seq1 = pF1KE2601.tfa, 2184 bp
seq2 = pF1KE2601/gi568815585f_99989121.tfa (gi568815585f:99989121_100630163), 641043 bp

>pF1KE2601 2184
>gi568815585f:99989121_100630163 (Chr13)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-183  (113763-113840)   100% ->
184-231  (122721-122768)   100% ->
232-300  (122873-122941)   100% ->
301-414  (165859-165972)   100% ->
415-468  (168167-168220)   100% ->
469-600  (220212-220343)   100% ->
601-637  (246722-246758)   97% ->
638-716  (268475-268553)   100% ->
717-819  (273609-273711)   100% ->
820-914  (279569-279663)   100% ->
915-1065  (284076-284226)   100% ->
1066-1209  (312340-312483)   100% ->
1210-1284  (313804-313878)   100% ->
1285-1353  (318072-318140)   100% ->
1354-1429  (320713-320788)   100% ->
1430-1540  (341441-341551)   100% ->
1541-1643  (351037-351139)   100% ->
1644-1746  (379352-379454)   100% ->
1747-1845  (436513-436611)   100% ->
1846-1899  (460132-460185)   100% ->
1900-2040  (526307-526447)   100% ->
2041-2118  (538555-538632)   100% ->
2119-2184  (540978-541043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGTTCTGGGTCGGGACAGCACCGCTGGTCGCTGCCGGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGTTCTGGGTCGGGACAGCACCGCTGGTCGCTGCCGGACGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGCGGTGGCCGCCGCAGCAGCTGATGCTGAGCGCGGCGCTGCGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGCGGTGGCCGCCGCAGCAGCTGATGCTGAGCGCGGCGCTGCGGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAG         CATGTTCTGTACTATTCAAGACAGTGCTTAATGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGGTG...TAGCATGTTCTGTACTATTCAAGACAGTGCTTAATGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCGTAATCTTGGTTCAGTGGGATATGATCCTAATGAAAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113799 TCCCGTAATCTTGGTTCAGTGGGATATGATCCTAATGAAAAAGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  ACTTTTGATAAAATTCTTGTTGCTAATAGAGGAGAAATTGCATGTCGG 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122720 GACTTTTGATAAAATTCTTGTTGCTAATAGAGGAGAAATTGCATGTCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GTTATTAGAACTTGCAAGAAGATGGGCATTAAGACAGTTGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122770 TG...TAGGTTATTAGAACTTGCAAGAAGATGGGCATTAAGACAGTTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCCACAGTGATGTTGATGCTAGTTCT         GTTCATGTGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122915 ATCCACAGTGATGTTGATGCTAGTTCTGTA...CAGGTTCATGTGAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCGGATGAGGCTGTCTGTGTTGGCCCAGCTCCCACCAGTAAAAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165873 GGCGGATGAGGCTGTCTGTGTTGGCCCAGCTCCCACCAGTAAAAGCTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAACATGGATGCCATCATGGAAGCCATTAAGAAAACCAGGGCCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165923 TCAACATGGATGCCATCATGGAAGCCATTAAGAAAACCAGGGCCCAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415          GTACATCCAGGTTATGGATTCCTTTCAGAAAACAAAGAATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165973 GTG...AAGGTACATCCAGGTTATGGATTCCTTTCAGAAAACAAAGAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCAGATGTTTG         GCAGCAGAAGATGTCGTTTTCATTGGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 168208 TGCCAGATGTTTGGTA...CAGGCAGCAGAAGATGTCGTTTTCATTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTGACACACATGCTATTCAAGCCATGGGCGACAAGATTGAAAGCAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220240 CTGACACACATGCTATTCAAGCCATGGGCGACAAGATTGAAAGCAAATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTAGCTAAGAAAGCAGAGGTTAATACAATCCCTGGCTTTGATGGAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220290 TTAGCTAAGAAAGCAGAGGTTAATACAATCCCTGGCTTTGATGGAGTAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAAG         GATGCAGAAGAAGCTGTCAGAATTGCGAGGGAAATTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 220340 CAAGGTG...CAGGATGCAGAAGAAGCTGTCAGAATTGCAAGGGAAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638          GCTACCCTGTCATGATCAAGGCCTCAGCAGGTGGTGGTGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246759 GTA...TAGGCTACCCTGTCATGATCAAGGCCTCAGCAGGTGGTGGTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAAGGCATGCGCATTGCTTGGGATGATGAAGAGACCAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 268516 AAAGGCATGCGCATTGCTTGGGATGATGAAGAGACCAGGTG...CAGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGGTTTTAGATTGTCATCTCAAGAAGCTGCTTCTAGTTTTGGCGATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273612 TGGTTTTAGATTGTCATCTCAAGAAGCTGCTTCTAGTTTTGGCGATGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GACTACTAATAGAAAAATTTATTGATAATCCTCGTCATATAGAAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273662 GACTACTAATAGAAAAATTTATTGATAATCCTCGTCATATAGAAATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820          GTTCTAGGTGATAAACATGGGAATGCTTTATGGCTTAATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273712 GTT...CAGGTTCTAGGTGATAAACATGGGAATGCTTTATGGCTTAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AAGAGAGTGCTCAATTCAGAGAAGAAATCAGAAGGTGGTGGAGGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279610 AAGAGAGTGCTCAATTCAGAGAAGAAATCAGAAGGTGGTGGAGGAAGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CAAG         CATTTTTTTGGATGCGGAGACTCGAAGAGCGATGGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279660 CAAGGTA...TAGCATTTTTTTGGATGCGGAGACTCGAAGAGCGATGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GAACAAGCTGTAGCTCTTGCCAGAGCAGTAAAATATTCCTCTGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284113 