-223176)   99% ->
1804-1987  (226761-226944)   100% ->
1988-2047  (227575-227634)   100% ->
2048-2340  (227756-228048)   100% ->
2341-2454  (229534-229647)   100% ->
2455-2547  (231523-231615)   100% ->
2548-2629  (241349-241430)   100% ->
2630-2742  (243501-243613)   100% ->
2743-2937  (245509-245700)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACCTCAGTCTTGCAGATGCATTAACAGAACCATCTCCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACCTCAGTCTTGCAGATGCATTAACAGAACCATCTCCAGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGGAGAGATAAAGCGGGACTTCATTGCCACACTAGAGGCAGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGGAGAGATAAAGCGGGACTTCATTGCCACACTAGAGGCAGAGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGATGATGTTGTGGGAGAAACTGTTGGAAAAACAGACTATATTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGATGATGTTGTGGGAGAAACTGTTGGAAAAACAGACTATATTCCTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGATGTTGATGAGAAAACCGGGAACTCAGAGTCAAAGAAGAAACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGATGTTGATGAGAAAACCGGGAACTCAGAGTCAAAGAAGAAACCGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCAGAAACTAGCCAGATTGAAG         ATACTCCATCTTCTAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 CTCAGAAACTAGCCAGATTGAAGGTA...CAGATACTCCATCTTCTAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAACACTCCTAGCCAATGGTGGTCATGGAGTAGAAGGGAGCGATACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120946 CAACACTCCTAGCCAATGGTGGTCATGGAGTAGAAGGGAGCGATACTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 G         GGTCTCCAACTGAATTCCTTGAAGAGAAAATGGCCTACCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120996 GGTA...AAGGGTCTCCAACTGAATTCCTTGAAGAGAAAATGGCCTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAATACCCAAATAGCCAGAACTGGCCAGAAGATACCAACTTTTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170551 GGAATACCCAAATAGCCAGAACTGGCCAGAAGATACCAACTTTTGTTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACCTGAGCAAGTGGTCGATCCTATCCAGACTG         ATCCCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 170601 AACCTGAGCAAGTGGTCGATCCTATCCAGACTGGTA...CAGATCCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGATGTACCATGATGATGACCTGGCAGATTTGGTCTTTCCCTCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176991 AAGATGTACCATGATGATGACCTGGCAGATTTGGTCTTTCCCTCCAGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACAGCTGATACTTCAATATTTGCAGGACAAAATGATCCCTTGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177041 GACAGCTGATACTTCAATATTTGCAGGACAAAATGATCCCTTGAAAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTTACG         GTATGTCTCCCTGCAACACAGCTGTTGTACCTCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177091 GTTACGGTA...TAGGTATGTCTCCCTGCAACACAGCTGTTGTACCTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGTGGTCTGTGGAAGCCTTAAACTCTCCACACTCAGAGTCCTTTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180055 GGGTGGTCTGTGGAAGCCTTAAACTCTCCACACTCAGAGTCCTTTGTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCAGAGGCTGTTGCAGAACCTCCTCAGCCAACGGCAG         TTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 180105 CCCAGAGGCTGTTGCAGAACCTCCTCAGCCAACGGCAGGTA...TAGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTAGAGCTAGCCAAGGAGATAGAAATGGCATCAGAAGAGAGGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181690 CCTTAGAGCTAGCCAAGGAGATAGAAATGGCATCAGAAGAGAGGCCACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCACAAGCATTGGAAATAATGATGGGACTGAAGACTACTGACATGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181740 GCACAAGCATTGGAAATAATGATGGGACTGAAGACTACTGACATGGCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCTAAAGAAACAGAGATGGCCCTCGCCAAGGACATGGCACTAGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181790 ATCTAAAGAAACAGAGATGGCCCTCGCCAAGGACATGGCACTAGCTACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAACCGAGGTGGCATTGGCTAAAGATATGGAATCACCCACCAAATTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181840 AAACCGAGGTGGCATTGGCTAAAGATATGGAATCACCCACCAAATTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGACACTGGCCAAGGACATGCAGCCATCCATGGAATCAGATATGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181890 GTGACACTGGCCAAGGACATGCAGCCATCCATGGAATCAGATATGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGTCAAGGACATGGAACTACCCACAGAAAAAGAAGTGGCCCTGGTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181940 