seq1 = pF1KE2589.tfa, 2916 bp
seq2 = pF1KE2589/gi568815595r_197575021.tfa (gi568815595r:197575021_197836719), 261699 bp

>pF1KE2589 2916
>gi568815595r:197575021_197836719 (Chr3)

(complement)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-219  (118590-118743)   100% ->
220-303  (131545-131628)   100% ->
304-463  (132019-132178)   100% ->
464-570  (133066-133172)   100% ->
571-727  (134856-135012)   100% ->
728-1261  (135574-136107)   100% ->
1262-1357  (139671-139766)   100% ->
1358-1473  (140739-140854)   100% ->
1474-1684  (142135-142345)   100% ->
1685-1786  (142904-143005)   100% ->
1787-1847  (152503-152563)   100% ->
1848-1980  (153281-153413)   100% ->
1981-2126  (154105-154250)   100% ->
2127-2191  (154821-154885)   100% ->
2192-2430  (155353-155591)   100% ->
2431-2492  (159179-159240)   100% ->
2493-2646  (159682-159835)   100% ->
2647-2740  (161205-161298)   100% ->
2741-2916  (161524-161699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCGGAGGGCGCGGGAATGGAGCTCGGAGGCGGCGAGGAGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCCGGAGGGCGCGGGAATGGAGCTCGGAGGCGGCGAGGAGCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGAGGAGAGCAG         GAGGGAGCACTGGCAGTTGCTGGGTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGAGGAGAGCAGGTG...CAGGAGGGAGCACTGGCAGTTGCTGGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTGAAGACGACGGTGGAGGGTTTGGTATCAACCAACAGCCCCAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118616 ATTTGAAGACGACGGTGGAGGGTTTGGTATCAACCAACAGCCCCAACGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGTCTAAGTATGGTGGCTTGGAGCGGCTTTGCAGGGACATGCAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118666 TGGTCTAAGTATGGTGGCTTGGAGCGGCTTTGCAGGGACATGCAGAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCTATCACGGGCTTATCCGTGACCAG         GCGTGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118716 CCTCTATCACGGGCTTATCCGTGACCAGGTA...CAGGCGTGCCGCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGACGGATTACTGGCAGTTCGTGAAAGACATCCGGTGGCTCAGTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131558 AGACGGATTACTGGCAGTTCGTGAAAGACATCCGGTGGCTCAGTCCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGCCCTTCACGTGGAGAAG         TTCATCAGCGTGCACGAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 131608 TCAGCCCTTCACGTGGAGAAGGTA...CAGTTCATCAGCGTGCACGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGACCAGAGCAGTGCTGATGGTGCCAGTGAACGTGCTGTTGCCGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132039 CGACCAGAGCAGTGCTGATGGTGCCAGTGAACGTGCTGTTGCCGAGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTGCAGCACAGCCTGCAGTACCACTGCCTCTCAGCCCAGCTCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132089 GGCTGCAGCACAGCCTGCAGTACCACTGCCTCTCAGCCCAGCTCCGGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTCGGGGATAGACAGTATATCAGAAAATTCTACACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 132139 CTGCTCGGGGATAGACAGTATATCAGAAAATTCTACACAGGTA...CAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTGCCTTCCTGCTAAGTGACGCTCATGTCACGGCCATGCTGCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133067 TGCTGCCTTCCTGCTAAGTGACGCTCATGTCACGGCCATGCTGCAGTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAAGCAGTGGAACAGAACAACCCCCGCCTCCTGGCTCAGATCGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133117 TGGAAGCAGTGGAACAGAACAACCCCCGCCTCCTGGCTCAGATCGATGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCATG         TTTGCCAGAAAGCACGAGAGCCCGCTCCTGGTGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133167 TCCATGGTA...TAGTTTGCCAGAAAGCACGAGAGCCCGCTCCTGGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAGAGCCAGAGCCTGACAGCCCTGCCCAGTTCCACATACACCCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134891 AAAGAGCCAGAGCCTGACAGCCCTGCCCAGTTCCACATACACCCCTCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAGCTATGCTCAGCATTCCTACTTTGGGTCCTTCTCTAGCCTCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134941 ACAGCTATGCTCAGCATTCCTACTTTGGGTCCTTCTCTAGCCTCCACCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCGTGCCCAACAATGGCTCAG         AGAGAAGATCTACTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 134991 TCCGTGCCCAACAATGGCTCAGGTA...TAGAGAGAAGATCTACTTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCACTCTCTGGCCCTCCCCGGAAACCTCAAGAAAGCAGAGGGCACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135593 TCCACTCTCTGGCCCTCCCCGGAAACCTCAAGAAAGCAGAGGGCACGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCAGCAGAGGATCAAACCATCCAAGCCCCCCCAGTTTCAGTCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135643 