GAACAAGCTGTAGCTCTTGCCAGAGCAGTAAAATATTCCTCTGCTGGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CGTGGAGTTCCTTGTGGACTCTAAGAAGAATTTTTATTTCTTGGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284163 CGTGGAGTTCCTTGTGGACTCTAAGAAGAATTTTTATTTCTTGGAAATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ATACAAGACTCCAG         GTTGAGCATCCTGTCACAGAATGCATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 284213 ATACAAGACTCCAGGTA...CAGGTTGAGCATCCTGTCACAGAATGCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACTGGCCTGGACCTAGTCCAGGAAATGATCCGTGTTGCTAAGGGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312367 ACTGGCCTGGACCTAGTCCAGGAAATGATCCGTGTTGCTAAGGGCTACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TCTCAGGCACAAACAAGCTGATATTCGCATCAACGGCTGGGCAGTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312417 TCTCAGGCACAAACAAGCTGATATTCGCATCAACGGCTGGGCAGTTGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTCGGGTTTATGCTGAG         GACCCCTACAAGTCTTTTGGTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 312467 GTCGGGTTTATGCTGAGGTA...CAGGACCCCTACAAGTCTTTTGGTTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CCATCTATTGGGAGATTGTCTCAGTACCAAGAACCGTTACATCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313828 CCATCTATTGGGAGATTGTCTCAGTACCAAGAACCGTTACATCTACCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 T         GTCCGAGTGGACAGTGGCATCCAACCAGGAAGTGATATTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313878 TGTA...CAGGTCCGAGTGGACAGTGGCATCCAACCAGGAAGTGATATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GCATTTATTATGATCCTATGATTTCAAAA         CTAATCACATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 318112 GCATTTATTATGATCCTATGATTTCAAAAGTT...TAGCTAATCACATAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GGCTCTGATAGAACTGAGGCACTGAAGAGAATGGCAGATGCACTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320725 GGCTCTGATAGAACTGAGGCACTGAAGAGAATGGCAGATGCACTGGATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTATGTTATTCGAG         GTGTTACACATAATATTGCATTACTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 320775 CTATGTTATTCGAGGTA...TAGGTGTTACACATAATATTGCATTACTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GAGAGGTGATAATCAACTCACGCTTTGTAAAAGGAGACATCAGCACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341468 GAGAGGTGATAATCAACTCACGCTTTGTAAAAGGAGACATCAGCACTAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TTTCTCTCCGATGTGTATCCTGATGGCTTCAAAG         GACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 341518 TTTCTCTCCGATGTGTATCCTGATGGCTTCAAAGGTT...CAGGACACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GCTAACCAAGAGTGAGAAGAACCAGTTATTGGCAATAGCATCATCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351044 GCTAACCAAGAGTGAGAAGAACCAGTTATTGGCAATAGCATCATCATTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 TTGTGGCATTCCAGTTAAGAGCACAACATTTTCAAGAAAATTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 351094 TTGTGGCATTCCAGTTAAGAGCACAACATTTTCAAGAAAATTCAAGGTA.

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644      AATGCCTGTTATTAAACCAGACATAGCCAACTGGGAGCTCTCAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351144 ..CAGAATGCCTGTTATTAAACCAGACATAGCCAACTGGGAGCTCTCAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 AAAATTGCATGATAAAGTTCATACCGTAGTAGCATCAAACAATGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379397 AAAATTGCATGATAAAGTTCATACCGTAGTAGCATCAAACAATGGGTCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TGTTCTCG         GTGGAAGTTGATGGGTCGAAACTAAATGTGACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 379447 TGTTCTCGGTG...CAGGTGGAAGTTGATGGGTCGAAACTAAATGTGACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 AGCACGTGGAACCTGGCTTCGCCCTTATTGTCTGTCAGCGTTGATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436546 AGCACGTGGAACCTGGCTTCGCCCTTATTGTCTGTCAGCGTTGATGGCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 TCAGAGGACTGTCCAG         TGTCTTTCTCGAGAAGCAGGTGGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 436596 TCAGAGGACTGTCCAGGTG...TAGTGTCTTTCTCGAGAAGCAGGTGGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1871 ACATGAGCATTCAGTTTCTTGGTACAGTG         TACAAGGTGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 460157 ACATGAGCATTCAGTTTCTTGGTACAGTGGTA...AAGTACAAGGTGAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1912 ATCTTAACCAGACTTGCCGCAGAATTGAACAAATTTATGCTGGAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 526319 ATCTTAACCAGACTTGCCGCAGAATTGAACAAATTTATGCTGGAAAAAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1962 GACTGAGGACACAAGCAGTGTTCTGCGTTCCCCGATGCCCGGAGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 526369 GACTGAGGACACAAGCAGTGTTCTGCGTTCCCCGATGCCCGGAGTGGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 TGGCCGTCTCTGTCAAGCCTGGAGACGCG         GTAGCAGAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 526419 TGGCCGTCTCTGTCAAGCCTGGAGACGCGGTA...CAGGTAGCAGAAGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2053 CAAGAAATTTGTGTGATTGAAGCCATGAAAATGCAGAATAGTATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 538567 CAAGAAATTTGTGTGATTGAAGCCATGAAAATGCAGAATAGTATGACAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2103 TGGGAAAACTGGCACG         GTGAAATCTGTGCACTGTCAAGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 538617 TGGGAAAACTGGCACGGTG...AAGGTGAAATCTGTGCACTGTCAAGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2144 GAGACACAGTTGGAGAAGGGGATCTGCTCGTGGAGCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 541003 GAGACACAGTTGGAGAAGGGGATCTGCTCGTGGAGCTGGAA