AGTCAAGGACATGGAACTACCCACAGAAAAAGAAGTGGCCCTGGTTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATGTCAGATGGCCCACAGAAACAGATGTATCTTCAGCCAAGAATGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181990 ATGTCAGATGGCCCACAGAAACAGATGTATCTTCAGCCAAGAATGTGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGCCCACAGAAACAGAGGTAGCCCCAGCCAAGGATGTGACACTGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182040 CTGCCCACAGAAACAGAGGTAGCCCCAGCCAAGGATGTGACACTGTTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAAACAGAGAGGGCATCTCCTATAAAAATGGACTTAGCCCCTTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182090 AGAAACAGAGAGGGCATCTCCTATAAAAATGGACTTAGCCCCTTCCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACATGGGACCACCCAAAGAAAACAAGAAAGAAACAGAGAGGGCATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182140 ACATGGGACCACCCAAAGAAAACAAGAAAGAAACAGAGAGGGCATCTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ATAAAAATGGACTTGGCTCCTTCCAAGGACATGGGACCACCCAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182190 ATAAAAATGGACTTGGCTCCTTCCAAGGACATGGGACCACCCAAAGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CAAGATAGTCCCAGCCAAGGATTTGGTATTACTCTCAGAAATAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182240 CAAGATAGTCCCAGCCAAGGATTTGGTATTACTCTCAGAAATAGAGGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CACAGGCTAATGACATTATATCATCCACAGAAATATCCTCTGCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182290 CACAGGCTAATGACATTATATCATCCACAGAAATATCCTCTGCTGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GTGGCTTTGTCCTCAGAAACAGAGGTAGCCCTGGCCAGGGACATGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182340 GTGGCTTTGTCCTCAGAAACAGAGGTAGCCCTGGCCAGGGACATGACACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GCCCCCGGAAACCAACGTGATCTTGACCAAGGATAAAGCACTACCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182390 GCCCCCGGAAACCAACGTGATCTTGACCAAGGATAAAGCACTACCTTTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AAGCAGAGGTGGCCCCAGTCAAGGACATGGCTCAACTCCCAGAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182440 AAGCAGAGGTGGCCCCAGTCAAGGACATGGCTCAACTCCCAGAAACAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ATAGCCCCGGCCAAGGATGTGGCTCCGTCCACAGTAAAAGAAGTGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182490 ATAGCCCCGGCCAAGGATGTGGCTCCGTCCACAGTAAAAGAAGTGGGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GTTGAAGGACATGTCTCCACTATCAGAAACAGAAATGGCTCTGGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182540 GTTGAAGGACATGTCTCCACTATCAGAAACAGAAATGGCTCTGGGCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ATGTGACTCCACCTCCAGAAACAGAAGTAGTTCTCATCAAGAACGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182590 ATGTGACTCCACCTCCAGAAACAGAAGTAGTTCTCATCAAGAACGTATGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CTGCCTCCAGAAATGGAGGTGGCCCTGACTGAGGATCAGGTCCCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182640 CTGCCTCCAGAAATGGAGGTGGCCCTGACTGAGGATCAGGTCCCAGCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CAAAACAGAA         GCTCCCACCACCATTGGTGGGTTGAATAAAA
        ||||||||||>>>...>>>-||||||||||||||||||||||||||||||
 182690 CAAAACAGAAGCA...CAG CTCCCACCACCATTGGTGGGTTGAATAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AACCCATGAGCCTTGCTTCAGGCTTAGTGCCAGCTGCCCCACCCAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223070 AACCCATGAGCCTTGCTTCAGGCTTAGTGCCAGCTGCCCCACCCAAACGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CCTGCCGTCGCCTCTGCCAGGCCTTCCATCTTACCTTCAAAAGACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223120 CCTGCCGTCGCCTCTGCCAGGCCTTCCATCTTACCTTCAAAAGACGTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GCCAAAG         CCCATTGCAGATGCAAAGGCTCCTGAGAAGCGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223170 GCCAAAGGTA...CAGCCCATTGCAGATGCAAAGGCTCCTGAGAAGCGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CCTCACCATCCAAGCCAGCTTCTGCCCCAGCCTCCAGATCTGGGTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226795 CCTCACCATCCAAGCCAGCTTCTGCCCCAGCCTCCAGATCTGGGTCCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 AGCACTCAGACTGTTGCAAAAACCACAACAGCTGCTGCTGTTGCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226845 AGCACTCAGACTGTTGCAAAAACCACAACAGCTGCTGCTGTTGCCTCAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TGGCCCAAGCAGTAGGAGCCCCTCCACGCTCCTGCCCAAGAAGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226895 