CACCAGCAGAGGATCAAACCATCCAAGCCCCCCCAGTTTCAGTCTCTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTAGCCAGGGATTCCCCTTTGACCCCAAATGAAATGAGCTCCAGTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135693 CTAGCCAGGGATTCCCCTTTGACCCCAAATGAAATGAGCTCCAGTACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GACCAGCCCCATAGAGGCATCCTGGGTCAGCAGCCAGAATGATTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135743 GACCAGCCCCATAGAGGCATCCTGGGTCAGCAGCCAGAATGATTCCCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTGATGCCAGTGAGGGGCCTGAGTACCTGGCCATTGGCAACTTGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135793 GTGATGCCAGTGAGGGGCCTGAGTACCTGGCCATTGGCAACTTGGACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGAGGCCGGACTGCCAGCTGTCAGAGTCACAGCAGCAATGCCGAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135843 CGAGGCCGGACTGCCAGCTGTCAGAGTCACAGCAGCAATGCCGAGAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAGTTCCAATTTGTTCTCCTCCAGCAGCTCCCAGAAGCCAGATTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135893 CAGTTCCAATTTGTTCTCCTCCAGCAGCTCCCAGAAGCCAGATTCTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCTCTTCCTTAGGGGACCAGGAAGGAGGTGGGGAGAGCCAGCTGTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135943 CCTCTTCCTTAGGGGACCAGGAAGGAGGTGGGGAGAGCCAGCTGTCCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTCCTCCGCAGGTCCAGCTTCTCAGAGGGGCAGACACTCACTGTCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135993 GTCCTCCGCAGGTCCAGCTTCTCAGAGGGGCAGACACTCACTGTCACCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGGGCAAAGAAAAGCCACATTCGCTCCCATTCGGATACCAGCATTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136043 TGGGGCAAAGAAAAGCCACATTCGCTCCCATTCGGATACCAGCATTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCAGGGGAGCTCCAG         AATCCTGCAATGATAAGGCGAAGTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 136093 CCAGGGGAGCTCCAGGTA...TAGAATCCTGCAATGATAAGGCGAAGTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGAGGCCCTTTGCCCTACTCTGGTCAAAGCAGTGAAGTCAGCACACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139697 AGAGGCCCTTTGCCCTACTCTGGTCAAAGCAGTGAAGTCAGCACACCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTCTCTGTACATGGAATATG         AAGGTGGTCGGTACCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139747 CTCTCTGTACATGGAATATGGTG...CAGAAGGTGGTCGGTACCTGTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGGGGAAGGCATGTTCCGAAGACCATCAGAAGGACAGTCCCTCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140760 CAGGGGAAGGCATGTTCCGAAGACCATCAGAAGGACAGTCCCTCATCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TACCTCTCTGAGCAAGACTTCGGCAGCTGTGCCGACCTGGAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 140810 TACCTCTCTGAGCAAGACTTCGGCAGCTGTGCCGACCTGGAAAAGGTG..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474     GAGAATGCCCACTTCAGCATCTCAGAGTCCTTAATTGCTGCCATCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140860 .CAGGAGAATGCCCACTTCAGCATCTCAGAGTCCTTAATTGCTGCCATCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGCTAATGAAGTGCAACATGATGAGCCAGTGCCTAGAGGAGGAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142181 AGCTAATGAAGTGCAACATGATGAGCCAGTGCCTAGAGGAGGAGGAAGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAAGAGGAAGACAGTGATAGAGAGATCCAGGAGCTGAAGCAGAAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142231 GAAGAGGAAGACAGTGATAGAGAGATCCAGGAGCTGAAGCAGAAGATCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCTTCGGCGCCAGCAAATCCGCACCAAGAACCTGCTCCCCATGTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142281 CCTTCGGCGCCAGCAAATCCGCACCAAGAACCTGCTCCCCATGTACCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGGCTGAGCACGGAA         GCTTTCGGGTCACCTCCAGCAGCTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 142331 AGGCTGAGCACGGAAGTC...CAGGCTTTCGGGTCACCTCCAGCAGCTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CAGTTCAGCTCACGTGATTCGGCACAGCTCTCTGACTCTGGCTCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142930 CAGTTCAGCTCACGTGATTCGGCACAGCTCTCTGACTCTGGCTCTGCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TGAGGTTGATGAATTTGAAATCCAAG         ATGCTGACATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 142980 TGAGGTTGATGAATTTGAAATCCAAGGTA...TAGATGCTGACATCAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GGAACACAGCCTCAAGCAGCAAATCCTTCGTTTCCTCCCAGTCCTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 152518 GGAACACAGCCTCAAGCAGCAAATCCTTCGTTTCCTCCCAGTCCTTGTG.

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848      CTCCCACTGCTTCCTGCACTCCACGTCTGCTGAGGCGGTGGCCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152568 ..CAGCTCCCACTGCTTCCTGCACTCCACGTCTGCTGAGGCGGTGGCCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGGGCTCCTGAAGCAGTTTGAGGGGATGCAGCTTCCAGCCGCCTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153326 GGGGCTCCTGAAGCAGTTTGAGGGGATGCAGCTTCCAGCCGCCTCGGAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TGGAGTGGCTTGTCCCGGAGCATGATGCCCCTCAGAAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 153376 TGGAGTGGCTTGTCCCGGAGCATGATGCCCCTCAGAAGGTA...CAGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CTGCCCATTCCTGACTCACTGCCCATCTCACCGGATGACGGGCAGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154108 CTGCCCATTCCTGACTCACTGCCCATCTCACCGGATGACGGGCAGCACGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGACATCTACAAGCTGCGGATTCGTGTTCGTGGCAACTTGGAGTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154158 TGACATCTACAAGCTGCGGATTCGTGTTCGTGGCAACTTGGAGTGGGCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CGCCCCGGCCTCAGATAATTTTTAATGTTCATCCAGCCCCAAC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 154208 CGCCCCGGCCTCAGATAATTTTTAATGTTCATCCAGCCCCAACGTG...C

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2127   GAGGAAAATTGCCGTGGCCAAGCAGAATTACCGCTGTGCAGGATGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154819 AGGAGGAAAATTGCCGTGGCCAAGCAGAATTACCGCTGTGCAGGATGTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CATCCGGACTGACCCTG         ATTACATCAAGCGACTGCGGTACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 154869 CATCCGGACTGACCCTGGTG...CAGATTACATCAAGCGACTGCGGTACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GTGAGTACCTGGGCAAGTACTTCTGCCAGTGCTGCCACGAGAATGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155377 GTGAGTACCTGGGCAAGTACTTCTGCCAGTGCTGCCACGAGAATGCCCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ATGGCCATCCCCAGCCGGGTTCTGCGCAAGTGGGACTTCAGCAAGTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155427 ATGGCCATCCCCAGCCGGGTTCTGCGCAAGTGGGACTTCAGCAAGTACTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CGTCAGCAACTTCTCCAAGGACCTGCTCATTAAGATCTGGAATGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155477 CGTCAGCAACTTCTCCAAGGACCTGCTCATTAAGATCTGGAATGATCCTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 TCTTCAACGTGCAGGACATAAACAGTGCCCTCTATAGGAAGGTCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155527 TCTTCAACGTGCAGGACATAAACAGTGCCCTCTATAGGAAGGTCAAGCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 CTCAATCAAGTCCGG         CTGCTGCGGGTCCAGCTGTGTCACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 155577 CTCAATCAAGTCCGGGTA...CAGCTGCTGCGGGTCCAGCTGTGTCACAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GAAGAACATGTTCAAGACTTGCCGACTGGCCAAGGA         GCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 159205 GAAGAACATGTTCAAGACTTGCCGACTGGCCAAGGAGTA...TAGGCTTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TGGATTCCTTTGACACAGTCCCAGGCCACCTGACAGAGGACCTCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159687 TGGATTCCTTTGACACAGTCCCAGGCCACCTGACAGAGGACCTCCACCTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 TACTCACTGAATGACCTGACTGCGACCAGGAAGGGGGAGCTGGGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159737 TACTCACTGAATGACCTGACTGCGACCAGGAAGGGGGAGCTGGGGCCCCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 GCTTGCTGAGCTCACCAGGGCAGGGGCTACCCATGTGGAGAGATGCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 159787 GCTTGCTGAGCTCACCAGGGCAGGGGCTACCCATGTGGAGAGATGCATGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2647         CTCTGCCAAGCCAAAGGCTTCATCTGTGAGTTCTGTCAGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159837 TG...CAGCTCTGCCAAGCCAAAGGCTTCATCTGTGAGTTCTGTCAGAAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 GAGGATGACATCATCTTTCCCTTTGAGCTCCATAAGTGCCGGACCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161247 GAGGATGACATCATCTTTCCCTTTGAGCTCCATAAGTGCCGGACCTGTGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 AG         AGTGTAAAGCGTGTTACCATAAAGCCTGCTTCAAGTCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161297 AGGTG...TAGAGTGTAAAGCGTGTTACCATAAAGCCTGCTTCAAGTCTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 GAAGCTGTCCGCGCTGCGAGCGGCTGCAGGCCCGGCGGGAGGCACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161563 GAAGCTGTCCGCGCTGCGAGCGGCTGCAGGCCCGGCGGGAGGCACTGGCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 AGGCAGAGCCTGGAGTCTTACCTGTCAGACTACGAGGAGGAGCCCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161613 AGGCAGAGCCTGGAGTCTTACCTGTCAGACTACGAGGAGGAGCCCGCGGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .
   2880 AGCGCTGGCCCTGGAAGCCGCCGTCCTGGAGGCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161663 AGCGCTGGCCCTGGAAGCCGCCGTCCTGGAGGCCACC