TGGCCCAAGCAGTAGGAGCCCCTCCACGCTCCTGCCCAAGAAGCCCACTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988          CCATTAAGACTGAGGGAAAACCTGCAGAAGTCAAGAAGATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226945 GTG...CAGCCATTAAGACTGAGGGAAAACCTGCAGAAGTCAAGAAGATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 ACTGCAAAGTCTGTACCAG         CTGACTTGAGTCGCCCAAAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 227616 ACTGCAAAGTCTGTACCAGGTA...CAGCTGACTTGAGTCGCCCAAAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CACCTCCACCAGTTCCATGAAGAAAACCACCACTCTCAGTGGGACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227778 CACCTCCACCAGTTCCATGAAGAAAACCACCACTCTCAGTGGGACAGCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CCGCTGCAGGGGTGGTTCCCAGCCGAGTCAAGGCCACACCCATGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227828 CCGCTGCAGGGGTGGTTCCCAGCCGAGTCAAGGCCACACCCATGCCCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 CGGCCCTCCACAACTCCTTTCATAGACAAGAAGCCCACCTCGGCCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227878 CGGCCCTCCACAACTCCTTTCATAGACAAGAAGCCCACCTCGGCCAAACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 CAGCTCCACCACCCCCCGGCTCAGCCGCCTGGCCACCAATACTTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227928 CAGCTCCACCACCCCCCGGCTCAGCCGCCTGGCCACCAATACTTCTGCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 CTGATCTGAAGAATGTCCGCTCCAAGGTTGGCTCCACGGAAAACATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227978 CTGATCTGAAGAATGTCCGCTCCAAGGTTGGCTCCACGGAAAACATCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 CATCAGCCTGGAGGAGGCCGG         GCCAAAGTAGAGAAAAAAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 228028 CATCAGCCTGGAGGAGGCCGGGTG...CAGGCCAAAGTAGAGAAAAAAAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 AGAGGCAGCTGCTACAACCCGAAAGCCTGAATCTAATGCAGTCACTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229554 AGAGGCAGCTGCTACAACCCGAAAGCCTGAATCTAATGCAGTCACTAAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 CAGCCGGCCCAATTGCAAGTGCACAGAAACAACCTGCGGGGAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 229604 CAGCCGGCCCAATTGCAAGTGCACAGAAACAACCTGCGGGGAAAGTG...

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2455    GTCCAGATAGTCTCCAAAAAAGTGAGCTACAGCCATATTCAGTCCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231520 CAGGTCCAGATAGTCTCCAAAAAAGTGAGCTACAGCCATATTCAGTCCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 GTGTGGTTCCAAGGACAATATTAAGCATGTCCCTGGAGGTGGTAAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 231570 GTGTGGTTCCAAGGACAATATTAAGCATGTCCCTGGAGGTGGTAATGTA.

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548      GTTCAGATTCAGAACAAGAAAGTGGACATCTCTAAGGTCTCCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231620 ..CAGGTTCAGATTCAGAACAAGAAAGTGGACATCTCTAAGGTCTCCTCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 AAGTGTGGGTCTAAGGCTAACATCAAGCACAAGCCTG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 241394 AAGTGTGGGTCTAAGGCTAACATCAAGCACAAGCCTGGTG...CAGGTGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 AGGAGATGTCAAGATTGAAAGTCAGAAGTTGAACTTCAAGGAGAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243505 AGGAGATGTCAAGATTGAAAGTCAGAAGTTGAACTTCAAGGAGAAGGCCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 AGGCCAAGGTGGGATCCCTCGATAATGTGGGCCACCTACCTGCAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243555 AGGCCAAGGTGGGATCCCTCGATAATGTGGGCCACCTACCTGCAGGAGGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 GCTGTGAAG         ACTGAGGGCGGTGGCAGCGAGGCTCCTCTGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 243605 GCTGTGAAGGTA...TAGACTGAGGGCGGTGGCAGCGAGGCTCCTCTGTG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 TCCGGGTCCCCCTGCTGGGGAGGAGCCGGCCATCTCTGAGGCAGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245541 TCCGGGTCCCCCTGCTGGGGAGGAGCCGGCCATCTCTGAGGCAGCGCCTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 AAGCTGGCGCCCCCACTTCAGCCAGTGGCCTCAATGGCCACCCCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245591 AAGCTGGCGCCCCCACTTCAGCCAGTGGCCTCAATGGCCACCCCACCCTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2875 TCAGGGGGTGGTGACCAAAGGGAGGCCCAGACCTTGGACAGCCAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245641 TCAGGGGGTGGTGACCAAAGGGAGGCCCAGACCTTGGACAGCCAGATCCA

   3050     .    :
   2925 GGAGACAAGCATC
        |||||||||--|-
 245691 GGAGACAAG  T